Οι μεμονωμένες θεραπείες ΣΜΝ ή οι σεξουαλικά μεταδιδόμενες ασθένειες, είτε περιλαμβάνουν φαρμακευτική αγωγή είτε θεραπεία, εξαρτώνται από τους τύπους των σεξουαλικώς μεταδιδόμενων νοσημάτων. Τα συνταγογραφούμενα φάρμακα είναι συνήθως απαραίτητα για τη θεραπεία ενός ΣΜΝ. Αν και μια δόση φαρμάκου μπορεί να είναι το μόνο που χρειάζεται ένας ασθενής σε ορισμένες περιπτώσεις, άλλα ΣΜΝ απαιτούν ισόβιες θεραπείες.
Τα αντιβιοτικά είναι κοινές θεραπείες STD για βακτηριακές λοιμώξεις. Τα χλαμύδια, ένα ΣΜΝ που προκαλείται από το βακτήριο Chlamydia trachomatis, μπορεί συχνά να αντιμετωπιστεί με θεραπεία με αντιβιοτικά μίας ή πολλαπλών δόσεων σε μορφή χαπιού. Ένα άλλο ΣΜΝ, η γονόρροια, συχνά προσβάλλεται ταυτόχρονα με χλαμύδια. Αντιμετωπίζεται επίσης με αντιβιοτικά φάρμακα. Εντατικές θεραπείες μπορεί να χορηγηθούν σε ασθενείς με σοβαρές περιπτώσεις αυτής της νόσου και οι ασθενείς μπορούν να αναμένουν να επιστρέψουν για μια επίσκεψη παρακολούθησης για να προσδιορίσουν εάν οι θεραπείες ήταν αποτελεσματικές.
Η σύφιλη, μια άλλη βακτηριακή λοίμωξη, μπορεί συνήθως να αντιμετωπιστεί με ένα κοινό αντιβιοτικό, όπως η πενικιλίνη. Στους ασθενείς συνήθως δεν χορηγείται το φάρμακο από το στόμα, καθώς έχει αποδειχθεί ότι είναι αναποτελεσματικό έναντι της θεραπείας της σύφιλης. Αντίθετα, το αντιβιοτικό συνήθως χορηγείται ενδοφλεβίως ή με ένεση.
Οι μεταδοτικές δερματικές ασθένειες που προσβάλλονται μέσω της σεξουαλικής επαφής, όπως οι ηβικές ψείρες ή η ψώρα, αντιμετωπίζονται συνήθως με κάποιο είδος τοπικού φυτοφαρμάκου, όπως και οι ψείρες της κεφαλής. Μια λοσιόν, κρέμα ή άλλος τοπικός παράγοντας είναι η πιο κοινή μέθοδος που χρησιμοποιείται για την εξάλειψη αυτών των τύπων ΣΜΝ. Ορισμένες δερματικές παθήσεις, ωστόσο, μπορεί να απαιτούν και από του στόματος φαρμακευτική αγωγή. Όπως συμβαίνει με όλες τις άλλες θεραπείες για ΣΜΝ, συνιστάται επίσης στους σεξουαλικούς συντρόφους ενός ασθενούς να αναζητούν εξετάσεις και θεραπεία όταν αντιμετωπίζεται μια δερματική νόσος.
Τα ΣΜΝ που προκαλούν δερματικά εξογκώματα, όπως το μαλάκιο, μπορούν να αντιμετωπιστούν με διάφορους τρόπους. Μερικοί γιατροί μπορεί να προτιμούν να αποστραγγίζουν τα εξογκώματα ενώ άλλοι προτιμούν να τα αφαιρούν μέσω λέιζερ ή ψυκτικών παραγόντων. Οι κρέμες και άλλα τοπικά φάρμακα μπορεί επίσης να ανακουφίσουν τους ασθενείς από τον ιό. Στις περισσότερες περιπτώσεις, ωστόσο, το molluscum contagiosum μπορεί να εξαφανιστεί από μόνο του μέσα σε λίγους μήνες. Τοπικές κρέμες ή τζελ και ψυκτικοί παράγοντες χρησιμοποιούνται επίσης συχνά για τη θεραπεία των κονδυλωμάτων των γεννητικών οργάνων.
Ορισμένες θεραπείες ΣΜΝ δεν μπορούν να θεραπεύσουν τις αντίστοιχες ασθένειές τους. Ιοί όπως ο HIV, το AIDS και ο έρπης των γεννητικών οργάνων δεν έχουν θεραπεία. Αν και τα συμπτώματά τους μπορούν να αντιμετωπιστούν με διάφορα από του στόματος φάρμακα ή τοπικές θεραπείες, τα άτομα που προσβάλλονται από αυτές τις ασθένειες μπορούν να περιμένουν να λαμβάνουν θεραπείες για ΣΜΝ εφ’ όρου ζωής. Οι θεραπείες για το AIDS και τον HIV θεωρούνται πολύπλοκες και εξαρτώνται από την περίπτωση κάθε ασθενούς ξεχωριστά. Συνήθως ένας συνδυασμός πολλών φαρμάκων, όπως αντιρετροϊκά φάρμακα, απαιτείται για την αντιμετώπιση των συμπτωμάτων αυτών των ΣΜΝ.