Οι γιατροί παιδιατρικής παθολογίας μπορούν να επιλέξουν να συνεχίσουν τις σπουδές τους επιλέγοντας μία ή περισσότερες υποειδικότητες. Όπως οι γιατροί που επικεντρώνονται σε ασθένειες ενηλίκων, οι παιδίατροι μπορούν να επιλέξουν μια ιατρική ειδικότητα από διάφορους τομείς. Η ενδοκρινολογία, η γαστρεντερολογία, οι λοιμώδεις ασθένειες, η αιματολογία, η ογκολογία και η ρευματολογία είναι από τις πιο δημοφιλείς υποειδικότητες που επιλέγουν οι γιατροί που ασκούν την παιδιατρική εσωτερική ιατρική.
Οι ενδοκρινολόγοι ειδικεύονται σε ασθένειες που επηρεάζουν τους αδένες και την παραγωγή ορμονών από το σώμα. Ο νεανικός διαβήτης είναι ένα παράδειγμα αδενικής νόσου. προκαλείται από την αδυναμία του παγκρέατος να παράγει επαρκή ποσότητα ινσουλίνης, την οποία χρειάζεται το σώμα για να χρησιμοποιήσει το σάκχαρο στο αίμα. Άλλες καταστάσεις που μπορεί να αντιμετωπίσει ένας παιδοενδοκρινολόγος περιλαμβάνουν διαταραχές του θυρεοειδούς, της υπόφυσης ή των επινεφριδίων. Ένας ενδοκρινολόγος μπορεί επίσης να θεραπεύσει ασθενείς με διαταραχές που αφορούν τους όρχεις ή τις ωοθήκες, ειδικά ζητήματα που αναπτύσσονται κατά την περίοδο της εφηβείας. Οι παιδοενδοκρινολόγοι θεραπεύουν επίσης παιδιά που δεν αναπτύσσονται σωστά ή που έχουν προβλήματα με το βάρος τους.
Οι γαστρεντερολόγοι αντιμετωπίζουν προβλήματα που αφορούν το πεπτικό σύστημα, εστιάζοντας κυρίως σε διαταραχές που επηρεάζουν τα έντερα, το στομάχι και τα έντερα. Η πρακτική της γαστρεντερολογίας περιλαμβάνει επίσης διαταραχές που επηρεάζουν τη χοληδόχο κύστη, το ήπαρ και το πάγκρεας. Ο ίκτερος, η ηπατίτιδα και η κολίτιδα είναι από τις ασθένειες που μπορεί να αντιμετωπίσει ο παιδογαστρεντερολόγος.
Οι γιατροί που ειδικεύονται στις μολυσματικές ασθένειες επικεντρώνονται σε ασθένειες που καταστέλλουν το ανοσοποιητικό σύστημα. Οι ασθένειες μπορεί να προκληθούν από ιό, παράσιτα, βακτήρια ή μύκητες. Οι ειδικοί στις μολυσματικές ασθένειες είναι ειδικοί στο πώς μεταδίδονται οι λοιμώξεις, πώς το ανοσοποιητικό σύστημα του σώματος καταπολεμά τις λοιμώξεις και τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία λοιμώξεων. Ορισμένοι παιδιατρικοί λοιμωξιολόγοι επιλέγουν να ειδικεύονται σε ασθενείς που γεννιούνται με τον ιό της ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας (HIV). Άλλοι επικεντρώνονται σε ασθένειες που είναι πιο διαδεδομένες μεταξύ των παιδιών, όπως η διφθερίτιδα και η ιλαρά.
Οι αιματολόγοι αντιμετωπίζουν ασθένειες που επηρεάζουν το αίμα, όπως η δρεπανοκυτταρική αναιμία και η αναιμία. Οι ογκολόγοι είναι ειδικοί στη θεραπεία του καρκίνου. Ορισμένοι γιατροί παιδιατρικής παθολογίας επιλέγουν να συνδυάσουν τα δύο και επιλέγουν την παιδοαιματολογία/ογκολογία ως υποειδικότητα. Αυτοί οι γιατροί θεραπεύουν παιδιά με λευχαιμία, όγκους και καρκίνους.
Αν και η ρευματολογία είναι κατά κύριο λόγο η μελέτη των μυών, των οστών και των αρθρώσεων, ορισμένοι παιδορευματολόγοι ενσωματώνουν την υποειδικότητα με την παιδιατρική εσωτερική ιατρική. Ασθένειες όπως η νεανική ρευματοειδής αρθρίτιδα προκαλούνται από ελάττωμα στο ανοσοποιητικό σύστημα του σώματος, παρόλο που τα αποτελέσματα είναι πιο αισθητά στις αρθρώσεις του ασθενούς. σχεδόν 300,000 παιδιά στις ΗΠΑ πάσχουν από νεανική αρθρίτιδα. Οι παιδορευματολόγοι θεραπεύουν επίσης ασθενείς με ρευματικό πυρετό, νόσο Kawasaki, λύκο και νόσο του Raynaud.