Με μια πολύ ευρεία έννοια, η χώρα της Μαλαισίας βρίσκεται στη Νοτιοανατολική Ασία μεταξύ Ινδίας και Κίνας. Για να εντοπιστεί γεωγραφικά η θέση της, η χώρα βρίσκεται σε 7 μοίρες βόρεια του ισημερινού. Ο ισημερινός είναι το αόρατο όριο που χωρίζει τη Γη σε βόρειο και νότιο ημισφαίριο. Οι χώρες του Ισημερινού έχουν συνήθως ζεστό, υγρό καιρό και η εγγύτητα της Μαλαισίας στον ισημερινό της δίνει ένα τροπικό κλίμα. Η γειτονική Ινδονησία, τόσο στα νότια όσο και στα ανατολικά, βρίσκεται ακριβώς στην ισημερινή γραμμή.
Τα δύο κύρια μέρη της Μαλαισίας χωρίζονται από τα νερά της Θάλασσας της Νότιας Κίνας και της Θάλασσας Sulu. Η χερσόνησος ή το δυτικό τμήμα της χώρας συνδέεται με την Ταϊλάνδη, ενώ το ανατολικό τμήμα βρίσκεται στο βορειοδυτικό τμήμα του νησιού Βόρνεο. Η Ανατολική Μαλαισία στο Βόρνεο χωρίζεται σε δύο πολιτείες: Σαμπάχ και Σαραβάκ. Το Μπρουνέι είναι μια γειτονική χώρα στο νησί Βόρνεο.
Η Καμπότζη και το Βιετνάμ βρίσκονται στα βόρεια των εδαφών της Μαλαισίας, ενώ οι Φιλιππίνες βορειοανατολικά. Η Σιγκαπούρη είναι δίπλα στη χερσόνησο περιοχή στα νότια. Το μέγεθος της Μαλαισίας λέγεται ότι είναι συγκρίσιμο με την αμερικανική πολιτεία του Νέου Μεξικού καθώς και με τις χώρες Βιετνάμ και Νορβηγία.
Η τοποθεσία της Μαλαισίας είναι εμπορικά σημαντική καθώς βρίσκεται κοντά στο στενό της Μαλάκας. Αυτό είναι ένα από τα κύρια ναυτιλιακά στενά του κόσμου. Το Στενό της Μαλάκας είναι ένας διεθνής εμπορικός δρόμος γνωστός για την εύκολη πλοήγησή του για μεγάλα εμπορικά πλοία. Οι εξαγωγές της Μαλαισίας περιλαμβάνουν φοινικέλαιο, καουτσούκ, κακάο και μπαχαρικά καθώς και βιομηχανικά οικοδομικά προϊόντα.
Η Θάλασσα Ανταμάν στη Δυτική Μαλαισία είναι μια δημοφιλής τουριστική περιοχή, καθώς διαθέτει αστραφτερά γαλάζια νερά και λευκές παραλίες. Αντί για τα εμπορικά πλοία του κοντινού στενού της Malacca, η Θάλασσα Ανταμάν προσεγγίζεται κυρίως με γιοτ και ιστιοπλοϊκά. Τα στενά του Johor είναι μια άλλη τουριστική περιοχή της Δυτικής Μαλαισίας. Αν και το Port Klang στο Johor είναι ένα σημαντικό λιμάνι, το τμήμα Lido Beach είναι ένα θέρετρο για τους τουρίστες. Ακριβώς πέρα από τα στενά του Johor βρίσκεται η χώρα της Σιγκαπούρης.
Μια γέφυρα που ονομάζεται The Second Link συνδέει τη Σιγκαπούρη με την πολιτεία Johor της Μαλαισίας. Η γέφυρα κατασκευάστηκε τον Ιανουάριο του 1998 για τη μείωση της κυκλοφοριακής συμφόρησης στα σύνορα. Ως επί το πλείστον, η στρατηγική ήταν επιτυχής. Ο κύριος χρόνος έντονης κυκλοφοριακής συμφόρησης στα σύνορα Μαλαισίας-Σιγκαπούρης είναι κατά τη διάρκεια διακοπών όπως το Σεληνιακό Νέο Έτος.