Η θεραπεία συμπεριφοράς λειτουργεί με μερικούς διαφορετικούς τρόπους που χρησιμεύουν για την ενίσχυση της θετικής συμπεριφοράς και την προσπάθεια μείωσης των αρνητικών συμπεριφορών. Ένας τρόπος με τον οποίο λειτουργεί αυτή η θεραπεία είναι μέσω των κοινωνικών αλληλεπιδράσεων και της ενίσχυσης και της τιμωρίας μέσω εξωτερικών πηγών, όπως ένας θεραπευτής. Η θεραπεία συμπεριφοράς λειτουργεί επίσης για βιολογικούς λόγους και υπάρχουν στοιχεία που δείχνουν ότι συμβαίνουν χημικές νευρολογικές διεργασίες όταν παρέχονται ανταμοιβές σε ένα άτομο.
Με ψυχολογικούς όρους, η θεραπεία συμπεριφοράς αναφέρεται σε οποιοδήποτε είδος θεραπείας που εφαρμόζει τις αρχές της προετοιμασίας σε ένα θεραπευτικό σύστημα για να βοηθήσει ένα άτομο να αλλάξει τη συμπεριφορά του. Η θεραπεία συμπεριφοράς συνήθως περιλαμβάνει την εφαρμογή ενίσχυσης και τιμωρίας, μέσω θετικών και αρνητικών μεθόδων, για να βοηθήσει ένα άτομο να μάθει διαφορετικές συμπεριφορές. Αυτό μπορεί να γίνει για να βοηθήσει κάποιον να μάθει νέα συμπεριφορά που μπορεί να είναι πιο ωφέλιμη για αυτόν ή πιο κοινωνικά αποδεκτή ή για να σταματήσει συμπεριφορές που είναι καταστροφικές ή επιβλαβείς.
Η θεραπεία συμπεριφοράς μπορεί να λειτουργήσει μέσω κοινωνικής τροποποίησης και εξωτερικών πηγών που βοηθούν στην εφαρμογή ενίσχυσης και τιμωρίας για τη συμπεριφορά. Αυτό συνήθως παρέχεται από έναν θεραπευτή ή άλλο ψυχολόγο. Η θετική ενίσχυση είναι η παροχή κάποιου είδους ανταμοιβής ως αποτέλεσμα καλής συμπεριφοράς, ενώ η αρνητική ενίσχυση αφαιρεί κάτι ανεπιθύμητο ως ανταμοιβή για καλή συμπεριφορά. Αντίθετα, η θετική τιμωρία δίνει σε κάποιον μια τιμωρία που μπορεί να μην το κάνει ως απάντηση σε ανεπιθύμητη συμπεριφορά, ενώ αρνητική τιμωρία αφαιρεί κάτι που αρέσει σε κάποιον λόγω κακής συμπεριφοράς.
Για απλούς λόγους, αυτός ο τύπος θεραπείας συμπεριφοράς συχνά λειτουργεί επειδή κάποιος θέλει πράγματα και καταστάσεις που είναι επιθυμητές και δεν θέλει πράγματα ή καταστάσεις που είναι δυσάρεστες. Αυτή είναι η αρχή πίσω από συστήματα τιμωρίας όπως η φυλάκιση ή τα πρόστιμα και τα συστήματα ανταμοιβής όπως η πληρωμή για εργασία. Δεδομένου ότι πολλές από αυτές τις ανταμοιβές και τιμωρίες φέρουν και κοινωνικές πτυχές, όπως το κύρος για κάποιον που βγάζει πολλά χρήματα για τη δουλειά του και τα στιγματισμούς εναντίον ατόμων που έχουν βρεθεί στη φυλακή, η θεραπεία συμπεριφοράς μπορεί συχνά να ενισχυθεί από την κοινωνία.
Από βιολογική άποψη, η θεραπεία συμπεριφοράς θεωρείται ότι λειτουργεί λόγω του τρόπου με τον οποίο ο ανθρώπινος εγκέφαλος ανταποκρίνεται στις ανταμοιβές. Όταν η καλή συμπεριφορά ενισχύεται μέσω της ανταμοιβής, ο εγκέφαλος απελευθερώνει ντοπαμίνη και παρόμοιες νευροχημικές ουσίες στο σώμα ενός ατόμου, δημιουργώντας ένα αίσθημα ευεξίας και ευτυχίας. Αυτό δημιουργεί μια φυσιολογική απόκριση που ένα άτομο θέλει να επαναλάβει, παρόλο που μπορεί να μην κατανοεί συνειδητά γιατί προέκυψε το συναίσθημα. Ένας θεραπευτής συνήθως κάνει μια συντονισμένη προσπάθεια για να διασφαλίσει ότι αυτή η απόκριση εμφανίζεται κοντά στην επιθυμητή συμπεριφορά, καθιστώντας την επαναλαμβανόμενη συμπεριφορά ανταμοιβής πιο πιθανή σε νευρολογικό επίπεδο.