Μια συναινετική αλληλουχία είναι ένα σύνολο πρωτεϊνών ή νουκλεοτιδίων στο δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (DNA), που εμφανίζεται τακτικά. Το DNA αποτελείται από νουκλεοτίδια και κάθε νουκλεοτίδιο αποτελείται από ένα φωσφορικό άλας, ένα σάκχαρο και μια βάση αζώτου. Οι βάσεις αζώτου μπορεί να είναι η αδενίνη (Α), η θυμίνη (Τ), η γουανίνη (G) και η κυτοσίνη (C). Η αλληλουχία αυτών των χημικών βάσεων καθορίζει τον γενετικό κώδικα ενός οργανισμού. Ο γενετικός κώδικας είναι σαν μια οδηγία πάνω στην οποία χτίζεται και συντηρείται ένας οργανισμός. Οι μοριακοί βιολόγοι συχνά χρησιμοποιούν στατιστικές για να προβλέψουν τη θέση των αλληλουχιών ή για να κατανοήσουν πού τείνουν να δεσμεύονται συγκεκριμένα μόρια. Οι τύποι μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να αναπαραστήσουν τοποθεσίες όπου οι αλληλουχίες αμινοξέων παραμένουν ίδιες και θέσεις όπου ποικίλλουν. Στην περίπτωση μιας συναινετικής αλληλουχίας προαγωγέα, για παράδειγμα, ένας συγκεκριμένος τύπος ενζύμου μπορεί να συνδεθεί σε θέσεις πρωτεϊνών με παρόμοια αλληλουχία.
Οι γενετιστές, όπως και οι ερευνητές σε πολλούς επιστημονικούς κλάδους, συχνά χρησιμοποιούν υποκαταστάσεις για να απλοποιήσουν πολύπλοκα συστήματα. Υπάρχουν τόσες πολλές βάσεις και γονίδια αμινοξέων στο σώμα που οι επιστήμονες δεν μπορούν να τα μετρήσουν εκτός εάν υπάρχει κάποιο γενικό σύστημα για να γίνει αυτό. Μια συναινετική αλληλουχία μπορεί να εμφανιστεί σε πολλές θέσεις στο DNA καθώς και σε διάφορα έμβια όντα. Οι ομοιότητες και οι διαφορές που τείνουν να εμφανίζονται μπορούν να υποδεικνύονται με έναν τύπο.
Στατιστικά, οι επιστήμονες μπορούν να ταξινομήσουν γενετικές αλληλουχίες για να αναζητήσουν μοτίβα. Τα επαναλαμβανόμενα μοτίβα, που ονομάζονται μοτίβα ακολουθίας, χρησιμοποιούνται γενικά για την αναπαράσταση γενετικών περιοχών που ελέγχουν συγκεκριμένες βιολογικές διεργασίες. Οι συναινετικές αλληλουχίες μπορούν επίσης να προσφέρουν μια εικόνα για το πώς συντίθενται οι πρωτεΐνες ή πώς τα μόρια καθοδηγούνται μέσα σε ένα κύτταρο.
Στη σημειογραφία μιας συναινετικής αλληλουχίας, η θέση ορισμένων νουκλεοτιδίων μπορεί να δείξει ότι βρίσκονται πάντα στην αντιπροσωπευόμενη θέση. Μπορεί επίσης να υποδειχθεί ότι το ένα ή το άλλο νουκλεοτίδιο μπορεί να είναι εκεί. Σε αυτή την περίπτωση, το πόσο συχνά εμφανίζεται ένα αμινοξύ στη θέση ενός άλλου, γενικά δεν αναφέρεται. Ένα γραφικό μοντέλο χρησιμοποιείται μερικές φορές για να υποδείξει αυτή τη συχνότητα, αυξάνοντας ή μειώνοντας το μέγεθος των συμβόλων. Ορισμένα προγράμματα λογισμικού μπορούν να δημιουργήσουν αυτόματα λογότυπα αλληλουχίας.
Συχνά, μια συναινετική αλληλουχία ταιριάζει με μια αναγνωρισμένη θέση δέσμευσης πρωτεΐνης. Για την ακριβή απεικόνιση αλληλουχιών στο γονιδίωμα, χρησιμοποιούνται συχνά μαθηματικοί τύποι. Αυτά περιλαμβάνουν στατιστικούς τύπους όπως λογάριθμους και αριθμητικές τιμές, οι οποίες μπορεί να είναι θετικές ή αρνητικές, για να αντιπροσωπεύουν τη θέση των γενετικών πληροφοριών. Οι διεργασίες στο γονιδίωμα για φυσιολογικές βιολογικές λειτουργίες, καθώς και αυτές που σχετίζονται με ασθένειες, μπορούν να αναλυθούν με αυτόν τον τρόπο.
Οι μαθηματικές αναπαραστάσεις μιας συναινετικής αλληλουχίας παρέχουν γενικά ένα μοντέλο μοτίβων DNA και αμινοξέων. Συνήθως δεν παρέχεται ακριβής εικόνα. Οι αλληλουχίες, ωστόσο, μπορούν να βοηθήσουν τους επιστήμονες να συσχετίσουν τις λειτουργικές πτυχές διαφορετικών τμημάτων του γονιδιώματος με τα εξελικτικά πρότυπα οργανισμών.