Οι παράγοντες που επηρεάζουν την επιλογή ενός συντρόφου είναι συχνά ένα μυστήριο, ακόμη και για εκείνους που κάνουν τις επιλογές. Πολλές υποκείμενες διεργασίες στον εγκέφαλο συνδυάζονται για να δημιουργήσουν ένα αίσθημα έλξης. Τα περισσότερα από αυτά είναι προσανατολισμένα προς την παραγωγή βιώσιμων απογόνων με τις καλύτερες πιθανές πιθανότητες επιβίωσης. Ένας σημαντικός παράγοντας για την επιβίωση είναι ένα ισχυρό ανοσοποιητικό σύστημα, το οποίο προέρχεται από ανόμοια ανοσοποιητικά συστήματα στους γονείς που συνδυάζονται για να δημιουργήσουν ένα πιο ολοκληρωμένο αμυντικό σύστημα. Η ιστοσυμβατότητα είναι το μέτρο του πόσο παρόμοια είναι τα γονίδια που διέπουν το ανοσοποιητικό σύστημα μεταξύ των ατόμων.
Τα γονίδια που σχετίζονται με την ιστοσυμβατότητα είναι αυτά που αναγνωρίζουν ξένους παράγοντες που εισβάλλουν στο σώμα και προκαλούν μια ανοσολογική απόκριση για την καταπολέμησή τους. Αυτά τα γονίδια σχηματίζουν έναν απλότυπο ή μια ομάδα γονιδίων συγκεντρωμένων σε μια περιοχή ενός χρωμοσώματος, που ονομάζεται κύριο σύμπλεγμα ιστοσυμβατότητας ή MHC. Μερικές φορές τα γονίδια MHC ανασυνδυάζονται, αλλά γενικά ο απλότυπος μεταβιβάζεται άθικτος από τον γονέα στους απογόνους. Στους ανθρώπους, το MHC ονομάζεται επίσης ανθρώπινα αντιγόνα λευκοκυττάρων ή HLA.
Τα γονίδια MHC είναι συνεπικρατούντα, επομένως οι απόγονοι εκφράζουν όλα τα γονίδια που κληρονομούν και από τις δύο πλευρές. Αυτό σημαίνει ότι εάν οι γονείς έχουν διαφορετικά γονίδια MHC, οι απόγονοι θα μπορούν να αναγνωρίσουν το σύνολο όλων των ξένων υλικών που η μητέρα και ο πατέρας τους θα μπορούσαν να αναγνωρίσουν. Για να διασφαλιστεί ότι οι απόγονοι έχουν την καλύτερη δυνατή άμυνα κατά της νόσου, ένας πιθανός γονέας θα πρέπει να αναζητήσει σύντροφο με διαφορετικό MHC.
Το καθήκον της επιλογής συντρόφου με βάση τη γενετική σύνθεση του MHC ανήκει στα θηλυκά, τα οποία είναι γενικά πιο διακριτικά στην επιλογή των συντρόφων. Χρησιμοποιούν την όσφρησή τους για να βρουν συντρόφους που έχουν διαφορετικά MHC. Μελέτες έχουν δείξει ότι οι γυναίκες βρίσκουν πιο ελκυστική τη μυρωδιά των μπλουζών που ανήκουν σε άνδρες με MHC που είναι διαφορετικά από τα δικά τους. Αυτή η μέθοδος επιλογής είναι υποσυνείδητη. Μερικές φορές οι γυναίκες δεν αντιλαμβάνονται μια μυρωδιά, αλλά εξακολουθούν να αισθάνονται έλξη αφού μυρίσουν ένα πουκάμισο.
Η ιατρική τεχνολογία μερικές φορές παρεμβαίνει σε αυτές τις αντιλήψεις. Για παράδειγμα, οι γυναίκες που παίρνουν αντισυλληπτικά χάπια αλλάζουν τα επίπεδα ορμονών τους. Το σώμα τους είναι ορμονικά έγκυο και σε αυτή την κατάσταση η επιθυμία να επιλέξουν συντρόφους μειώνεται. Η όσφρηση που τους βοήθησε να βρουν γενετικά κατάλληλους συντρόφους δεν λειτουργεί πλέον.
Στην επιλογή συντρόφου, η ύπαρξη διαφορετικών γονιδίων MHC θέτει έναν υποψήφιο σε πλεονέκτημα. Ένας υψηλός βαθμός ιστοσυμβατότητας, ή παρόμοια γονίδια MHC, είναι ζωτικής σημασίας σε άλλες καταστάσεις. Για παράδειγμα, η υψηλή ιστοσυμβατότητα μεταξύ δωρητών και ξενιστών είναι το κλειδί για την αποφυγή απόρριψης οργάνων μετά από μεταμοσχεύσεις.