Η αποτυχία της απολίνωσης των σαλπίγγων είναι ένα αρκετά σπάνιο περιστατικό, αλλά όταν συμβαίνει, είναι συνήθως το αποτέλεσμα μιας από τις λίγες κοινές αιτίες. Η διαδικασία μπορεί να γίνει λανθασμένα, αφήνοντας ένα πέρασμα για το ωάριο και το σπέρμα να περάσουν. Σε ορισμένες περιπτώσεις, τα άκρα των σωλήνων μπορεί να αναπτυχθούν ξανά μαζί. Όταν οι σάλπιγγες κλείσουν χρησιμοποιώντας σφιγκτήρες ή δακτυλίους, αυτές οι συσκευές μπορεί να χαλαρώσουν ή να γλιστρήσουν από τη θέση τους, ανοίγοντας ξανά τους σωλήνες. Οι γυναίκες μπορεί επίσης να μην είναι σε θέση να μείνουν έγκυες κανονικά, αλλά να είναι πιο επιρρεπείς σε εξωμήτριες κυήσεις μετά την απολίνωση των σαλπίγγων.
Ένας από τους πιο συνηθισμένους λόγους για την αποτυχία αυτής της διαδικασίας είναι η εσφαλμένη εκτέλεση. Εάν ο χειρουργός δεν είναι αρκετά ικανός για να εκτελέσει σωστά την απολίνωση ή αντιμετωπίσει προβλήματα με ένα απαραίτητο όργανο όπως το λαπαροσκόπιο, οι σωλήνες μπορεί να μην είναι τελείως κλειστοί. Μπορεί να μείνουν μερικώς ξεμπλοκαρισμένα ή οι συσκευές που χρησιμοποιούνται για να τα κρατούν κλειστά μπορεί να τοποθετηθούν σε λάθος θέση. Οι γυναίκες με ορισμένες σωματικές παθήσεις, όπως η παχυσαρκία ή οι πυελικές συμφύσεις, μπορεί επίσης να είναι πιο δύσκολο να εκτελέσουν τη διαδικασία σωστά. Μερικές φορές, ο χειρουργός μπορεί να δέσει λανθασμένα τους στρογγυλούς συνδέσμους κοντά στη μήτρα επειδή μπερδεύονται με τις σάλπιγγες.
Ένα άλλο ζήτημα που συνήθως προκαλεί αστοχία είναι η εκ νέου προσάρτηση των σωλήνων. Αυτή η διαδικασία, που ονομάζεται αυθόρμητη επαναστόμωση, μπορεί να συμβεί εάν τα άκρα του κομμένου σωλήνα δεν είναι αρκετά μακριά μεταξύ τους. Μπορεί επίσης να υπάρχουν προβλήματα με τα ράμματα που χρησιμοποιούνται στη διαδικασία που επιτρέπουν στα άκρα να αναπτυχθούν ξανά μαζί. Σε ορισμένες περιπτώσεις, μπορεί να σχηματιστεί ένα συρίγγιο ή ενδομητρίωση στο σημείο που κόπηκαν οι σωλήνες και να δημιουργήσει μια δίοδο μεταξύ τους.
Οι γυναίκες που έχουν ορισμένους τύπους επεμβάσεων είναι πιο πιθανό να εμφανίσουν αποτυχία σαλπιγγικής απολίνωσης από άλλες. Συσκευές όπως δακτύλιοι, βρόχοι ή σφιγκτήρες που συγκρατούν τους σωλήνες κλειστούς αλλά δεν τους καταστρέφουν στην πραγματικότητα μπορεί να τοποθετηθούν λανθασμένα ή να γλιστρήσουν, ώστε να μην εμποδίζουν πλέον πλήρως τη διέλευση του σπέρματος ή των ωαρίων. Οι διαδικασίες που καταστρέφουν περισσότερο τους σωλήνες κόβοντας, δημιουργώντας ουλές ή καίγοντάς τους είναι πολύ λιγότερο πιθανό να αποτύχουν.
Αν και η διαδικασία απολίνωσης των σαλπίγγων μπορεί να σταματήσει τη διέλευση ενός ωαρίου, αν υπάρχει έστω και μια μικροσκοπική δίοδος ανοιχτή, μικρότερα σπερματοζωάρια μπορεί να είναι σε θέση να διασχίσουν το πέρασμά τους. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε έκτοπη εγκυμοσύνη. Δεν είναι μόνο μια αποτυχία της διαδικασίας, αλλά μπορεί επίσης να είναι δυνητικά απειλητική για τη ζωή της γυναίκας.