Τα μικροσκόπια χρησιμοποιούνται τόσο στις τάξεις όσο και στη διενέργεια σημαντικών αξιολογήσεων σε ιατρικά εργαστήρια και άλλες μικροτεχνολογίες. Οι διαφορετικοί τύποι έχουν σχεδιαστεί για αυτές τις διαφορετικές χρήσεις και επομένως θα διαφέρουν ανάλογα με την ανάλυση, τη μεγέθυνση, το βάθος πεδίου, το οπτικό πεδίο, τη μέθοδο φωτισμού, τον βαθμό αυτοματισμού και τον τύπο της εικόνας που παράγουν. Υπάρχουν ουσιαστικά τρεις κατηγορίες μικροσκοπίων: ηλεκτρονιακό, ομοεστιακό και σύνθετο.
Τα ηλεκτρονικά μικροσκόπια είναι εξαιρετικά εξελιγμένες συσκευές μεγέθυνσης. Αυτά χρησιμοποιούνται στην αρχαιολογία, την ιατρική και τη γεωλογία για την εξέταση επιφανειών και στρωμάτων αντικειμένων όπως όργανα και βράχους. Αντί να χρησιμοποιούν φως, αυτές οι συσκευές κατευθύνουν ένα ρεύμα ηλεκτρονίων στο δείγμα και οι προσαρτημένοι υπολογιστές αναλύουν τον τρόπο με τον οποίο τα ηλεκτρόνια σκεδάζονται από το υλικό. Το δείγμα πρέπει να αιωρείται μέσα σε θάλαμο κενού.
Με τα ηλεκτρονικά μικροσκόπια μετάδοσης, ένας επιστήμονας έχει μια άποψη δισδιάστατων τομών του αντικειμένου σε διαφορετικά βάθη. Φυσικά, με τόσο ισχυρά όργανα, τόσο ο βαθμός μεγέθυνσης όσο και η ανάλυση ή η ευκρίνεια της εικόνας είναι πολύ υψηλοί. Τα ηλεκτρονικά μικροσκόπια σάρωσης είναι ελαφρώς διαφορετικά στο ότι σαρώνουν ένα επιχρυσωμένο δείγμα για να δώσουν μια τρισδιάστατη άποψη της επιφάνειας ενός αντικειμένου. Αυτή η θέα είναι ασπρόμαυρη, αλλά δίνει μια εκπληκτική εικόνα, για παράδειγμα, των μικροσκοπικών λόφων και κοιλάδων ενός οστού δεινοσαύρου.
Ένα ομοεστιακό μικροσκόπιο είναι ένα βήμα πιο κάτω από τους προηγούμενους τύπους. Χρησιμοποιεί μια δέσμη λέιζερ για να φωτίσει ένα δείγμα, η εικόνα του οποίου στη συνέχεια βελτιώνεται ψηφιακά για προβολή σε οθόνη υπολογιστή. Το δείγμα είναι συχνά βαμμένο με έντονο χρώμα, έτσι το λέιζερ δίνει μια πιο αντίθετη εικόνα. Τοποθετείται σε γυάλινη τσουλήθρα όπως ακριβώς στη βιολογία του γυμνασίου. Αυτές οι συσκευές ελέγχονται αυτόματα και οι μηχανοκίνητοι καθρέφτες βοηθούν στην αυτόματη εστίαση.
Οι απλούστεροι τύποι βρίσκονται σε αίθουσες διδασκαλίας σε όλο τον κόσμο: σύνθετα μικροσκόπια. Αυτά λειτουργούν εξ ολοκλήρου με το χέρι και χρησιμοποιούν το συνηθισμένο φως του περιβάλλοντος από τον ήλιο ή έναν λαμπτήρα για να φωτίσουν το δείγμα. Ό,τι θέλει να δει ένας χρήστης τοποθετείται ανάμεσα σε δύο γυάλινες διαφάνειες και κόβεται κάτω από τον κύριο φακό και χρησιμοποιεί ένα καντράν για να εστιάζει την εικόνα. Αυτά τα εργαλεία χρησιμοποιούν μια απλή σειρά μεγεθυντικών φακών και καθρεφτών για να φέρουν την εικόνα σε προσοφθάλμιο, όπως ένα τηλεσκόπιο.
Τα σύνθετα μικροσκόπια χρησιμοποιούνται κυρίως στη βιολογία. Δίνουν μια δισδιάστατη φέτα ενός αντικειμένου, αλλά μπορούν να επιτύχουν μια αρκετά υψηλή μεγέθυνση για να δουν τμήματα ευκαρυωτικών κυττάρων, μια τρίχα ή αφρό λιμνών. Δυστυχώς, δεν έχουν εξαιρετική ανάλυση, επομένως η εικόνα μπορεί να είναι θολή. Τα στερεοσκοπικά μικροσκόπια, όπως υποδηλώνει το όνομα, παρέχουν μια τρισδιάστατη εικόνα διχοτομούμενων αντικειμένων, όπως μυϊκού ιστού ή οργάνου. Σε αυτήν την περίπτωση, η μεγέθυνση είναι κακή, επομένως ο θεατής δεν μπορεί να διακρίνει ξεχωριστά κελιά, αλλά η ανάλυση είναι πολύ βελτιωμένη.