Οι θεραπείες κονδυλώματος περιλαμβάνουν τοπικά φάρμακα, θερμοκρασίες κατάψυξης, ηλεκτρικό ρεύμα και λέιζερ διοξειδίου του άνθρακα. Οι γιατροί μπορεί επίσης να επιλέξουν τη χειρουργική αφαίρεση. Η πορεία της θεραπείας τυπικά εξαρτάται από την κατάσταση της υγείας και του ανοσοποιητικού συστήματος του ασθενούς, την κατάσταση εγκυμοσύνης και την επιτυχία των προηγούμενων μεθόδων θεραπείας. Οι πάροχοι υγειονομικής περίθαλψης γενικά αντιμετωπίζουν μόνο ασθενείς με ορατές βλάβες με την ελπίδα ότι η αφαίρεση θα βοηθήσει το ανοσοποιητικό σύστημα στην αναστολή της αναπαραγωγής των ιικών κυττάρων.
Η αρχική θεραπεία είναι συνήθως η εφαρμογή τοπικού τζελ, διαλύματος ή αλοιφής στις βλάβες. Ορισμένα φάρμακα απαιτούν πολλαπλές καθημερινές εφαρμογές, ενώ άλλα πρέπει να εφαρμόζονται μία φορά την ημέρα για συγκεκριμένο αριθμό ημερών την εβδομάδα. Αυτά τα παρασκευάσματα είναι γενικά καυστικά και έχουν σχεδιαστεί για να καταστρέφουν τον ιστό της βλάβης. Οι ανεπιθύμητες ενέργειες ποικίλλουν ανάλογα με τον τύπο του φαρμάκου και κυμαίνονται από ήπιες έως σοβαρές. Ορισμένοι τοπικοί παράγοντες μπορεί να προκαλέσουν κάψιμο και κνησμό της γύρω περιοχής και άλλα σκευάσματα μπορεί να προκαλέσουν επώδυνα έλκη στο δέρμα.
Όταν τα τοπικά φάρμακα παρέχουν ανεπαρκή αποτελέσματα και η ασθενής είναι έγκυος, οι γιατροί συχνά αντιμετωπίζουν τα κονδυλώματα με κρυοθεραπεία. Αυτός ο τύπος θεραπείας κονδυλώματος είναι γενικά επιτυχής σε μικρότερες βλάβες. Ένας κρυοανιχνευτής, που περιέχει υγρό άζωτο, εφαρμόζεται σε κάθε βλάβη. Η ταχεία κατάψυξη και η επακόλουθη απόψυξη σπάει τα κυτταρικά τοιχώματα και προκαλεί εκτεταμένη κυτταρική βλάβη. Η φλεγμονή μετά τη θεραπεία μπορεί επίσης να συμβάλει στη διαδικασία κυτταρικής καταστροφής.
Η ηλεκτροδεξίωση, ή ηλεκτροχειρουργική, είναι μια διαδικασία κατά την οποία το ηλεκτρικό ρεύμα διέρχεται μέσω μιας βελόνας ή ενός μικρού βρόχου. Η μέθοδος διπολικής βελόνας παρέχει θερμότητα που παράγεται υψηλής συχνότητας για να εντοπίσει τα σημεία. Ένας διπολικός βρόχος καίει και κόβει τον ιστό ενώ παράλληλα σταματά την αιμορραγία. Αυτός ο τύπος θεραπείας κονδυλώματος χρησιμοποιείται συχνά για την αφαίρεση μεγαλύτερων γεννητικών κονδυλωμάτων. Μπορεί να γίνει σε εξωτερικά ιατρεία με τοπική αναισθησία.
Η θεραπεία με λέιζερ διοξειδίου του άνθρακα μπορεί να πραγματοποιηθεί με τοπική ή γενική αναισθησία. Η θεραπεία των κονδυλωμάτων με αυτόν τον τρόπο γενικά καταστρέφει τις βλάβες ενώ προφυλάσσει το περιβάλλον υγιές δέρμα. Οι ασθενείς που πάσχουν από ανθεκτικές ή εκτεταμένες βλάβες συχνά επωφελούνται από αυτόν τον τύπο θεραπείας κονδυλώματος. Οι εκθέσεις υποστηρίζουν ότι περίπου οι μισοί από τους ασθενείς που λαμβάνουν θεραπεία με λέιζερ γίνονται εντελώς απαλλαγμένοι από βλάβες μέσα σε τρία χρόνια.
Η χειρουργική αφαίρεση των βλαβών του κονδυλώματος περιλαμβάνει την αφαίρεση του ιστού από το σώμα με τη χρήση νυστέρι και μπορεί να πραγματοποιηθεί με τοπική ή γενική αναισθησία. Αυτή η μέθοδος θεραπείας των κονδυλωμάτων συνήθως προορίζεται για εκτεταμένες ή ανθεκτικές διεργασίες της νόσου και ενδέχεται να απαιτηθούν ράμματα μετά την αφαίρεση της βλάβης. Μελέτες δείχνουν ότι έως και το 72% των ασθενών που υποβάλλονται σε χειρουργική αφαίρεση γίνονται χωρίς βλάβες μέσα σε ένα χρόνο.