Υπάρχουν τρία σημαντικά διαφορετικά είδη συστημάτων δακτυλικών αποτυπωμάτων. Το ένα είναι το είδος του συστήματος που χρησιμοποιείται για τη συλλογή και την επεξεργασία δακτυλικών αποτυπωμάτων. Ένα δεύτερο είναι ο τύπος συστήματος που επιτρέπει την αναγνώριση δακτυλικών αποτυπωμάτων που δεν έχουν γνωστό κάτοχο. Το τρίτο είναι το είδος του συστήματος που περιορίζει ή περιορίζει την πρόσβαση σε ένα συγκεκριμένο μέρος, μηχανή ή συλλογή πληροφοριών με βάση την ταυτότητα. Ένα τέταρτο είδος κιτ, ωστόσο, είναι η παιδική εκδοχή ενός κιτ αναγνώρισης δακτυλικών αποτυπωμάτων, που έχει σχεδιαστεί για να δώσει στους εκκολαπτόμενους επιστήμονες μια γεύση της εγκληματολογικής επιστήμης.
Για πολύ καιρό, ένα βασικό μέρος ενός συστήματος δακτυλικών αποτυπωμάτων για τη συλλογή δακτυλικών αποτυπωμάτων ήταν το inkpad. Πρόσφατα, τέθηκαν σε χρήση συστήματα χωρίς μελάνι. Αυτός ο τύπος συστήματος χρησιμοποιείται κυρίως για αιτούντες για απασχόληση, για άδειες και άδειες, για μετανάστευση και για κρατήσεις υπόπτων. Τα συστήματα συνήθως κατασκευάζονται σύμφωνα με τουλάχιστον μία από τις προδιαγραφές των κύριων συστημάτων αναγνώρισης δακτυλικών αποτυπωμάτων, ώστε να μπορούν να χρησιμοποιηθούν σε συνδυασμό. Επιπλέον, τα συστήματα συνήθως περικλείονται σε ένα κιτ από ανθεκτικό πλαστικό με λαβή, καθιστώντας το εύκολα φορητό.
Ο δεύτερος τύπος συστήματος δακτυλικών αποτυπωμάτων επιχειρεί να αντιστοιχίσει ένα ή περισσότερα δακτυλικά αποτυπώματα που έχουν συλλεχθεί χρησιμοποιώντας ένα κιτ συλλογής ή έχουν ανυψωθεί από έναν τόπο εγκλήματος σε μια συλλογή από αρχεία αναγνώρισης δακτυλικών αποτυπωμάτων που είναι αποθηκευμένα σε μια βάση δεδομένων. Επειδή αυτές οι βάσεις δεδομένων περιέχουν μετρήσεις φυσικών χαρακτηριστικών ατόμων, αναφέρονται ως βιομετρικές βάσεις δεδομένων.
Δύο σημαντικές βάσεις δεδομένων που εξυπηρετούν αυτή τη λειτουργία στις ΗΠΑ είναι το Integrated Automated Fingerprint Identification System (IAFIS) και το Next Generation Automated Biometric Identification System (ABIS) (NGA). Το IAFIS είναι μια εθνική βάση δεδομένων που περιλαμβάνει όχι μόνο δεδομένα δακτυλικών αποτυπωμάτων, αλλά και ποινικό ιστορικό. Διατηρείται από το Τμήμα Υπηρεσιών Πληροφοριών για την Ποινική Δικαιοσύνη (CJIS) του Ομοσπονδιακού Γραφείου Ερευνών (FBI). Τα κράτη μπορεί να έχουν τη δική τους εφαρμογή του AFIS. Άλλες χώρες έχουν επίσης τα δικά τους συστήματα. Το ABIS, το οποίο έχει κατασκευαστεί για να λειτουργεί σε συγχρονισμό με το IAFIS, είναι ένα έργο του Υπουργείου Άμυνας (DoD), που σχεδιάστηκε, κατασκευάστηκε και συντηρείται από την Lockheed Martin Corporation.
Ένα σύστημα δακτυλικών αποτυπωμάτων μπορεί να χρησιμοποιηθεί για ασφάλεια σε διάφορες καταστάσεις. Οι ηλεκτρονικοί αναγνώστες δακτυλικών αποτυπωμάτων μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ασφάλεια των υπολογιστών καθώς και για την πρόσβαση σε εγκαταστάσεις, συγκεκριμένα δωμάτια εντός των εγκαταστάσεων ή ένα όχημα. Εν μέρει επειδή τέτοια συστήματα έχουν υποστεί κατάχρηση, χρησιμοποιούνται πλέον παραλλαγές. Μια παραλλαγή είναι κάθε άτομο στο οποίο εκδίδεται μια προσωπική συσκευή που μεταφέρεται και χρησιμοποιείται για την επαλήθευση της ταυτότητας του κατόχου της. Η γεωμετρία χεριών, οι σαρώσεις αμφιβληστροειδούς και ίριδας, η ανάλυση φωνής και η αναγνώριση προσώπου ανταγωνίζονται όλα τα συστήματα δακτυλικών αποτυπωμάτων, με τους σαρωτές ίριδας να θεωρούνται καλύτεροι από όλους τους άλλους, εκτός από τις σαρώσεις αμφιβληστροειδούς, που πιστεύεται ότι είναι οι καλύτερες.