Genul larg al scrisului de mister are o serie de subgenuri care au caracteristici unice și independente. Toate genurile de mister împărtășesc cel puțin înțelegerea parțială fundamentală a ceea ce se întâmplă în poveste, astfel încât povestea completă trebuie descoperită pe parcursul cărții. Unele genuri de mister pot fi împărțite în funcție de tipul problemei, altele de decor și altele de persoanele care rezolvă problema. Există, de asemenea, anumite subgenuri care funcționează prin combinarea genului mister cu un alt gen, cum ar fi romantismul. Ocazional, există cărți care sfidează genul, dar odată ce devin populare și comploturi adesea repetate, acele cărți cândva fără gen devin și propriile lor genuri.
Una dintre cele mai bune modalități de a clasifica genurile de mister este după tipul de detectiv care rezolvă cazul. Romanele de investigatori privați, de exemplu, sunt un subgen de mister popular, la fel ca romanele de anchetatori amatori. Unii oameni merg până acolo încât precizează genul persoanei care rezolvă crima ca aspect al genului. Într-un fel, aceste categorii implică în mod natural setari, dar în serii de romane, rezolvatorul de crime călătorește de obicei pentru a oferi noi provocări.
Ora și locul în care se întâmplă misterul pot fi, de asemenea, considerate ca fiind definitive ale unui subgen. De exemplu, romanele de mister istorice sunt unul dintre cele mai populare genuri de mister. Misterele confortabile, care sunt un tip de roman foarte bine definit, sunt definite atât de protagonista lor feminină, cât și de decorul lor mic de oraș. Poveștile cu mistere care au loc în viitorul îndepărtat iau adesea forma misterelor științifico-fantastice, deși elementele științifico-fantastice ale poveștii eclipsează adesea elementele de mister atunci când definesc genul cărții.
Deși nu toate poveștile de mister implică o crimă în sensul că problema era împotriva legii, cele mai multe implică o problemă de felul care este abordată ca o crimă. Misterele crimelor și poveștile cu caper, de exemplu, sunt considerate ambele genuri. În unele cazuri, infracțiunea în sine poate să nu fie împotriva legii, așa cum este cazul în multe mistere pentru copii care implică infracțiuni la nivel de copil. O jucărie împrumutată sau un câine pierdut poate fi crima unui mister pentru copii, dar detectivii pentru copii în romane rezolvă la fel de frecvent infracțiuni majore care împiedică oficialii legii locali.
În cele din urmă, multe genuri de mister sunt împărțite în ceea ce privește stilul în care este spusă povestea. Romanele polițiste tari, considerate în mod obișnuit povești noir, sunt spuse într-un mod foarte diferit de misterele romantice istorice. Diferite culturi au, de asemenea, convenții diferite pentru romanele de mister, genurile de mister engleză și japoneză fiind oarecum diferite. În multe cazuri, o poveste de mister traversează multe genuri, iar noi termeni trebuie inventați pentru a face față poveștilor care sfidează genul.