Τα cupcakes μπορεί να είναι μικρά επιδόρπια μιας μερίδας, αλλά πολλά από αυτά περιέχουν εκατοντάδες θερμίδες και σχεδόν το ένα τρίτο της συνολικής ποσότητας λίπους που πρέπει να καταναλώνει ένα άτομο σε μια δεδομένη ημέρα. Αν και τα παραδοσιακά cupcakes είναι συχνά πολύ ανθυγιεινά, υπάρχουν πολλά είδη υγιεινών cupcakes που μπορούν να παρασκευαστούν. Ως επί το πλείστον, οποιαδήποτε συνταγή για cupcake μπορεί να τροποποιηθεί για να παρασκευαστούν υγιεινά cupcakes αντικαθιστώντας μερικά βασικά συστατικά, ειδικά τη ζάχαρη, το βούτυρο και το εκλεπτυσμένο λευκό αλεύρι. Αν και αυτές οι αντικαταστάσεις δίνουν στα cupcakes καλύτερη διατροφική αξία και λιγότερες κενές θερμίδες, αυτά τα επιδόρπια πρέπει να τα απολαμβάνετε με μέτρο.
Μερικά υγιεινά cupcakes εξαλείφουν μέρος ή όλο το βούτυρο σε μια συνταγή για να εξαλείψουν πολλές από τις θερμίδες. Η σάλτσα μήλου είναι μια κοινή υποκατάσταση βουτύρου, επειδή δίνει στα cupcakes επιπλέον γλυκύτητα και υγρασία. Γιαούρτι χωρίς λιπαρά ή με μειωμένα λιπαρά μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί αντί για βούτυρο για να γίνουν τα cupcakes πιο αφράτα και απαλά.
Άλλοι τύποι υγιεινών cupcakes μπορούν να χρησιμοποιούν αλεύρι ολικής αλέσεως αντί για επεξεργασμένο λευκό αλεύρι. Αυτός ο τύπος αλευριού, που χρησιμοποιείται συνήθως σε αρτοσκευάσματα, έχει χάσει πολλά από τα θρεπτικά του συστατικά, επομένως περιέχει μεγάλο αριθμό θερμίδων σε σχέση με την ποσότητα βιταμινών, μετάλλων και μακροθρεπτικών συστατικών που περιέχει. Μπορεί να χρησιμοποιηθεί αλεύρι ολικής αλέσεως αντί για λευκό αλεύρι, αν και είναι επίσης δυνατό να χρησιμοποιηθούν αλεύρια από άλλα δημητριακά, όπως κινόα, αμάρανθος ή τεφ. Η γεύση καθενός από αυτά τα αλεύρια έχει σημαντική επίδραση στη γεύση των cupcakes και η γεύση άλλων τύπων αλευριού πρέπει συχνά να αποκτηθεί προτού οι άνθρωποι απολαύσουν αυτούς τους τύπους υγιεινών cupcakes.
Η προσθήκη φρέσκων φρούτων και λαχανικών στη ζύμη για cupcake μπορεί επίσης να κάνει αυτά τα επιδόρπια πιο υγιεινά. Τα κολοκυθάκια, τα καρότα, η κολοκύθα, τα μήλα, τα μούρα και τα παντζάρια μπορούν να αναμειχθούν σε cupcakes για να δώσουν σε αυτά τα επιδόρπια περισσότερη γεύση και περισσότερα θρεπτικά συστατικά. Τα περισσότερα από αυτά τα συστατικά πρέπει να τεμαχιστούν, έτσι ώστε να ψηθούν στο αλεύρι των υγιεινών cupcakes και να μην σχηματίσουν μασώμενες τσέπες λαχανικών.
Πολλά cupcakes φτιάχνονται με frosting από πάνω ή γέμιση στη μέση. Ως επί το πλείστον, αυτές οι επικαλύψεις παρασκευάζονται με πολλή ζάχαρη και βούτυρο, τα οποία συμβάλλουν σε πολλές θερμίδες χωρίς καμία πρόσθετη διατροφή. Στα υγιεινά cupcakes, το frosting μπορεί να γίνει με τυρί κρέμα με μειωμένα λιπαρά ή marshmallows αντί για βούτυρο και ζάχαρη. Η κομπόστα φρέσκων φρούτων μπορεί να χρησιμοποιηθεί αντί για γεμίσεις που είναι παραδοσιακά πολύ πλούσιες σε λιπαρά.