Η επιλογή της καλύτερης υπηρεσίας μικροσκοπίου εξαρτάται από τις συγκεκριμένες ανάγκες του πελάτη. Οι υπηρεσίες μικροσκοπίας μπορεί να ειδικεύονται σε διάφορους τομείς, συμπεριλαμβανομένης της βιολογικής έρευνας, της αξιολόγησης καταναλωτικών προϊόντων και της εγκληματολογικής ανάλυσης. Οι βιομηχανίες μπορεί να διαθέτουν εξοπλισμό μικροσκοπίας, αλλά απαιτούν εκπαίδευση στη χρήση του εξοπλισμού ή στην προετοιμασία του δείγματος. Τα εργαστήρια και οι ανεξάρτητες επιχειρήσεις προσφέρουν μαθήματα κατάρτισης και εκπαιδευτικό υλικό για την κάλυψη αυτών των αναγκών, ενώ άλλες υπηρεσίες μικροσκοπίου πωλούν εξοπλισμό, αξεσουάρ και υπηρεσίες επισκευής μικροσκοπίου.
Χρησιμοποιώντας ηλεκτρονικά μικροσκόπια υψηλής ανάλυσης, μια υπηρεσία βιολογικού μικροσκοπίου μπορεί να εντοπίσει βακτήρια, ιούς ή άλλα μικρόβια που δεν είναι ορατά με γυμνό μάτι. Οι υπηρεσίες που παρέχουν αυτά τα εργαστήρια περιλαμβάνουν συχνά την ανίχνευση ύποπτων οργανισμών σε ένα δείγμα ή την ταυτοποίηση νέων στελεχών ενός μικροβίου. Οι υπηρεσίες περιλαμβάνουν γενικά μικρογραφίες ή φωτογραφίες των μικροσκοπικών οργανισμών και γραπτές αναφορές που μπορεί να περιλαμβάνουν σημειώσεις παρατήρησης. Αυτές οι υπηρεσίες συνήθως χρειάζονται δύο έως τέσσερις εβδομάδες και τα τέλη ποικίλλουν ανάλογα με τον αριθμό των δειγμάτων και τον τύπο της εξέτασης που απαιτείται.
Μια υπηρεσία βιομηχανικού μικροσκοπίου μπορεί να εξυπηρετεί εταιρείες που κατασκευάζουν προϊόντα οικιακής ή προσωπικής φροντίδας. Χρησιμοποιώντας οπτικά μικροσκόπια, αυτά τα εργαστήρια αναλύουν συνήθως δείγματα προϊόντων μικροσκοπικά για ενδείξεις αποτελεσματικότητας. Οι τεχνικοί μπορεί να παρατηρήσουν δείγματα μαλλιών για τα αποτελέσματα πριν και μετά ή να αξιολογήσουν δείγματα δέρματος για αντιδράσεις που παράγονται από διαφορετικά προϊόντα. Οι υπηρεσίες οπτικού μικροσκοπίου μπορεί επίσης να περιλαμβάνουν αναγνώριση ινών, ινωδών ή πορωδών υλικών και πολυμερών που χρησιμοποιούνται ως συστατικά σε βιομηχανικά προϊόντα.
Ορισμένα εργαστήρια σέρβις μικροσκοπίων προσφέρουν ψηφιακή και ελαφριά μικροσκοπία ή ηλεκτρονική μικροσκοπία για ανάλυση και αναγνώριση υλικών για διάφορα θέματα που κυμαίνονται από την αυτοκινητοβιομηχανία έως τη μηχανική ποιότητας του νερού. Παρέχονται επίσης μικροσκοπικές υπηρεσίες για εγκληματολογία εγκληματολογίας. Τα εργαστήρια μπορούν να εντοπίσουν υπολείμματα χημικών που αφήνονται πίσω μετά από πυρκαγιά ή έκρηξη και οι τεχνικοί μπορούν να πραγματοποιήσουν χημική και διασταυρούμενη ανάλυση τριχών και ινών από σκηνές βίαιου εγκλήματος. Οι ιατροδικαστές μπορούν επίσης να αναγνωρίσουν δείγματα εδάφους και να ταιριάξουν υλικά σε συγκεκριμένες γεωλογικές τοποθεσίες.
Ορισμένα εργαστήρια προσφέρουν προσωπικά και διαδικτυακά μαθήματα κατάρτισης για χρήση ηλεκτρονικού μικροσκοπικού εξοπλισμού και τις μεθόδους που απαιτούνται για τη στερέωση και την προετοιμασία των δειγμάτων. Τα θέματα που καλύπτονται σε αυτά τα μαθήματα περιλαμβάνουν τις τεχνικές που απαιτούνται για την αφυδάτωση και την κρυοκαθήλωση των δειγμάτων. Η οδηγία μπορεί επίσης να περιλαμβάνει την τεχνική προετοιμασίας δειγμάτων για προβολή λεπτής φέτας ή διατομής με την πρώτη ενσωμάτωση δειγμάτων σε ρητίνη.
Όταν οι επιχειρήσεις σκέφτονται την αγορά εξοπλισμού μικροσκοπίου, ορισμένες υπηρεσίες μικροσκοπίου προσφέρουν πληροφορίες και προτάσεις σχετικά με τον τύπο εξοπλισμού μικροσκοπίου που μπορεί να ταιριάζει στις ανάγκες της εταιρείας. Αυτές οι επιχειρήσεις συνήθως πωλούν αξεσουάρ που περιλαμβάνουν πηγές φωτός και ψηφιακό λογισμικό που επεκτείνει τις μεθόδους προβολής. Οι έμποροι μικροσκοπίων συχνά παρέχουν οδηγίες για τη ρύθμιση και τη χρήση συγκεκριμένων τύπων εξοπλισμού.