Τα αυτοάνοσα νοσήματα κάνουν το ανοσοποιητικό σύστημα του σώματος να επιτίθεται σε υγιή κύτταρα και ιστούς που μπερδεύονται με άρρωστο ιστό ή επιβλαβή κύτταρα. Υπάρχουν πολλοί διαφορετικοί τύποι αυτοάνοσων νοσημάτων και συχνά απαιτούν διαφορετικές μεθόδους θεραπείας. Ποια μέρη του σώματος επηρεάζονται από τη νόσο βοηθούν τους γιατρούς να καθορίσουν ποιες θεραπευτικές προσεγγίσεις θα ήταν καλύτερες. Τα μέρη του σώματος που επηρεάζονται συχνότερα περιλαμβάνουν τον θυρεοειδή, το πάγκρεας, τους μύες, το δέρμα, τα αιμοφόρα αγγεία και τις αρθρώσεις. Η θεραπεία της αυτοάνοσης νόσου μπορεί να περιλαμβάνει ανοσοκατασταλτικά φάρμακα, ορμόνες, συμπληρώματα, μεταγγίσεις αίματος και φυσικοθεραπεία.
Τα ανοσοκατασταλτικά φάρμακα χρησιμοποιούνται σε πολλά σχέδια θεραπείας αυτοάνοσων ασθενειών. Αυτά τα φάρμακα μειώνουν τις επιθέσεις του ανοσοποιητικού συστήματος σε όργανα, αρθρώσεις, μύες και άλλους ιστούς. Τα ανοσοκατασταλτικά φάρμακα μπορεί να προκαλέσουν σοβαρές παρενέργειες σε ορισμένους ασθενείς, επομένως θα πρέπει να λαμβάνονται ακριβώς όπως συνταγογραφούνται και οι ασθενείς που λαμβάνουν αυτά τα φάρμακα θα πρέπει να παρακολουθούνται προσεκτικά από τους γιατρούς τους για σημεία νεφρικών ή ηπατικών προβλημάτων. Οι ασθενείς που λαμβάνουν ανοσοκατασταλτικά φάρμακα για θεραπεία αυτοάνοσων ασθενειών μπορεί να είναι πιο επιρρεπείς σε σοβαρές λοιμώξεις, επομένως θα πρέπει να λαμβάνουν προφυλάξεις για να παραμείνουν υγιείς και να επισκέπτονται τον γιατρό τους εάν αρρωστήσουν ή αναπτύξουν μολυσμένο τραύμα.
Οι ορμόνες και τα συμπληρώματα μπορούν να βοηθήσουν στην αντικατάσταση των ελλείψεων που οφείλονται σε μια αυτοάνοση νόσο. Ανάλογα με τον τύπο της νόσου, οι ασθενείς μπορεί να χρειαστούν συμπλήρωμα θυρεοειδούς, ενέσεις ινσουλίνης ή συμπληρώματα βιταμινών ως μέρος της θεραπείας της αυτοάνοσης νόσου. Οι ασθενείς με αυτοάνοσα νοσήματα δεν πρέπει να λαμβάνουν συμπληρώματα, βότανα ή βιταμίνες, εκτός εάν το συστήσουν οι γιατροί τους, καθώς αυτές οι ουσίες μπορεί να αλλάξουν τη λειτουργία των οργάνων και τον τρόπο λειτουργίας του ανοσοποιητικού συστήματος.
Οι ασθενείς που έχουν διαγνωστεί με αυτοάνοσο νόσημα που επηρεάζει το αίμα μπορεί να χρειαστεί να υποβάλλονται σε τακτικές μεταγγίσεις αίματος. Ορισμένες ασθένειες προκαλούν το ανοσοποιητικό σύστημα να επιτεθεί στα ερυθρά αιμοσφαίρια του σώματος, τα οποία μεταφέρουν οξυγόνο σε όλο το σώμα. Οι μεταγγίσεις αίματος μπορεί να προκαλέσουν επιπλοκές, συμπεριλαμβανομένης της μετάδοσης ασθενειών που μεταδίδονται με το αίμα, αλλεργικής αντίδρασης και συσσώρευσης σιδήρου, που μπορεί να βλάψουν το συκώτι και την καρδιά. Η θεραπεία χηλίωσης, η οποία αφαιρεί την περίσσεια σιδήρου, μπορεί να χρειαστεί σε συνδυασμό με μεταγγίσεις αίματος για τη θεραπεία της αυτοάνοσης νόσου σε ορισμένους ασθενείς.
Η φυσικοθεραπεία μπορεί να βοηθήσει στην ελαχιστοποίηση του πόνου και του οιδήματος και επίσης να αυξήσει την κινητικότητα σε ασθενείς με ασθένειες που επηρεάζουν τους μύες και τις αρθρώσεις. Τα μη στεροειδή αντιφλεγμονώδη φάρμακα, όπως η ιβουπροφαίνη και η ναπροξένη, μπορούν επίσης να βοηθήσουν στη μείωση της φλεγμονής που σχετίζεται με τις επιθέσεις του ανοσοποιητικού συστήματος σε αυτούς τους μαλακούς ιστούς. Πολλοί ασθενείς με αυτοάνοσα νοσήματα πρέπει να επισκέπτονται γιατρούς που ειδικεύονται σε μια συγκεκριμένη περιοχή του σώματος για θεραπεία, όπως ρευματολόγους για τις αρθρώσεις και τους μύες ή ενδοκρινολόγους για αυτοάνοσες ασθένειες που σχετίζονται με τον θυρεοειδή και το πάγκρεας.