Η αρχή της επιδημίας του AIDS ήταν μια ανεπαίσθητη αλλαγή στο γενετικό υλικό ενός ιού που επέτρεψε στον ιό να γίνει ζωονοσογόνος, που σημαίνει ότι μπορούσε να μεταφερθεί από τα ζώα στους ανθρώπους. Σε μια χρονική περίοδο που πιθανότατα διήρκεσε για δεκαετίες, ο ιός μεταδόθηκε επανειλημμένα από τα πρωτεύοντα στην Αφρική στους ανθρώπους και τελικά εδραίωσε στον ανθρώπινο πληθυσμό και άρχισε να εξαπλώνεται πέρα από τα όρια της αφρικανικής ηπείρου. Όταν οι επιστήμονες και οι επαγγελματίες του ιατρικού κλάδου μπόρεσαν να συνδέσουν όλες τις κουκκίδες, η επιδημία του AIDS είχε εξαπλωθεί σε μεγάλο μέρος του κόσμου. Από το 2007, πάνω από 33 εκατομμύρια άνθρωποι σε όλο τον κόσμο είχαν μολυνθεί από τον ιό HIV, τον ιό που εξελίσσεται σε AIDS.
Υπάρχει κάποια διαφωνία ως προς την έναρξη της επιδημίας του AIDS, και ακόμη και τώρα, οι ερευνητές εξακολουθούν να συνθέτουν τα κομμάτια του παζλ. Είναι σαφές ότι ο ιός HIV προήλθε από πρωτεύοντα που ζουν στη Δυτική και Κεντρική Αφρική και ότι πιθανότατα μεταδόθηκε στους ανθρώπους σε κοινότητες όπου οι άνθρωποι τρώνε το κρέας των πρωτευόντων. Ορισμένοι ερευνητές έχουν προτείνει ότι η άνοδος των πόλεων στην Αφρική μπορεί επίσης να συνέβαλε στην εξάπλωση του AIDS, συγκεντρώνοντας ανθρώπινους πληθυσμούς.
Από την Αφρική, ο ιός του AIDS μεταπήδησε στην Αϊτή και στη συνέχεια άρχισε να εξαπλώνεται γρήγορα προς διάφορες κατευθύνσεις. Μια ομοφυλόφιλη αεροσυνοδός που μερικές φορές αναφέρεται ως «Ασθενής Μηδέν» συχνά κατηγορείται για την πρόκληση της επιδημίας του AIDS, αλλά όλα τα στοιχεία δείχνουν ότι ο ιός εξαπλώθηκε ταυτόχρονα σε πολλές κοινότητες. Ο ιός HIV έχει στην πραγματικότητα πολλές διαφορετικές ομαδοποιήσεις ή «κλαδάκια», που δείχνουν το γεγονός ότι δεν προκλήθηκε από ένα μεμονωμένο άτομο.
Τα clades προτείνουν επίσης κάτι μάλλον πιο ενδιαφέρον, το οποίο είναι ότι ο HIV και το AIDS είναι πιθανώς πολύ μεγαλύτερα από ό,τι πιστεύουν οι άνθρωποι. Η κοινή γνώση γύρω από την επιδημία του AIDS υποδηλώνει ότι ο ιός προήλθε τη δεκαετία του 1980, αλλά στην πραγματικότητα πιθανότατα άρχισε να εξαπλώνεται στη δεκαετία του 1930, αυξάνοντας εκθετικά έως ότου υπήρξαν αρκετά κρούσματα στη δεκαετία του 1980 για να συνειδητοποιήσουν οι επαγγελματίες του ιατρικού ότι είχαν επιδημία. Τουλάχιστον ένας καταγεγραμμένος θάνατος από AIDS χρονολογείται από τη δεκαετία του 1950, υποστηρίζοντας αυτή την άποψη.
Μαθαίνοντας περισσότερα για την εξάπλωση της επιδημίας του AIDS, οι ερευνητές ελπίζουν να ανακαλύψουν νέες τεχνικές για τη θεραπεία και ίσως τη θεραπεία ή τον εμβολιασμό κατά της νόσου. Για παράδειγμα, διαφορετικά clades ανταποκρίνονται με μοναδικούς τρόπους στη θεραπεία, απεικονίζοντας την ποικιλομορφία των ιών HIV και AIDS, και ορισμένα clades είναι πιο θανατηφόρα από άλλα. Τα λιγότερο θανατηφόρα clades είναι πιθανώς μεγαλύτερα, καθώς τα θύματά τους θα είχαν ζήσει αρκετά ώστε η ασθένεια να εξαπλωθεί περαιτέρω.