Η αποστείρωση στην οδοντιατρική είναι πολύ σημαντική και οι οδοντίατροι και οι βοηθοί οδοντιάτρων συνήθως καθαρίζουν και απολυμαίνουν τις περισσότερες επιφάνειες στα ιατρεία και στα δωμάτια θεραπείας τους για να βοηθήσουν στην πρόληψη της εξάπλωσης μικροβίων. Τα οδοντιατρικά είδη μιας χρήσης χρησιμοποιούνται επίσης όποτε είναι δυνατόν. Τα εργαλεία που δεν είναι μιας χρήσης καθαρίζονται γενικά με το χέρι και τοποθετούνται σε μια μηχανή γνωστή ως αυτόκλειστο. Αυτό το μηχάνημα στη συνέχεια απολυμαίνει τα εργαλεία ψεκάζοντάς τα με ατμό πολύ υψηλής πίεσης, ο οποίος σκοτώνει τους περισσότερους μικροοργανισμούς. Οποιαδήποτε εργαλεία δεν μπορούν να υποβληθούν σε υψηλή θερμότητα ή υγρασία συνήθως απολυμαίνονται με χημικά.
Δεδομένου ότι πολλά μικρόβια μπορούν να μεταφερθούν απλώς αγγίζοντας μολυσμένες επιφάνειες, οι οδοντίατροι και οι βοηθοί οδοντιάτρων είναι συνήθως πολύ προσεκτικοί στην απολύμανση των επιφανειών στα γραφεία και στα δωμάτια θεραπείας τους. Οι συμπαγείς επιφάνειες, όπως πάγκοι και νεροχύτες, σκουπίζονται γενικά με αντιβακτηριδιακό σπρέι. Οι οδοντιατρικές καρέκλες συνήθως καλύπτονται επίσης με καλύμματα χαρτιού μιας χρήσης που απορρίπτονται μετά από κάθε ασθενή. Οι οδοντίατροι και οι βοηθοί τους συνήθως φορούν προστατευτικά φράγματα, όπως γάντια και μάσκες προσώπου, για να βοηθήσουν στην πρόληψη της εξάπλωσης μικροβίων στους ασθενείς τους.
Τα οδοντιατρικά εργαλεία και προμήθειες μιας χρήσης είναι μερικά από τα πιο σημαντικά στοιχεία όσον αφορά την αποστείρωση στην οδοντιατρική. Ορισμένες οδοντιατρικές προμήθειες μιας χρήσης περιλαμβάνουν σαλιάρες και μάσκες τυλιγμένες σε αποστειρωμένη συσκευασία. Μόλις χρησιμοποιηθούν με έναν ασθενή, απλώς πετιούνται.
Τα εργαλεία που δεν μπορούν να πεταχτούν, όπως τα οδοντικά τρυπάνια, υποβάλλονται γενικά σε μια πολύ εντατική διαδικασία οδοντικής αποστείρωσης. Πρώτα συνήθως τρίβονται έντονα με το χέρι. Αυτό γίνεται συνήθως με ζεστό νερό και απορρυπαντικό και βοηθά στην απομάκρυνση τυχόν μεγάλων σωματιδίων, όπως η πλάκα. Μπορούν επίσης να τοποθετηθούν σε ένα δονούμενο δίσκο γεμάτο με διάλυμα καθαρισμού, το οποίο μπορεί να βοηθήσει στην απομάκρυνση πολύ μικρών σωματιδίων.
Η αποστείρωση στην οδοντιατρική περιλαμβάνει επίσης τη θανάτωση των αόρατων μικροβίων στα εργαλεία. Τα αυτόκλειστα είναι μηχανήματα που χρησιμοποιούνται συνήθως κατά τη διάρκεια της αποστείρωσης στην οδοντιατρική. Αυτά τα μηχανήματα κατασκευάζονται συνήθως από μεγάλους μεταλλικούς κυλίνδρους και είναι παρόμοια με χύτρες ταχύτητας. Αφού τοποθετηθούν τα εργαλεία στο αυτόκλειστο, ψεκάζονται με ατμό υψηλής πίεσης. Η υψηλή πίεση μέσα σε αυτό το μηχάνημα βοηθά στην αύξηση του ατμού σε πολύ υψηλές θερμοκρασίες που είναι απαραίτητες για τη θανάτωση μικροοργανισμών που προκαλούν ασθένειες.
Οποιαδήποτε εργαλεία δεν μπορούν να υποβληθούν σε υγρασία ή έντονη θερμότητα πρέπει να αποστειρώνονται με άλλες μεθόδους. Οι χημικές ουσίες χρησιμοποιούνται συχνά κατά τη διάρκεια της αποστείρωσης και στην οδοντιατρική. Ορισμένες από τις χημικές ουσίες που χρησιμοποιούνται για την εξόντωση μικροβίων και την αποστείρωση των οδοντιατρικών εργαλείων είναι τυπικά με βάση το ιώδιο ή το αλκοόλ, καθώς και οι δύο αυτές χημικές ουσίες είναι πολύ αποτελεσματικές στη θανάτωση μικροβίων.