Sistemul limfatic și sistemul imunitar sunt două sisteme corporale distincte, dar sunt împletite în mai multe moduri. Sistemul imunitar există în întregul corp, dar majoritatea componentelor sale active se deplasează de-a lungul căii fizice a sistemului limfatic. Fără vasele limfatice, diferitele funcții ale sistemului imunitar ar deveni aproape inutile. O mare parte din apărarea organismului se bazează pe celulele albe din sânge și pe eliberarea suplimentară de oxigen filtrată din sistemul limfatic. Aceste celule sunt transportate în zona necesară pentru a lupta împotriva particulelor care sunt considerate de sistemul imunitar a fi străine și posibil periculoase.
Legătura dintre sistemul limfatic și sistemul imunitar poate fi văzută mai întâi într-unul dintre organele secundare ale sistemului limfatic, ganglionul limfatic. Orice proteină, precum cele codificate într-un virus gripal sau prezente în crustacee, poate fi văzută de organism ca un antigen. Alergiile la animale pot fi de obicei urmărite și la prezența unei proteine nedorite, așa cum este cazul unei reacții alergice la pisici, deoarece părul de pisică conține cantități mari de proteine specifice. Ganglionii limfatici obțin antigenul prin sistemul circulator prin intermediul căilor limfatice și apoi „introduce” antigenul în celulele naive ale sistemului imunitar, cum ar fi celulele T CD4, pentru a începe procesul de formare a unui răspuns imunitar inteligent la substanță. Ganglionii limfatici au, de asemenea, o concentrație mare de macrofage ale sistemului imunitar, sau celule care digeră materia nedorită, ajutând la purificarea sângelui și a limfei în sine.
Limfocitele, cunoscute ca fiind importante atât în sistemul limfatic, cât și în sistemul imunitar, sunt un tip de globule albe generice care pot fi diferențiate de organism pentru sarcini specifice mediate de imun. Limfocitele cresc în măduva osoasă, în special în oasele lungi ale corpului, precum femurul. Unele dintre limfocite migrează către glanda timus și sunt separate în celule T care identifică, atacă direct sau distrug agenții patogeni în diferite alte moduri, în funcție de tipul exact de celulă T în care devine limfocitul. Limfocitele pot fi, de asemenea, împărțite în celule B în timp ce sunt încă în măduva osoasă. La maturizare, celulele B contribuie la sistemul limfatic și la sistemul imunitar prin producerea și accelerarea anticorpilor pentru a lupta împotriva particulelor infecțioase deja recunoscute în întregul corp.
Alergiile la lucruri precum praful, mucegaiurile și polenul sunt mediate de sistemul limfatic și de sistemul imunitar. După expunerea la substanța iritantă, persoanele care sunt alergice produc anticorpi, celule T și celule B care sunt sensibile la aceasta. Anticorpii se leagă de mastocite, un alt tip de globule albe, care produce histamina, vinovată de cele mai aparente simptome alergice.