Οι συνήθεις αιτίες νεογνικής θνησιμότητας περιλαμβάνουν πρόωρο τοκετό, συγγενείς παθήσεις και λοίμωξη. Τα ακριβή ποσοστά διαφέρουν ανά χώρα. Στις αναπτυσσόμενες χώρες, θέματα όπως ο υποσιτισμός και οι ασθένειες είναι κοινές αιτίες νεογνικής θνησιμότητας, ενώ στις ανεπτυγμένες χώρες, οι συγγενείς παθήσεις και οι επιπλοκές που σχετίζονται με τον πρόωρο τοκετό τείνουν να βρίσκονται στην κορυφή των στατιστικών. Ορισμένοι οργανισμοί, όπως ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας, έχουν συμμετάσχει σε εκστρατείες για τη μείωση της νεογνικής θνησιμότητας που μπορεί να προληφθεί καθώς και των μητρικών θανάτων.
Ο όρος «νεογνική θνησιμότητα» αναφέρεται στους θανάτους βρεφών εντός 28 ημερών από τη γέννηση. Οι γενετικές ανωμαλίες είναι μια κοινή αιτία. Σε ορισμένες περιπτώσεις δεν εντοπίζονται πριν από τη γέννηση και σε άλλες, διαγιγνώσκονται και οι γονείς προχωρούν στην εγκυμοσύνη έχοντας επίγνωση των κινδύνων. Πολλές γενετικές ανωμαλίες μπορούν να προκαλέσουν θάνατο λίγο μετά τη γέννηση, καθώς παρεμβαίνουν σε βασικές λειτουργίες όπως η αναπνοή. Σε αυτές τις περιπτώσεις, μπορεί να παρέχεται μόνο υποστηρικτική φροντίδα στο βρέφος. Άλλα γενετικά ελαττώματα είναι διαχειρίσιμα, αλλά δεν μπορούν να αντιμετωπιστούν σε περιοχές όπου η πρόσβαση στην υγειονομική περίθαλψη είναι περιορισμένη, προκαλώντας νεογνική θνησιμότητα.
Ένας άλλος κοινός ένοχος είναι ο πρόωρος τοκετός. Ενώ η φροντίδα για τα πρόωρα μωρά έχει βελτιωθεί ριζικά στις ανεπτυγμένες χώρες, τα μωρά που γεννιούνται πολύ νωρίς εξακολουθούν να διατρέχουν σημαντικό κίνδυνο επιπλοκών όπως λοιμώξεις και καρδιακές αρρυθμίες. Σε χώρες όπου οι γυναίκες δεν έχουν πρόσβαση σε νοσοκομειακή περίθαλψη υψηλής ποιότητας κατά τη διάρκεια του πρόωρου τοκετού, οι πιθανότητες επιβίωσης του βρέφους μειώνονται ριζικά. Σε ορισμένες περιπτώσεις, η βασική φροντίδα, όπως το να διατηρείται το βρέφος ζεστό και καλά σιτισμένο, μπορεί να είναι η μόνη διαθέσιμη ιατρική φροντίδα.
Ιστορικά, η αφυδάτωση ως αποτέλεσμα της διάρροιας ήταν μια πολύ κοινή αιτία νεογνικής θνησιμότητας στον αναπτυσσόμενο κόσμο. Οι προσπάθειες των διεθνών οργανισμών υγείας να εκπαιδεύσουν τους γονείς σχετικά με τη χρήση διαλυμάτων επανυδάτωσης έχουν μειώσει αυτόν τον κοινό παράγοντα κινδύνου. Τα βρέφη μπορούν επίσης να πεθάνουν ως αποτέλεσμα του υποσιτισμού, μια κοινή ανησυχία κατά τη διάρκεια της πείνας, και από λοιμώξεις όπως η πνευμονία, καθώς το σώμα τους είναι πολύ εύθραυστο για να καταπολεμήσει τη μόλυνση.
Μια άλλη αιτία νεογνικής θνησιμότητας είναι το σύνδρομο αιφνίδιου βρεφικού θανάτου (SIDS). Αυτή η κατάσταση μπορεί να παρατηρηθεί σε μια μεγάλη ποικιλία πλαισίων, από έθνη όπου η πρόσβαση στην υγειονομική περίθαλψη είναι εξαιρετική έως απομακρυσμένες περιοχές όπου παρέχεται περιορισμένη φροντίδα σε μητέρες και παιδιά. Οι αιτίες του SIDS δεν είναι καλά κατανοητές, και ακόμη και όταν οι γονείς ακολουθούν πρακτικές συμβουλές, όπως η χρήση εγκεκριμένων κλινοσκεπασμάτων, μπορεί να συμβεί. Έρευνα για να μάθετε περισσότερα σχετικά με το γιατί και πώς εμφανίζεται το SIDS βρίσκεται σε εξέλιξη σε πολλά έθνη για την ανάπτυξη καλύτερων πρακτικών για την πρόληψη και την αντιμετώπισή του.