Η θεραπεία του αφθώδους έλκους μπορεί να αποτελείται από στοματικές εκπλύσεις και από του στόματος ή τοπικά φάρμακα. Ορισμένες θεραπείες στο σπίτι μπορεί επίσης να βοηθήσουν, όπως η χρήση γάλακτος μαγνησίας και η αλλαγή της διατροφής του ασθενούς. Σε ορισμένες περιπτώσεις, είναι σημάδι μιας υποκείμενης πάθησης, όπως τροφικές ευαισθησίες ή αλλεργίες, οπότε η αιτία πρέπει επίσης να αντιμετωπιστεί. Τα ήπια αφθώδη έλκη μπορεί να μην απαιτούν καμία θεραπεία, καθώς συνήθως υποχωρούν από μόνα τους σε μία ή δύο εβδομάδες.
Ένας ασθενής με αφθώδη έλκος, που συνήθως αποκαλείται άφθες, μπορεί μερικές φορές να μπερδέψει αυτή την πάθηση με έρπη. Ο επιχείλιος έρπης εμφανίζεται στο χείλος, ενώ τα αφθώδη έλκη αναπτύσσονται στο εσωτερικό του στόματος και μπορεί να γίνουν επώδυνα, καθιστώντας την ομιλία και το φαγητό προβληματικά. Τα ενοχλητικά αφθώδη έλκη μπορεί να καλύπτονται με μια παχιά πάστα από μαγειρική σόδα και νερό. Ο ασθενής μπορεί επίσης να δοκιμάσει ένα σπιτικό στοματικό ξέβγαλμα, που αποτελείται είτε από αλάτι και νερό είτε από μαγειρική σόδα και νερό.
Τα τσιπς πάγου μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για τη θεραπεία του αφθικού έλκους. Ο ασθενής πρέπει να κρατά πάγο πάνω από την πληγή πολλές φορές την ημέρα για να ανακουφίσει τον πόνο. Η τοπική εφαρμογή μιας σταγόνας γάλακτος μαγνησίας μερικές φορές την ημέρα μπορεί να επιταχύνει την επούλωση. Η αποφυγή πικάντικων ή λειαντικών τροφών μπορεί επίσης να συμπληρώσει τις θεραπείες αφθώδους έλκους. Η επιμελής στοματική υγιεινή μπορεί να βοηθήσει στην πρόληψη του αφθικού έλκους από την ανάπτυξη βακτηριακής λοίμωξης.
Όταν μια πληγή δεν επουλωθεί μέσα σε μία ή δύο εβδομάδες ή είναι σοβαρή, οι ασθενείς θα πρέπει να επισκεφτούν γιατρό για θεραπεία αφθώδους έλκους. Ένα στοματικό διάλυμα με συνταγή γιατρού μπορεί να ανακουφίσει τη φλεγμονή και να ανακουφίσει την ενόχληση. Μπορεί επίσης να συνταγογραφήσει μια πάστα που περιέχει fluocinonide, amlexanox ή βενζοκαΐνη για να βοηθήσει στην επιτάχυνση της διαδικασίας επούλωσης. Αυτές οι πάστες πρέπει να εφαρμόζονται τοπικά στην πληγή. Μια άλλη τοπική θεραπεία αφθώδους έλκους είναι η ντεβακτερόλη, ένα χημικό διάλυμα.
Ο γιατρός μπορεί επίσης να συστήσει από του στόματος φάρμακα για τη θεραπεία του αφθώδους έλκους, τα οποία μπορεί να περιλαμβάνουν φάρμακα για την καούρα. Λιγότερο συχνά, τα κορτικοστεροειδή μπορούν να χρησιμοποιηθούν όταν η πληγή δεν ανταποκρίνεται σε άλλες θεραπείες. Οι ασθενείς που καταναλώνουν ανεπαρκείς δίαιτες μπορεί να ωφεληθούν από συμπληρώματα, όπως οι βιταμίνες του συμπλέγματος Β και ο σίδηρος.
Τα αφθώδη έλκη μπορεί μερικές φορές να είναι σημάδι μιας πιο σοβαρής υποκείμενης πάθησης. Οι ασθενείς θα πρέπει να ενημερώνουν τους γιατρούς τους για όλες τις άλλες ιατρικές τους καταστάσεις. Μπορεί να είναι μια απάντηση σε τροφικές αλλεργίες ή ευαισθησίες. Οι ασθενείς θα πρέπει να εξαλείψουν τις προσβλητικές τροφές από τη διατροφή τους για να συμπληρώσουν τη θεραπεία του έλκους. Αυτές οι πληγές μπορεί επίσης να είναι σημάδι μειωμένου ανοσοποιητικού συστήματος, κοιλιοκάκης ή φλεγμονωδών ασθενειών του εντέρου, για τις οποίες ο γιατρός πιθανότατα θα συνταγογραφήσει άλλες θεραπείες.