Ο πιστοποιημένος ηλεκτρονικός φάκελος υγείας (EHR) είναι ένα σύστημα λογισμικού που πληροί τα κρατικά κριτήρια για «ουσιαστική χρήση» του ηλεκτρονικού αρχείου. «Σημαντική χρήση» σημαίνει ότι το πρόγραμμα διαχειρίζεται τις πληροφορίες με τρόπο που είτε προωθεί την καλύτερη επικοινωνία είτε παράγει καλύτερη ποιότητα φροντίδας. Το Γραφείο του Εθνικού Συντονιστή για την Τεχνολογία Πληροφοριών Υγείας (ONC) ορίζει το σύνολο των βασικών εργασιών λογισμικού που πρέπει να κάνει κάθε EHR για να λάβει πιστοποίηση. Για να αποδειχθεί η «εύλογη χρήση», ο πιστοποιημένος EHR πρέπει να υποβάλλει λεπτομερείς αναφορές στο Κέντρο Υπηρεσιών Medicare και Medicaid (CMS), ώστε να μπορεί να αξιολογηθεί η απόδοση ενός παρόχου υγειονομικής περίθαλψης. Επιπλέον, ένα πιστοποιημένο EHR πρέπει να συγκεντρώνει ορισμένες πληροφορίες σχετικά με το αρχείο ενός ασθενούς, να επιτρέπει την ανταλλαγή ιατρικών πληροφοριών μεταξύ των παρόχων υγειονομικής περίθαλψης και να μεταδίδει ηλεκτρονικά τις συνταγές, διασφαλίζοντας παράλληλα το απόρρητο και την ασφάλεια των δεδομένων.
Τα EHR αξιολογούνται από ανεξάρτητες, διαπιστευμένες εγκαταστάσεις δοκιμών και πιστοποιούνται από την Επιτροπή Πιστοποίησης για την Τεχνολογία Πληροφοριών Υγείας (CCHIT) ή άλλον από τους έξι εγκεκριμένους φορείς πιστοποίησης. Για να γίνει πιστοποιημένος EHR, μια εταιρεία λογισμικού υποβάλλει εθελοντικά το πλήρες σύστημα ΗΜΥ ή απλώς μια μεμονωμένη ενότητα για δοκιμή. Τα κριτήρια πιστοποίησης «ουσιαστικής χρήσης» περιλαμβάνουν ηλεκτρονική συνταγογράφηση, πρόσβαση ασθενών σε αρχεία μέσω διαδικτυακών πυλών, κοινή χρήση ιατρικών αρχείων μεταξύ θεράπων ιατρών και αναφορά σε κυβερνητικές βάσεις δεδομένων για επιτήρηση της δημόσιας υγείας. Ένα πιστοποιημένο EHR δεν πρέπει μόνο να συνταγογραφεί ηλεκτρονικά αλλά και να ελέγχει για αλληλεπιδράσεις με φάρμακα, αλλεργίες. Επιπλέον, το λογισμικό πρέπει να επιδεικνύει έλεγχο ως προς το ποιος αποκτά πρόσβαση, να αποσυνδέεται αυτόματα, να πιστοποιεί την ταυτότητα του χρήστη και να κρυπτογραφεί τα δεδομένα για να διασφαλίζει την ασφάλεια των δεδομένων του ασθενούς.
Ένα πιστοποιημένο EHR πρέπει επίσης να διατηρεί τρέχουσες λίστες με ενεργά φάρμακα, προβλήματα, αλλεργίες, ζωτικά σημεία και ανοσοποιήσεις για κάθε ασθενή. Τα δημογραφικά στοιχεία των ασθενών, συμπεριλαμβανομένης της κατάστασης καπνίσματος του ασθενούς, και τα αποτελέσματα εργαστηριακών εξετάσεων πρέπει να είναι προσβάσιμα μέσω του EHR. Ένα πιστοποιημένο EHR παρακολουθεί επίσης τις επιθυμίες των ασθενών για ανάνηψη, οδηγίες εξιτηρίου, ηλεκτρονικές εντολές γιατρού και πόρους εκμάθησης για τον ασθενή. Τα κλινικά μέτρα ποιότητας μπορούν επίσης να εντοπιστούν και να κατατεθούν σε πίνακα για αναφορά σε κρατικούς φορείς. Οι εταιρείες δοκιμών έχουν γενικά μια ομάδα, αποτελούμενη από γιατρούς, νοσηλευτές και αναλυτές λογισμικού, που εκτελούν μια σειρά δοκιμών σε δείγματα δεδομένων ασθενών χρησιμοποιώντας το λογισμικό EHR για να καθορίσουν τη συμμόρφωση με όλους τους κανονισμούς.
Μόλις ένα σύστημα EHR περάσει όλες τις δοκιμές, ένας οργανισμός πιστοποίησης θα εκδώσει πιστοποίηση και θα δημοσιεύσει την εταιρεία σε μια λίστα πιστοποιημένων συστημάτων EHR στον ιστότοπο της ONC. Υπάρχουν δύο τύποι πιστοποίησης, ανάλογα με το αν το λογισμικό που υποβάλλεται είναι ένα πλήρες σύστημα ΗΜΥ ή απλώς μια ενότητα. Για πλήρη συστήματα ΗΜΥ, πρέπει να πληρούνται και τα 33 κριτήρια για ουσιαστική χρήση. Εάν το λογισμικό είναι μόνο μια ενότητα, πρέπει να πληρούνται τουλάχιστον εννέα από τα 33 κριτήρια.