Κάθε χρόνο, οι αγροτικοί παραγωγοί χάνουν τεράστιες ποσότητες καλλιεργειών από διάφορες ασθένειες των καλλιεργειών. Για να κατανοήσουν πώς και γιατί ορισμένες ασθένειες προσβάλλουν ορισμένες καλλιέργειες, οι παθολόγοι των φυτών έχουν κατηγοριοποιήσει όλες τις ασθένειες σε δύο γενικές ομάδες, μολυσματικές και μη μολυσματικές. Αφού χωριστούν σε μία από τις κατηγορίες, οι ασθένειες περιγράφονται στη συνέχεια από το χαρακτηριστικό του παθογόνου παράγοντα που προκαλεί ή περιβαλλοντική αιτία, όπως μυκητιασικές, βακτηριακές, ακραίες θερμοκρασίες ή ανεπάρκεια εδάφους. Τέλος, οι κηπουροί ταξινομούν περαιτέρω μια ασθένεια από το τμήμα της καλλιέργειας που επηρεάζεται, όπως οι ασθένειες των φύλλων, οι ρίζες και άλλα. Υπάρχουν πολλά διαφορετικά είδη ασθενειών των καλλιεργειών, αλλά όλες οι ασθένειες εμπίπτουν βασικά στην κατηγορία των μολυσματικών και μη μολυσματικών για περαιτέρω ταξινόμηση.
Μη μολυσματικές ή αβιοτικές ασθένειες είναι αυτές που προκαλούνται από δυσμενείς περιβαλλοντικές συνθήκες και δεν προκύπτουν από ζωντανούς οργανισμούς. Γενικά, οι μη μολυσματικές ασθένειες τείνουν να αποδυναμώνουν ένα φυτό, καθιστώντας το φυτό ευαίσθητο στις πιο σοβαρές μολυσματικές ασθένειες. Παραδείγματα μη μολυσματικών ασθενειών περιλαμβάνουν ακραίες θερμοκρασίες, υπερβολική ή έλλειψη νερού, έντομα, κακή διατροφή του εδάφους και τοξικές χημικές ουσίες. Αυτοί οι παράγοντες μπορούν να αποδυναμώσουν ολόκληρο το φυτό ή ένα συγκεκριμένο μέρος του φυτού, καθιστώντας το φυτό ευαίσθητο σε μολυσματικές ασθένειες στελεχών, ασθένειες σπόρων, ασθένειες λοβών και άλλα.
Οι μολυσματικές ή βιοτικές ασθένειες αποτελούν το μεγαλύτερο μέρος της ποικιλίας των ασθενειών των καλλιεργειών. Αυτά προκαλούνται από ζωντανούς οργανισμούς που μολύνουν την καλλιέργεια. Οι μύκητες, όπως οι μούχλες, οι σκουριές, οι μούχλες και τα βακτήρια, είναι η πιο κοινή αιτία για ασθένειες των καλλιεργειών. Οι περισσότεροι μύκητες απαιτούν πολύ υγρές συνθήκες για να ευδοκιμήσουν και να αναπαραχθούν. Μερικοί μύκητες αναπτύσσουν φλύκταινες στις καλλιέργειες, ενώ άλλοι παράγουν μια αποικία κονιοποιημένης, αποχρωματισμένης αιθάλης.
Τα βακτήρια και οι ιοί, που είναι άλλοι μολυσματικοί ξενιστές, είναι μικροσκοπικοί οργανισμοί που διεισδύουν στα φυτικά όργανα και αναπαράγονται. Ορισμένα βακτήρια δεν βλάπτουν τις καλλιέργειες, αλλά άλλα μπορούν να παράγουν τοξίνες ή να επιτεθούν στα κύτταρα των φυτών για τροφή. Οι ιοί συνήθως εξαπλώνονται από τα έντομα όταν ένα έντομο μασάει το προστατευτικό εξωτερικό στρώμα του φυτού και διεισδύει στα εσωτερικά κύτταρα. Οι βακτηριακές πληγές και μαραζώματα συχνά μαστίζουν τις καλλιέργειες σιταριού και κριθαριού καθώς και λαχανικά, όπως αγγούρια και φασόλια. Οι ασθένειες των καλλιεργειών που προκαλούνται από ιούς μπορούν να προκαλέσουν σημαντική ζημιά, όπως ο ιός του μωσαϊκού με ραβδώσεις σίτου και οι ασθένειες του ιού της πατάτας από ό, τι μπορούν να εξαλείψουν μια ολόκληρη καλλιέργεια πολύ γρήγορα.
Τα νηματοειδή και τα πρωτόζωα ταξινομούνται επίσης ως μολυσματικές ασθένειες. Αυτοί οι μικροσκοπικοί οργανισμοί που μοιάζουν με σκουλήκια κατοικούν στο έδαφος, περιμένοντας την ευκαιρία να επιτεθούν σε μια καλλιέργεια αποδυναμωμένη από μη μολυσματικά αίτια. Μπορεί να μεταφέρουν ιούς, προκαλώντας περαιτέρω ζημιά στις καλλιέργειες και περιπλέκοντας τη θεραπεία ασθενειών. Παραδείγματα αυτών των βιοτικών ασθενειών περιλαμβάνουν το νηματώδη κύστη πατάτας, το πεύκο και το νηματώδη κύστης σόγιας. Όπως διαπιστώθηκε από τα ονόματά τους, αυτές οι ασθένειες των καλλιεργειών εισβάλλουν στα ευαίσθητα ριζικά ή αγγειακά συστήματα των καλλιεργειών και προκαλούν κύστεις που εμποδίζουν την ανάπτυξη των φυτών και μειώνουν απότομα τις αποδόσεις των καλλιεργειών.
Ο περιορισμός ή η θεραπεία ασθενειών των καλλιεργειών είναι μεγάλη επιχείρηση. Επιστήμονες και γεωπόνοι έχουν αναπτύξει μυριάδες μυκητοκτόνα, εντομοκτόνα, φυτοφάρμακα και αντιβακτηριακά διαλύματα για τον έλεγχο των ασθενειών των καλλιεργειών. Ενώ έχουν γίνει πρόοδο, τα παθογόνα έχουν δείξει μια επίμονη τάση προσαρμογής στα απωθητικά. Καθώς η γεωργική βιομηχανία μαθαίνει περισσότερα για τους διάφορους τύπους και αιτίες των ασθενειών των καλλιεργειών, γίνεται καλύτερα εξοπλισμένη για τη θεραπεία και την πρόληψη των πολλών ασθενειών που μαστίζουν τις καλλιέργειες του κόσμου.