Ο σκοπός της διαχείρισης των οικοτόπων είναι να επιτευχθεί ο καλύτερος δυνατός συνδυασμός μεταξύ της ανθρώπινης κατοικίας και της φύσης. Οι επιχειρήσεις διατήρησης της άγριας ζωής δρουν για τη διατήρηση της ισορροπίας προστατεύοντας φυτά και ζώα υπό εξαφάνιση από ανθρώπινες παρεμβάσεις. Αντιστρόφως, πολλά προγράμματα διαχείρισης δασών χρησιμοποιούν την ανθρώπινη παρέμβαση ως έναν τρόπο για να επιταχύνουν τις διαδικασίες ανάπτυξης που θα χρειαστούν δεκαετίες ή και αιώνες για να συμβούν φυσικά. Περιστασιακά, η ανθρωπότητα απειλείται από τη δραστηριότητα των ζώων ή των φυτών, και σε αυτές τις περιπτώσεις, είναι οι οργανισμοί διαχείρισης της άγριας ζωής που αποκαθιστούν την ισορροπία.
Συχνά, χρησιμοποιούνται μέθοδοι διαχείρισης οικοτόπων για την προστασία των εδαφών απειλούμενων ειδών. Για παράδειγμα, λόγω της τάσης για πυρκαγιά, οι θάμνοι Fynbos της Νότιας Αφρικής φιλοξενούν μια ποικιλία ειδών που έχουν προσαρμοστεί ειδικά σε αυτές τις σκληρές συνθήκες. Ένας αριθμός από αυτά τα είδη δεν υπάρχουν πουθενά αλλού στη γη. Για να διασφαλιστεί η επιβίωση αυτών των φυτών και ζώων, λαμβάνεται μεγάλη προσοχή ώστε να αποφευχθεί η ανθρώπινη αλληλεπίδραση με αυτήν την περιοχή.
Σε πιο κατευθυνόμενες πρωτοβουλίες για τη διατήρηση της άγριας ζωής, μπορεί να απαιτείται πρακτική ανθρώπινη δράση για τη διάσωση ενός ζώου. Σε αυτές τις περιπτώσεις, τα μέλη του απειλούμενου είδους μπορούν να συλληφθούν και να τοποθετηθούν σε τεχνητά περιβάλλοντα για λόγους προστασίας και αναπαραγωγής. Το επιδιωκόμενο αποτέλεσμα αυτού του τύπου προγράμματος είναι συνήθως η αποκατάσταση βιώσιμων δεξαμενών αναπαραγωγής. Σε πολλές περιπτώσεις, ο απώτερος στόχος είναι η επανεισαγωγή ενός είδους στο φυσικό του περιβάλλον.
Η διαχείριση των οικοτόπων μιας μεγάλης περιοχής ανάπτυξης δένδρων ονομάζεται συχνά διαχείριση δασών. Παρόλο που το επίκεντρο αυτού του τύπου διατήρησης είναι σαφώς τα δέντρα, οι προσπάθειες διευρύνονται τακτικά για να συμπεριλάβουν τους οικοτόπους των φυτών και των ζώων που παρέχουν αυτές οι περιοχές. Στη Βόρεια Αμερική, η διαχείριση των δασών μελετά κυρίως τις βάσεις σκληρού ξύλου, αλλά οι αρχές μπορούν να επεκταθούν και στα δάση βροχής και στις ζούγκλες επίσης.
Ο τυπικός οικολογικός στόχος για τη διαχείριση των δασικών οικοτόπων είναι ένα μοτίβο ανάπτυξης που ονομάζεται υψηλό δάσος. Όλα τα στάδια ανάπτυξης των δέντρων, από τα δενδρύλλια έως τα αδιέξοδα αντιπροσωπεύονται σε αυτό το οικοσύστημα. Επιπλέον, η ζωή των ζώων και των φυτών είναι άφθονη και ποικίλη. Εάν ήταν ανενόχλητα, τα υψηλά δασικά βιομώματα θα εμφανίζονταν φυσικά. Μέσω προσεκτικών πρακτικών διαχείρισης των δασών, όπως η επιλεκτική ξυλεία, αυτός ο τύπος βιομάχου μπορεί να διατηρηθεί και να ενισχυθεί.
Σε σπάνιες περιπτώσεις, ο στόχος της διαχείρισης των οικοτόπων είναι να αποτρέψει τα ζώα από τον κίνδυνο ανθρώπινων πληθυσμών και περιουσιών. Σε ορισμένες περιοχές, για παράδειγμα, ένας συνδυασμός ανεξέλεγκτης αναπαραγωγής, περιορισμένου κυνηγιού και πρόσβασης σε ανθρώπινες πηγές τροφής έχουν οδηγήσει σε υπερπληθυσμό ελάφι λευκής ουράς. Ως αποτέλεσμα, οι αναφορές για υλικές ζημιές και τραυματισμούς λόγω ατυχημάτων ελάφια έναντι οχημάτων έχουν αυξηθεί δραματικά. Τα περιστατικά σημαντικών ζημιών στις καλλιέργειες από τη διατροφή των ελαφιών έχουν επίσης αυξηθεί. Οι απαντήσεις από τα τοπικά γραφεία διαχείρισης άγριας ζωής περιλαμβάνουν προγράμματα μετεγκατάστασης ζώων και μεγαλύτερες περιόδους κυνηγιού.