Cupcakes-urile pot fi deserturi mici, cu o singură porție, dar multe dintre ele conțin sute de calorii și aproape o treime din cantitatea totală de grăsime pe care o persoană ar trebui să o consume într-o anumită zi. Deși cupcakes-urile tradiționale sunt adesea foarte nesănătoase, există o mulțime de tipuri de cupcakes sănătoase care pot fi făcute. În cea mai mare parte, orice rețetă de cupcake poate fi modificată pentru a face cupcakes sănătoși, înlocuind câteva ingrediente cheie, în special zahăr, unt și făină albă rafinată. Deși aceste substituții conferă cupcakes o valoare nutritivă mai bună și mai puține calorii goale, aceste deserturi ar trebui să fie totuși savurate cu moderație.
Unele cupcakes sănătoase elimină o parte sau tot untul dintr-o rețetă pentru a elimina multe dintre calorii. Sosul de mere este o înlocuire obișnuită a untului, deoarece oferă cupcakes o dulceață suplimentară și umiditate. Iaurtul fără grăsimi sau cu conținut redus de grăsimi poate fi folosit și în loc de unt pentru a face cupcakes mai tanger și mai fin.
Alte tipuri de cupcakes sănătoase pot folosi făină integrală în loc de făină albă rafinată. Acest tip de făină, care este folosit în mod obișnuit în produsele de panificație, și-a pierdut mulți dintre nutrienți, astfel încât conține un număr mare de calorii în raport cu cantitatea de vitamine, minerale și macronutrienți pe care le conține. Făina de grâu integrală poate fi folosită în locul făinii albe, deși este posibil să se folosească și făină din alte cereale, cum ar fi quinoa, amarant sau teff. Savoarea fiecăreia dintre aceste făinuri are un efect semnificativ asupra aromei cupcakes-urilor, iar gustul altor tipuri de făină trebuie adesea dobândit înainte ca oamenii să se bucure de aceste tipuri de cupcakes sănătoși.
Adăugarea de fructe și legume proaspete la aluatul de cupcake poate face, de asemenea, aceste deserturi mai sănătoase. Dovleceii, morcovii, dovleacul, merele, fructele de pădure și sfecla de pădure pot fi amestecați în cupcakes pentru a oferi acestor deserturi mai multă aromă și mai mulți nutrienți. Cele mai multe dintre aceste ingrediente trebuie să fie mărunțite, astfel încât să se gătească în făina de cupcakes sănătoși și să nu formeze buzunare mestecate de legume.
Multe cupcakes sunt făcute cu glazură deasupra sau umplutură la mijloc. În cea mai mare parte, aceste toppinguri sunt făcute cu mult zahăr și unt, care contribuie cu multe calorii fără nicio nutriție suplimentară. În cupcakes-urile sănătoase, glazura poate fi făcută cu cremă de brânză redusă în grăsime sau bezele în loc de unt și zahăr. Compot de fructe proaspete poate fi folosit în locul umpluturilor care sunt în mod tradițional foarte bogate în grăsimi.