Οι γιατροί λαμβάνουν υπόψη πολλούς παράγοντες κατά τον καθορισμό της σωστής δόσης πενικιλίνης. Το βάρος του ασθενούς, το ιστορικό υγείας και πιθανές αλλεργίες στα φάρμακα είναι σημαντικά πράγματα που πρέπει να ληφθούν υπόψη. Η λοίμωξη που αντιμετωπίζεται θα βοηθήσει επίσης στον προσδιορισμό της σωστής ποσότητας αυτού του αντιβιοτικού που θα χορηγηθεί. Ενώ η πενικιλίνη χρησιμοποιείται αποκλειστικά για τη θεραπεία βακτηριακών λοιμώξεων, διαφορετικά βακτήρια θα απαιτούν διαφορετικές δόσεις. Η μέθοδος χορήγησης — από το στόμα, με ένεση ή ενδοφλέβια — θα επηρεάσει επίσης την ποσότητα της πενικιλίνης που χορηγείται σε έναν ασθενή.
Το βάρος του ασθενούς αποτελεί πρωταρχικό μέλημα για τους γιατρούς κατά τον καθορισμό της δοσολογίας της πενικιλίνης. Οι γιατροί θα συνταγογραφήσουν μεγαλύτερη δόση για έναν ενήλικα ή ασθενή με υψηλότερο βάρος από ό,τι για μικρότερους ενήλικες ή παιδιά. Τα παιδιά επεξεργάζονται και αλληλεπιδρούν με τα ναρκωτικά διαφορετικά από τους ενήλικες, και τα πολύ μικρά παιδιά θα αποβάλλουν το φάρμακο από το σώμα τους πιο αργά από τα μεγαλύτερα παιδιά και τους ενήλικες. Ο γιατρός θα μειώσει ανάλογα τη δόση όταν χορηγεί πενικιλίνη σε ένα παιδί.
Άλλα φάρμακα που λαμβάνονται από τον ασθενή μπορούν επίσης να επηρεάσουν τον τρόπο με τον οποίο ο γιατρός καθορίζει τη σωστή δόση πενικιλίνης. Διαφορετικά φάρμακα μπορούν να αλληλεπιδράσουν μεταξύ τους, αλλάζοντας τον τρόπο με τον οποίο κάθε φάρμακο επηρεάζει τον ασθενή και επηρεάζοντας την απόδοση του κάθε φαρμάκου. Η πενικιλίνη, για παράδειγμα, μπορεί να κάνει τα αντισυλληπτικά χάπια λιγότερο αποτελεσματικά.
Οι αλλεργίες στην πενικιλίνη ή σε άλλα φάρμακα μπορεί να επηρεάσουν την ποσότητα πενικιλίνης που θα δώσει ένας γιατρός σε έναν ασθενή. Μια αλλεργία στην ίδια την πενικιλίνη θα εμποδίσει έναν γιατρό να συνταγογραφήσει καθόλου πενικιλίνη. Εάν ένας ασθενής έχει αλλεργία στις κεφαλοσπορίνες, οι οποίες είναι άλλος τύπος αντιβιοτικού, ο γιατρός μπορεί να μειώσει τη δόση της πενικιλίνης σε μια προσπάθεια να αποφύγει μια αντίδραση ή μπορεί να αποφύγει τη συνταγογράφηση πενικιλίνης καθόλου.
Οι υγειονομικές καταστάσεις, είτε προηγούμενες είτε παρούσες, που δεν σχετίζονται με την πάθηση που αντιμετωπίζεται με πενικιλίνη, μπορεί επίσης να επηρεάσουν την απόφαση του γιατρού σχετικά με τη δόση πενικιλίνης. Ορισμένα προβλήματα υγείας όπως άσθμα, νεφρική νόσο, αιμορραγικές διαταραχές ή οποιαδήποτε αλλεργία μπορεί να απαιτούν μείωση της δόσης. Ο γιατρός μπορεί επίσης να ζητήσει ειδικές εξετάσεις, υπό αυτές τις συνθήκες, για να προσδιορίσει την ασφάλεια μιας συγκεκριμένης δόσης.
Η λοίμωξη που αντιμετωπίζεται θα είναι ο τελικός παράγοντας που λαμβάνει υπόψη ο γιατρός κατά τον καθορισμό της δόσης πενικιλίνης. Η πενικιλίνη χρησιμοποιείται για τη θεραπεία μιας μεγάλης ποικιλίας βακτηριακών λοιμώξεων. Κάθε ένα έχει μια βασική δόση, βασισμένη σε μακροχρόνια ιατρικό ιστορικό και μελέτες περιπτώσεων, για έναν ασθενή συγκεκριμένου βάρους. Οι γιατροί έχουν εξειδικευμένες γνώσεις για αυτές τις λοιμώξεις και πόση πενικιλίνη απαιτείται για τη θεραπεία τους.