Confidențialitatea motoarelor de căutare este o preocupare deținută de multe persoane și companii. Companiile pot folosi rezultatele motoarelor de căutare în multe scopuri diferite, de la direcționarea comportamentală până la statistici simple de căutare. La un nivel foarte elementar, o persoană poate folosi computerul altcuiva și poate verifica ceea ce a fost căutat, presupunând că proprietarul computerului nu a șters datele de navigare stocate. În mod obișnuit, invaziile privind confidențialitatea motorului de căutare nu sunt intenționate a fi rău intenționate; de multe ori sunt folosite doar pentru a se asigura că reclamele pe care cineva le vede online sunt relevante pentru interesele sale.
Indivizii pot avea multe motive diferite pentru a dori să-și păstreze căutările pe internet secrete; acești oameni tind să fie foarte interesați de confidențialitatea motorului de căutare. Uneori, motivele sunt pur și simplu personale. Aceasta poate include orice, de la pornografie la informații financiare sau de sănătate. Alte persoane se tem ca cineva să-și descopere informațiile private, cum ar fi numele, adresa, numărul de telefon sau numărul de securitate socială prin rezultatele motorului lor de căutare. Oricare ar fi motivațiile lor, mulți oameni diferiți consideră că confidențialitatea motorului de căutare este importantă.
Informațiile din motorul de căutare pot fi utilizate cu răutate în unele cazuri, dar acest lucru nu este întotdeauna adevărat. Informațiile introduse în majoritatea motoarelor de căutare populare nu sunt, în general, private. Companiile care operează motoarele de căutare pot accesa interogări de căutare și le pot folosi în scopuri publicitare și de cercetare. În general, acest lucru nu duce la altceva decât la mai multe reclame țintă. În unele cazuri rare, totuși, persoanele greșite pot pune mâna pe interogări de căutare și uneori pot vedea date private pe care indivizii le-au introdus în motoarele lor de căutare.
Motoarele de căutare nu sunt întotdeauna complet sigure, așa că, în general, este neînțelept să introduceți informații private în ele. Există câteva alte metode pe care oamenii le folosesc pentru a asigura confidențialitatea motorului de căutare. O opțiune posibilă este utilizarea unui computer public; dacă o interogare de căutare nu poate fi legată de o persoană, aceasta nu este deosebit de semnificativă. Unele site-uri oferă instrumente care pot fi folosite pentru a garanta anonimatul atunci când se caută informații deosebit de sensibile. Utilizarea unei varietăți de motoare de căutare diferite poate împiedica orice motor de căutare să dezvolte un profil complet al unui utilizator individual.