Majoritatea oceanului este complet întunecat. Aceasta se numește zonă afotică și începe la o adâncime de aproximativ 3,000 de picioare (0.9 km) și continuă până la fund, care de obicei atinge maximul la o adâncime de aproximativ 18,000 de picioare (5.5 km), cu excepția tranșeelor oceanice, care pot să fie la o adâncime de 6.8 km (11 mi). În această zonă, fotosinteza nu poate avea loc, astfel încât fundația obișnuită a rețelelor trofice, plantele și cianobacteriile sunt absente. În schimb, animalele trebuie să subziste cu carcasele care cad de sus, alte animale și, în unele cazuri rare, bacterii care folosesc surse de energie chimică, cum ar fi sulfurile și metanul. Unele animale care trăiesc în zona afotică includ anghila gulper, calmarul uriaș, calamarul mai mic, peștele rapiță, calmarul vampir și numeroase meduze.
Zona afotică este împărțită în două niveluri: zona batipelagică și zona abisopelagică. Zona batipelagică se extinde de la aproximativ 3,300 de picioare (1 km) sub suprafață până la 13,000 de picioare (4 km) dedesubt. Sub aceasta se află zona abisopelagică, numită și zonă abisală, unde presiunile sunt extrem de mari (400 de atmosfere și peste) și biodiversitatea scade brusc. Sub aceasta se află zona hadopelagică, care este folosită pentru a se referi la tranșeele oceanice.
În aceste părți ale oceanului se găsesc unii dintre cei mai urâți și mai răutăcioși pești din lume, inclusiv peștele viperă, peștele colț, peștele-dragon, peștele șopârlă și mulți alții. Acești pești au adesea fălci cu balamale, solzi negri, ochi pătrunzători și dinți extrem de ascuțiți. Majoritatea oamenilor nu ar dori să dau peste ei pe o alee întunecată inundată. Unele dintre ele sunt numite după asemănarea lor superficială cu reptilele.
Multe dintre animalele din zona afotică sunt bioluminescente, ceea ce înseamnă că își pot produce propria lumină într-un fel sau altul. Acesta poate fi folosit atât pentru navigare, cât și pentru a atrage animalele mici în fălci. Peștele pescar este probabil cel mai faimos dintre exemple, deoarece are o nalucă care iese în fața gurii dintr-un apendice special de pe cap.
Ceilalți pești nu arată atât de răi, cât de pată. Aceste hrănitoare de fund includ peștele blob și peștele sicriu, care merg de-a lungul fundului mării folosind aripioare asemănătoare picioarelor. În partea de jos se găsesc, de asemenea, castraveți de mare și izopode gigantice, rude lungi de un picior ale păduchilor. Marea adâncă are, de asemenea, numeroși rechini neobișnuiți și rari, precum rechinul Megamouth, salutat drept una dintre cele mai impresionante descoperiri de animale marine ale secolului trecut.