Τα προγράμματα τροποποίησης συμπεριφοράς εξαλείφουν τις δυσπροσαρμοστικές συμπεριφορές και τις αντικαθιστούν με προσαρμοστικές. Στη μελέτη της συμπεριφοράς, μια δυσπροσαρμοστική συμπεριφορά είναι αυτή που εμποδίζει ένα άτομο να προσαρμοστεί σε ένα περιβάλλον ή ερέθισμα. Η αντικατάσταση αυτών των συμπεριφορών με προσαρμοστικές, επιτρέπει σε ένα άτομο να λειτουργεί σε συνθήκες που διαφορετικά θα προκαλούσαν συναισθηματική κατάρρευση. Τα προγράμματα τροποποίησης συμπεριφοράς χρησιμοποιούνται συχνά ως μέρος της συνεχούς θεραπείας για άτομα με συμπεριφορικές ή συναισθηματικές διαταραχές, όπως ο αυτισμός.
Τα περισσότερα προγράμματα τροποποίησης συμπεριφοράς είναι προσανατολισμένα στο στόχο. Ο ασθενής και, στις περισσότερες περιπτώσεις, οι φροντιστές του ασθενούς, καλούνται να εξετάσουν ποια είναι η δυσπροσαρμοστική συμπεριφορά και ποια θα είναι η συμπεριφορά αντικατάστασης στόχου ή ο στόχος. Μόλις καθοριστεί ο στόχος, η ομάδα που βοηθά τον ασθενή καθορίζει πώς να επιτύχει τον στόχο και πώς να μετρήσει την επιτυχία. Η μέτρηση της επιτυχίας είναι αναπόσπαστο μέρος των προγραμμάτων τροποποίησης συμπεριφοράς γιατί επιτρέπει στον ασθενή να δει βελτίωση.
Η θετική ενίσχυση είναι το κύριο όχημα μέσω του οποίου επηρεάζεται η διαρκής αλλαγή στα περισσότερα προγράμματα τροποποίησης συμπεριφοράς. Το άτομο που υποβάλλεται σε θεραπεία λαμβάνει θετική ενίσχυση, όπως ανταμοιβή, προνόμιο ή έπαινο, όταν εκτελείται η στοχευόμενη συμπεριφορά. Υπάρχει επίσης ένα αρνητικό στοιχείο στα προγράμματα τροποποίησης συμπεριφοράς. Στα σύγχρονα προγράμματα, η αρνητική συνθήκη είναι η έλλειψη θετικής ενίσχυσης. Η τιμωρία για την εκτέλεση μιας δυσπροσαρμοστικής συμπεριφοράς χρησιμοποιείται σπάνια στα σύγχρονα προγράμματα τροποποίησης συμπεριφοράς.
Αν και πολλά προγράμματα τροποποίησης συμπεριφοράς σχεδιάζονται και εφαρμόζονται για άτομα, υπάρχουν επίσης ορισμένα προγράμματα που αντιμετωπίζουν τους ανθρώπους σε ομάδες. Τα ομαδικά προγράμματα χρησιμοποιούνται συνήθως για τη θεραπεία εφήβων με δυσπροσαρμοστικές συμπεριφορές από τις οποίες οι γονείς μπορεί να αισθάνονται συγκλονισμένοι. Η άκαμπτη δομή, οι σαφείς συνέπειες και οι ανταμοιβές χρησιμοποιούνται για να βοηθήσουν τους εφήβους να επιτύχουν συμπεριφορές-στόχους. Αυτοί οι τύποι προγραμμάτων δεν είναι κατάλληλα για παιδιά με σοβαρές αναπηρίες που απαιτούν αλληλεπίδραση ένας προς έναν προκειμένου να τροποποιήσουν τη συμπεριφορά τους.
Μια παραλλαγή ενός παραδοσιακού προγράμματος τροποποίησης συμπεριφοράς είναι γνωστή ως γνωσιακή-συμπεριφορική θεραπεία. Αυτή η πρακτική συνδυάζει την πρόταση της γνωστικής θεραπείας ότι η πηγή της δυσπροσαρμοστικής συμπεριφοράς είναι ένα εσφαλμένο μοτίβο σκέψης, με την ιδέα τροποποίησης συμπεριφοράς ότι αυτά τα δυσπροσαρμοστικά πρότυπα μπορούν να αντικατασταθούν με εκείνα που δεν ωφελούν τον ασθενή. Αυτός ο τύπος θεραπείας γίνεται υπό την επίβλεψη ψυχιάτρου και μπορεί να μην είναι κατάλληλος για όλους τους τύπους ασθενών. Χρησιμοποιείται συνήθως για τη θεραπεία του άγχους, της ιδεοψυχαναγκαστικής διαταραχής και της κατάθλιψης, συνήθως σε ενήλικες που είναι πιο ικανοί να αναλύσουν τα δικά τους μοτίβα σκέψης.