Ο μισθός ενός οικογενειακού γιατρού μπορεί να επηρεαστεί από μια μεγάλη ποικιλία πολιτιστικών και οικονομικών παραγόντων. Υπάρχει ασυμφωνία μεταξύ των μισθών οικογενειακής ιατρικής των ιατρών που βρίσκονται σε ιδιωτικό ιατρείο και εκείνων που εργάζονται κάτω από την ομπρέλα ενός νοσοκομείου ή ενός οργανισμού συντήρησης της υγείας. Το εισόδημα ενός γιατρού εξαρτάται επίσης από τη χώρα στην οποία ασκείται, με βάση το εάν η κυβέρνηση του έθνους παρέχει μερική ή πλήρως επιδοτούμενες υπηρεσίες υγειονομικής περίθαλψης. Ένα άλλο στοιχείο που παίζει σημαντικό ρόλο στους μισθούς της οικογενειακής ιατρικής είναι η γεωγραφική θέση του ιατρού.
Μελέτες έχουν αποδείξει με συνέπεια ότι οι μισθοί της οικογενειακής ιατρικής είναι χαμηλότεροι από την αποζημίωση που κερδίζουν οι χειρουργοί και οι ειδικοί. Η ανισότητα αντισταθμίζεται μερικές φορές από το χρονικό διάστημα που είχε στην πράξη ένας οικογενειακός γιατρός. Όπως συμβαίνει με τους περισσότερους επαγγελματίες σταδιοδρομίας, εκείνα τα άτομα που έχουν εδραιωθεί μέσα σε μια κοινότητα για μια περίοδο ετών τείνουν να δημιουργήσουν μια μεγάλη πελατειακή βάση. Ένας μεγαλύτερος αριθμός ασθενών μεταφράζεται άμεσα σε υψηλότερα έσοδα και ένας βετεράνος οικογενειακός γιατρός που έχει εξαιρετική φήμη μπορεί να ξεπεράσει έναν ειδικό από άποψη εισοδήματος.
Οι οικογενειακοί ιατροί συχνά αποτελούν το μεγαλύτερο ποσοστό του ιατρικού προσωπικού μιας αγροτικής περιοχής. Ο αριθμός των οικογενειακών γιατρών σε μια μεγάλη πόλη μπορεί να ανέλθει σε εκατοντάδες ή και χιλιάδες, ενώ ο αριθμός σε μια μικρή πόλη μπορεί να υπολογίζεται από τη μία πλευρά. Οι νόμοι της προσφοράς και της ζήτησης μπαίνουν στο παιχνίδι, και ο ανταγωνισμός μερικές φορές προκαλεί χαμηλότερους μισθούς οικογενειακής ιατρικής στην αστική τοποθεσία από ό, τι στην αγροτική. Αυτό είναι ιδιαίτερα σχετικό όταν προσαρμογές του κόστους ζωής λαμβάνονται υπόψη στην εξίσωση εσόδων.
Σε ορισμένες χώρες, ένα υψηλό ποσοστό των ασθενών που βλέπουν οι αστικοί γιατροί καλύπτονται από ιδιωτική ασφάλιση υγείας. Οι αγροτικοί γιατροί μπορεί να βλέπουν συχνότερα ασθενείς των οποίων οι ανάγκες υγειονομικής περίθαλψης επιδοτούνται από κυβερνητικά προγράμματα. Η ιδιωτική ασφάλιση συνήθως υπερβαίνει τα δημόσια χρηματοδοτούμενα προγράμματα όσον αφορά τις ιατρικές διαδικασίες που καλύπτονται και το επίπεδο των τελών που καταβάλλονται στον ιατρό. Οι μισθοί της οικογενειακής ιατρικής είναι συχνά χαμηλότεροι σε χώρες όπου η υγειονομική περίθαλψη πληρώνεται πλήρως από την κυβέρνηση ή όπου επικρατούν κυβερνητικά προγράμματα υγειονομικής περίθαλψης.
Οι οικογενειακοί γιατροί που απασχολούνται σε νοσοκομείο ή προσλαμβάνονται από ιατρικές ομάδες που διαθέτουν μια σειρά ειδικών γενικά λαμβάνουν υψηλότερο ποσοστό αμοιβής από εκείνους σε μικρές ή μεμονωμένες πρακτικές. Αυτό συμβαίνει εν μέρει επειδή ένα νοσοκομείο ή μια ομάδα τείνει να λαμβάνει πληρωμές από ένα ευρύ φάσμα πηγών και απασχολεί μέλη προσωπικού που ειδικεύονται στην αντιμετώπιση ασφαλιστικών εταιρειών και κυβερνητικών οργανισμών υγείας. Τέτοιες μεγάλες επεμβάσεις είναι συχνά πιο οικονομικά αποδοτικές από τις μικρές πρακτικές, επιτρέποντας υψηλότερο ποσοστό αμοιβής για τους γιατρούς του προσωπικού.