Η ιδέα της Φιλοσοφικής Λίθου είναι κοινή στην ευρωπαϊκή μυθολογία. Η JK Rowling δανείστηκε την ιδέα μιας αλχημικά δημιουργημένης πέτρας με μαγικές ιδιότητες για τη δημοφιλή της σειρά Χάρι Πότερ. Στα βιβλία του Χάρι Πότερ, υπάρχει μόνο μία Φιλοσοφική Λίθος, που δημιουργήθηκε από τον Νίκολας Φλαμέλ το 1400. Η πέτρα του Flamel είναι σε θέση να μεταμορφώσει αντικείμενα σε χρυσό και να παράγει ένα ελιξίριο ζωής που δίνει στον πότη την αθανασία.
Το μαγικό αντικείμενο εμφανίστηκε για πρώτη φορά στο Harry Potter and the Philosopher’s Stone, το οποίο κυκλοφόρησε με τον τίτλο Ο Χάρι Πότερ και η Πέτρα του Μάγου στις Ηνωμένες Πολιτείες. Ο Scholastic, ο Αμερικανός εκδότης των βιβλίων του Χάρι Πότερ, πίστευε ότι οι αμερικανοί αναγνώστες δεν θα ήταν τόσο ελκυστικοί σε ένα βιβλίο για μια «Φιλοσοφική Λίθο». Αυτή η επιλογή έχει επικριθεί, μαζί με την αμερικανοποίηση των βιβλίων του Χάρι Πότερ που κυκλοφόρησαν στις Ηνωμένες Πολιτείες: έγιναν μικρές αλλαγές στη γλώσσα που χρησιμοποιούσαν οι χαρακτήρες φοβούμενοι ότι οι Αμερικανοί δεν θα την καταλάβαιναν.
Η Φιλοσοφική Λίθος είναι ένα κρίσιμο στοιχείο του βιβλίου. Ο Nicolas Flamel είναι φίλος του Albus Dumbledore, Διευθυντή της Σχολής Μαγείας και Μαγείας του Χόγκουαρτς. Οι δυο τους έχουν εργαστεί μαζί σε έργα αλχημείας, πιθανώς συνεργαζόμενοι με την ίδια τη Φιλοσοφική Λίθο για να εξερευνήσουν τις ιδιότητές της. Ο Φλάμελ στρέφεται επίσης στον Ντάμπλντορ για να κρατήσει την πέτρα ασφαλής και στο πρώτο μέρος του βιβλίου, μεταφέρεται από το Vault 713 στο Γκρίνγκοτς στο Χόγκουαρτς, όπου θεωρείται ότι είναι πιο ασφαλές.
Συνεργαζόμενος με αρκετούς εκπαιδευτές στο σχολείο, ο Ντάμπλντορ βάζει μια σειρά από εμπόδια στο δρόμο της Φιλοσοφικής Λίθου για να την προστατεύσει. Η σειρά των μαγεμένων προστάσεων έχει σχεδιαστεί για να αποτρέψει τον Βόλντεμορτ από το να πάρει τη Φιλοσοφική Λίθο, καθώς ο Ντάμπλντορ ανησυχεί ότι ο Βόλντεμορτ θα ξανασηκωθεί. Τελικά, ο Βόλντεμορτ είναι σε θέση να διεισδύσει σε όλες τις προστασίες εκτός από την τελευταία: ο Ντάμπλντορ κρύβει έξυπνα την πέτρα μέσα στον Καθρέφτη του Έρισεντ με τέτοιο τρόπο που μόνο κάποιος που θέλει να βρει τη Φιλοσοφική Λίθο αλλά δεν τη χρησιμοποιήσει μπορεί να την πάρει.
Σε ένα μάθημα σχετικά με τους στόχους και τα κίνητρα, ο Χάρι το παίρνει επειδή κοιτάζει στον καθρέφτη χωρίς πρόθεση να το χρησιμοποιήσει, και επίσης αντιστέκεται επιτυχώς στην προσπάθεια του Βόλντεμορτ να πάρει τη Φιλοσοφική Λίθο με τη βία. Μετά από αυτή την κορυφαία σκηνή, η Φιλοσοφική Λίθος καταστρέφεται για να αποτρέψει τον Βόλντεμορτ να την αποκτήσει και ο Νίκολας Φλάμελ και η σύζυγός του προετοιμάζονται για το θάνατό τους. Ο Χάρι αρχικά ανησυχεί για τα δύο, αλλά ο Ντάμπλντορ επισημαίνει ότι ο Φλάμελ ζει για περισσότερα από εξακόσια χρόνια και πιθανότατα είναι έτοιμος να ακολουθήσει «την επόμενη μεγάλη περιπέτεια» του θανάτου.