Muștarul brun a fost folosit de secole ca medicament pentru a trata afecțiuni, de la simple dureri de dinți până la convulsii severe la copiii mici. Referințele la muștar ca medicament înseamnă de obicei muștar brun. Un astfel de medicament este de obicei extras din frunzele și semințele sale. În antichitate, grecii apreciau atât de mult proprietățile medicinale ale muștarului, încât îl considerau un dar pentru omenire, creat de Asciepious, zeul vindecării.
Cea mai obișnuită utilizare a muștarului ca medicament este externă sub formă de liniment, cataplasmă sau ipsos. Uleiul de muștar, prin iritarea ușoară a pielii, stimulează circulația, ceea ce ameliorează durerile musculare. Cataplasmele de muștar au fost atribuite pentru ameliorarea anumitor cazuri de bronșită și pleurezie.
Când sunt ingerate intern în cantități mici, ingredientele muștarului pot fi folosite ca laxativ sau pentru a îmbunătăți digestia. De asemenea, luate în doze ușoare, extractele au tendința de a inflama ușor stomacul, provocând transpirație. Transpirația este uneori utilă în tratarea febrei, răcelilor și gripei. Semințele, ingerate în cantități mari, pot provoca vărsături. Bea o linguriță de semințe într-un pahar cu apă va provoca de obicei vărsături în decurs de 10 minute. Prin urmare, acest tratament este uneori utilizat în tratamentul de urgență al supradozelor de alcool sau droguri.
În India, muștarul este preparat într-un ceai pentru a calma durerile musculare și osoase și pentru a trata febra și răceala. Chinezii folosesc în continuare muștarul medicinal pentru a trata ulcerele, abcesele și durerile rezultate din reumatism și lumbago. Ei consideră că frunzele sunt deosebit de utile pentru tratarea inflamației vezicii urinare.
Utilizări medicinale suplimentare ale muștarului includ atacarea veninului de la mușcăturile de șarpe și înțepăturile de scorpion, ameliorarea durerii de la vânătăi sau o înțepenire a gâtului și ameliorarea colicilor și a problemelor respiratorii. Se spune că uleiul din cojile de semințe de muștar promovează creșterea părului. De asemenea, a fost citat ca un agent care ajută la vindecarea pecinginei.
Muștarul brun este, de asemenea, folosit uneori ca supliment alimentar pentru a crește nivelul organismului de fier, zinc, crom și seleniu. Uleiul său este adesea folosit în administrarea terapiei prin masaj. Nu toate utilizările de muștar brun sunt benefice. Muștarul brun conține o substanță chimică foarte mirositoare și iritante, izotiocianat de alil. Acest compus a fost folosit pentru a produce gaz muștar ca armă chimică în timp de război.
Semințele și frunzele de muștar brun conțin mai multe substanțe chimice complexe. Acestea includ enzime, glucosinați, sulf, proteine și mucilagii. Datorită acțiunilor acestor substanțe chimice, unii chirurgi foloseau în trecut o pastă de muștar brun pentru a-și dezinfecta mâinile înainte de a opera pacienții.