Αν και η λαπαροσκοπική χειρουργική προκαλεί λιγότερη βλάβη στους ιστούς από την ανοιχτή χειρουργική επέμβαση, όπως συμβαίνει με κάθε χειρουργική επέμβαση, υπάρχει κίνδυνος επιπλοκών. Αν και πολλές από αυτές τις επιπλοκές είναι μικρές και αντιμετωπίζονται εύκολα, εμφανίζονται στο 1-5 τοις εκατό όλων των λαπαροσκοπικών επεμβάσεων και το ποσοστό θνησιμότητας για επιπλοκές λαπαροσκόπησης είναι περίπου 0.05 τοις εκατό. Μερικές από τις πιο συχνές επιπλοκές προκύπτουν από μια ανεπιθύμητη αντίδραση στην αναισθησία, η οποία μπορεί να περιλαμβάνει αναπνευστικές επιπλοκές και καρδιακή αρρυθμία. Άλλες κοινές επιπλοκές της λαπαροσκόπησης περιλαμβάνουν λοίμωξη, πνευμονία, βρογχίτιδα, υπερβολική αιμορραγία και σχηματισμό ουλώδους ιστού. Αυτές οι επιπλοκές μπορεί να εμφανιστούν μετά από ανοιχτή ή λαπαροσκοπική χειρουργική επέμβαση, αλλά είναι λιγότερο συχνές μετά τη λαπαροσκόπηση.
Η λαπαροσκοπική χειρουργική μπορεί να οδηγήσει σε τραυματισμό του εντέρου, των κοιλιακών οργάνων, των φλεβών και των αρτηριών. Οι άπειροι χειρουργοί μπορεί να τρυπήσουν κατά λάθος τα έντερα ή άλλα μέρη της γαστρεντερικής οδού με τα μακρά, μυτερά χειρουργικά εργαλεία που χρησιμοποιούν. Αν και αυτοί οι τραυματισμοί είναι ασυνήθιστοι, μπορεί να οδηγήσουν σε μια δυνητικά επικίνδυνη κατάσταση που ονομάζεται περιτονίτιδα, η οποία είναι η φλεγμονή του περιτοναίου. Σε ορισμένες περιπτώσεις, μια περαιτέρω επέμβαση με τη χρήση μεγαλύτερης τομής είναι απαραίτητη για την αποκατάσταση του κατεστραμμένου ιστού ή τη διακοπή της αιμορραγίας.
Οι ασθενείς μπορεί επίσης να υποστούν απαρατήρητα ηλεκτρικά εγκαύματα που προκαλούνται από ηλεκτρόδια που περνούν ρεύμα στον περιβάλλοντα ιστό. Αυτά τα εγκαύματα μπορεί να οδηγήσουν σε περιτονίτιδα. Η ενεργή παρακολούθηση ηλεκτροδίων εξαλείφει τον κίνδυνο ακούσιων εσωτερικών ηλεκτρικών εγκαυμάτων.
Οι ασθενείς που έχουν διαταραχές πήξης του αίματος ή έχουν αναπτύξει ουλώδη ιστό ως αποτέλεσμα προηγούμενων χειρουργικών επεμβάσεων διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο για επιπλοκές στη λαπαροσκόπηση. Οι ασθενείς που έχουν δείκτη μάζας σώματος κάτω του μέσου όρου διατρέχουν επίσης μεγαλύτερο κίνδυνο. Οι χειρουργοί τους μπορεί να επιλέξουν να κάνουν ανοιχτή χειρουργική επέμβαση, λόγω αυτών των παραγόντων.
Το αέριο διοξείδιο του άνθρακα που χρησιμοποιείται για τη διόγκωση της κοιλιακής κοιλότητας κατά τη διάρκεια της χειρουργικής επέμβασης μπορεί επίσης να προκαλέσει επιπλοκές στη λαπαροσκόπηση. Το κρύο, ξηρό αέριο μπορεί να προκαλέσει υποθερμία και περιτοναϊκό τραύμα. Αυτός ο κίνδυνος μειώνεται με την ύγρανση και τη θέρμανση του αερίου διοξειδίου του άνθρακα.
Οι ασθενείς που έχουν αναπνευστικές διαταραχές ενδέχεται να μην ανέχονται την επέκταση της κοιλιακής κοιλότητας με χρήση διοξειδίου του άνθρακα, κάτι που απαιτεί ανοιχτή χειρουργική επέμβαση. Μια περαιτέρω επιπλοκή προκαλείται από το αέριο διοξειδίου του άνθρακα που παραμένει στην κοιλιακή κοιλότητα μετά από χειρουργική επέμβαση. Ένας θύλακας αερίου μπορεί να ανέβει στην κοιλιά και να πιέσει το διάφραγμα, προκαλώντας πόνο όταν ο ασθενής αναπνέει. Αυτή είναι συνήθως μια προσωρινή κατάσταση που ανακουφίζεται όταν οι ιστοί του σώματος απορροφούν το υπερβολικό αέριο.
Μια εντερική κήλη τομής είναι μια άλλη δυνητικά σοβαρή επιπλοκή της λαπαροσκόπησης που προκύπτει από το ακατάλληλο κλείσιμο των θέσεων θυρών μεγαλύτερες από 0.4 ίντσες (10 mm) που χρησιμοποιούνται για την εισαγωγή χειρουργικών εργαλείων κατά τη διάρκεια της επέμβασης. Είναι κρίσιμο να κλείσει σωστά η περιτονία. Τα συμπτώματα της κήλης του εντέρου περιλαμβάνουν διαλείπουσα ναυτία και έμετο.
Η μόλυνση είναι μια άλλη κοινή επιπλοκή της λαπαροσκόπησης. Σε περίπτωση λοίμωξης, συνήθως χορηγείται αντιβιοτικό. Για να αποφευχθούν οι επιπλοκές της λαπαροσκόπησης, ορισμένοι χειρουργοί συνταγογραφούν αντιβιοτικά πριν από τη χειρουργική επέμβαση, όταν υπάρχει αυξημένος κίνδυνος μόλυνσης λόγω της ανεπαρκούς ανοσολογικής απόκρισης του ασθενούς.