Οι επιδράσεις των αντιβιοτικών στην έμμηνο ρύση δεν είναι απολύτως βέβαιες, αν και κάποιες έρευνες έχουν διεξαχθεί στο παρελθόν σε μια προσπάθεια να προσδιοριστεί εάν τα αντιβιοτικά επηρεάζουν τον εμμηνορροϊκό κύκλο. Πολλές γυναίκες που λαμβάνουν αντιβιοτικά δεν παρατηρούν διαφορές στον εμμηνορροϊκό τους κύκλο, ενώ άλλες γυναίκες έχουν παρατηρήσει αλλαγές που υποθέτουν ότι είναι αποτέλεσμα της χρήσης αντιβιοτικών. Οι πιθανές επιδράσεις των αντιβιοτικών στην έμμηνο ρύση μπορεί να μην σχετίζονται με τα ίδια τα αντιβιοτικά, αλλά μάλλον με τις λοιμώξεις για τις οποίες χρησιμοποιούνται τα αντιβιοτικά. Μερικές γυναίκες πιστεύουν ότι τα αντιβιοτικά προκαλούν βαρύτερη αιμορραγία, καθυστερημένη έναρξη της εμμήνου ρύσεως και πιο σοβαρές κράμπες από το κανονικό, αλλά αυτά τα προβλήματα μπορεί να προκληθούν από λοιμώξεις, ιδιαίτερα εάν οι λοιμώξεις αφορούν το γυναικείο αναπαραγωγικό σύστημα.
Στα τέλη της δεκαετίας του 1940, δύο Βρετανοί ειδικοί γιατροί έκαναν μια μελέτη σχετικά με τις επιδράσεις της πενικιλίνης, που είναι ένας τύπος αντιβιοτικού, σε πολλές γυναίκες για να δουν πώς επηρέασε τον εμμηνορροϊκό τους κύκλο, αν όχι καθόλου. Τα ευρήματά τους ήταν ασαφή, αν και αρκετές γυναίκες που συμμετείχαν στη μελέτη ανέφεραν κάποιες αλλαγές, συμπεριλαμβανομένων σοβαρών κράμπες και βαρύτερης αιμορραγίας από το κανονικό. Μερικές γυναίκες παρατήρησαν επίσης διαφορές στο πότε ξεκίνησε η έμμηνος ρύση και πόσο καιρό διήρκεσε. Παρόλο που πολλές γυναίκες παρατήρησαν διαφορές, υπήρχαν πολλές γυναίκες που δεν το έκαναν, γι’ αυτό ίσως η μελέτη δεν αποκάλυψε πολλά σχετικά με τις επιπτώσεις των αντιβιοτικών στην έμμηνο ρύση.
Υπάρχουν αρκετές λοιμώξεις που εμφανίζονται στο αναπαραγωγικό σύστημα για τις οποίες μπορεί να χρησιμοποιηθούν αντιβιοτικά και αυτές οι λοιμώξεις μπορεί να προκαλέσουν αλλαγές στην έμμηνο ρύση. Μερικά πράγματα για τα οποία χρησιμοποιούνται περιστασιακά τα αντιβιοτικά στις γυναίκες περιλαμβάνουν κολπικές λοιμώξεις και λοιμώξεις της μήτρας. Τα αντιβιοτικά συνταγογραφούνται επίσης περιστασιακά για ορισμένους τύπους μολύνσεων ζύμης. Οι γυναίκες που παρατηρούν αλλαγές στον εμμηνορροϊκό τους κύκλο και έχουν λοιμώξεις στο αναπαραγωγικό τους σύστημα είναι πολύ πιθανό να βιώνουν αλλαγές λόγω της φύσης των λοιμώξεων τους και όχι από τα ίδια τα αντιβιοτικά.
Παρόλο που οι επιδράσεις των αντιβιοτικών στην έμμηνο ρύση είναι περισσότερο από πιθανό να σχετίζονται με διαφορετικούς τύπους λοιμώξεων παρά με αντιβιοτικά, τυχόν ασυνήθιστες αλλαγές θα πρέπει να αναφέρονται σε έναν γιατρό. Υπάρχει πάντα η πιθανότητα ορισμένα αντιβιοτικά να προκαλέσουν αλλαγές στο εσωτερικό του σώματος που μπορεί να επηρεάσουν τον εμμηνορροϊκό κύκλο. Εάν οι αλλαγές στον κύκλο είναι πολύ ασυνήθιστες και σοβαρές, ένας γιατρός μπορεί να είναι σε θέση να βοηθήσει. Εάν ένας γιατρός υποψιάζεται ότι τα αντιβιοτικά προκαλούν προβλήματα με την έμμηνο ρύση, πιθανότατα θα προσπαθήσει να βρει άλλο αντιβιοτικό για να συνταγογραφήσει στο οποίο ο ασθενής της μπορεί να μην είναι τόσο ευαίσθητος.