Alimentele modificate genetic (MG) au stârnit controverse în rândul oamenilor de știință, ecologiștilor și activiștilor economici. Alimentele modificate genetic sunt cultivate din plante ale căror gene au fost modificate pentru a le modifica chimia sau biologia pentru rezistența la secetă, infestarea cu insecte, boli și pentru a face ca hrana rezultată bogată în vitamine și minerale să fie mai mare, mai gustoasă sau să aibă o durată de valabilitate mai lungă.
Biotehnologia alimentelor modificate genetic este controversată pentru oponenții care se tem de efectele asupra sănătății umane și asupra mediului. De exemplu, ei se întreabă ce înseamnă să folosești gene de la un animal sau o specie de plante necomestibile într-o specie de animal sau de plante comestibile, chiar dacă acel aliment rezultat are cantități mai mari de vitamine sau minerale și pare mai sănătos. Aceasta este diferența principală dintre culturile alimentare modificate genetic și culturile care au fost crescute selectiv, cum ar fi porumbul sau bovinele, pentru gust, durabilitate sau ușurință de întreținere. De exemplu, o substanță chimică din anumiți pești care le permite să se scufunde adânc în apă rece ajută acum plantele de căpșuni să reziste la înghețurile ușoare. Semnificația sau efectele pe termen lung ale bioingineriei nu au fost complet evaluate, deși încă nu au fost detectate riscuri.
În al doilea rând, cultivarea alimentelor modificate genetic este controversată pentru agricultorii îngrijorați de faptul că cultivatorii nu pot păstra polenul de la plantele transgenice care produc alimente modificate genetic de la răspândirea și fertilizarea omologilor sălbatici sau netransgenici. Acești oponenți atrag atenția asupra daunelor care ar putea fi făcute dacă tulpinile speciilor modificate genetic se scurg în sălbăticie și compromit echilibrul natural al ecosistemului vegetal. Speciile hibride nu ar mai rezista la un anumit tip de infestare pentru că au fost concepute fără otravă? Ar putea deveni incapabili de reproducere? Bioinginerii susțin că polenizarea încrucișată prezintă un risc neglijabil, deoarece polenul trebuie să parcurgă o distanță lungă peste „șanțuri” construite între culturile modificate genetic și alte specii și nu au avut loc astfel de scurgeri.
Preocupările economice internaționale au provocat reacții controversate în rândul susținătorilor economiilor țărilor în curs de dezvoltare. Când o mare corporație poate manipula culturile alimentare cu un departament mare de cercetare și dezvoltare, ei asigură un succes fantastic de alimente modificate genetic. Unii spun că acest lucru le oferă un avantaj nedrept față de metodele tradiționale de cultură ale fermierilor, care la rândul lor creează o dependență pe termen lung de corporație. De exemplu, o companie a conceput orez cu mai multe vitamine, durabilitate mai mare și creștere ușoară. Ei vând semințe care nu se vor autopropaga deoarece plantele erau sterile, ceea ce înseamnă că fermierii trebuie să cumpere semințe în fiecare sezon. Unii cred că acest lucru creează o dependență inutilă a țărilor în curs de dezvoltare de câteva corporații uriașe pentru a furniza toate semințe și erbicide an de an pentru a culege roadele alimentelor modificate genetic. Alții văd asta ca pe o extensie naturală a unui sistem capitalist internațional care are nevoie de o reglementare atentă, dar nu are probleme intrinseci.