Μέσα στο πεπτικό σύστημα, υπάρχουν πολλά διαφορετικά ένζυμα που διασπούν τα μόρια των τροφίμων. Κάθε ένα από αυτά τα ένζυμα έχει διαφορετικό ρόλο και μερικά δρουν μόνο σε ένα συγκεκριμένο όργανο υπό συγκεκριμένες συνθήκες. Το μεγαλύτερο μέρος της πέψης λαμβάνει χώρα μέσα στο λεπτό έντερο από μεγάλο αριθμό διαφορετικών ενζύμων. Η πέψη των πρωτεϊνών είναι ένα παράδειγμα μιας πολύπλοκης διαδικασίας που πραγματοποιείται σε διαφορετικά όργανα από διαφορετικές ομάδες ενζύμων. Οι εξωπεπτιδάσες είναι μια ομάδα ενζύμων που εμπλέκονται στην πλήρη πέψη των πρωτεϊνών.
Η πέψη ενός μορίου πρωτεΐνης είναι πολύ συγκεκριμένη, καθώς τα ένζυμα που εμπλέκονται σπάζουν μόνο τους δεσμούς εκτός από ορισμένα αμινοξέα που βρίσκονται στην πεπτιδική αλυσίδα. Όταν σχηματίζεται ένας πεπτιδικός δεσμός, βρίσκεται πάντα ανάμεσα στο αμινο άκρο ενός αμινοξέος και στο καρβοξυλικό άκρο ενός άλλου. Όταν η αλληλουχία αμινοξέων δίνεται για μια συγκεκριμένη πεπτιδική αλυσίδα ή πρωτεΐνη, συνήθως διαβάζεται από το αμινο άκρο, το Ν τερματικό, μέχρι το τελευταίο αμινοξύ, το οποίο έχει ελεύθερο καρβοξυλικό, ή το Ο τερματικό. Αρχικά, αν και η πρωτεΐνη διασπάται, παράγονται πολύ λίγα αμινοξέα.
Οι πρωτεΐνες είναι μεγάλα μόρια και η πέψη τους έχει διάφορα στάδια, ξεκινώντας από το στομάχι με την πεψίνη, μια από τις τρεις ενδοπεπτιδάσες. Μόλις οι μερικώς αφομοιωμένες πρωτεΐνες μετακινηθούν από το στομάχι στο λεπτό έντερο, οι άλλες δύο ενδοπεπτιδάσες, η θρυψίνη και η χυμοθρυψίνη, συνεχίζουν να διασπούν τις πρωτεΐνες. Αυτά τα τρία ένζυμα χωρίζουν τους μακρούς πεπτιδικούς κλώνους που αποτελούν την πρωτεΐνη σε διάφορα μήκη. Οι ενδοπεπτιδάσες ονομάζονται έτσι καθώς διασπούν τους πεπτιδικούς δεσμούς που βρίσκονται μέσα στην πρωτεΐνη.
Για να ολοκληρωθεί η πεπτική διαδικασία για την παραγωγή μεμονωμένων αμινοξέων από μια πρωτεϊνική αλυσίδα, απαιτείται μια εξωπεπτιδάση. Κάθε εξωπεπτιδάση σπάει τον δεσμό μεταξύ του ακραίου αμινοξέος και της υπόλοιπης αλυσίδας. Υπάρχουν πολλές διαφορετικές εξωπεπτιδάσες, καθεμία από τις οποίες έχει έναν εξαιρετικά συγκεκριμένο τρόπο δράσης. Όπου το αμινοξύ ενώνεται με την υπόλοιπη πεπτιδική αλυσίδα και ποια αμινοξέα συνδέονται μεταξύ τους, παίζει ρόλο στον προσδιορισμό ποια εξωπεπτιδάση θα σπάσει τον δεσμό.
Η καρβοξυπεπτιδάση είναι μια εξωπεπτιδάση που διασπά τον δεσμό μεταξύ του δεύτερου τελευταίου και του τελευταίου αμινοξέος στο C τερματικό άκρο. Μια άλλη εξωπεπτιδάση, η αμινοπεπτιδάση, εκτελεί την ίδια δράση αλλά στο Ν τερματικό άκρο. Άλλες εξωπεπτιδάσες, που ονομάζονται διπεπτιδάσες, διασπούν συγκεκριμένα ζεύγη αμινοξέων. Για παράδειγμα, μια διπεπτιδάση θα σπάσει μόνο τον δεσμό μεταξύ μιας γλυκίνης που συνδέεται με μια λευκίνη. Μια άλλη διπεπτιδάση θα δράσει μόνο σε έναν πεπτιδικό δεσμό μεταξύ δύο αμινοξέων γλυκίνης που συνδέονται μεταξύ τους.