Η λογιστική μισθοδοσίας είναι μια διαδικασία που συμβαίνει σε όλες τις επιχειρήσεις και εστιάζει στην οικονομική διαχείριση των πληροφοριών μισθοδοσίας μιας εταιρείας. Οι λογιστές θα καταγράφουν πληροφορίες σχετικά με τους μισθούς των εργαζομένων, τα μπόνους και τις προμήθειες. Οι λογιστές θα καταγράφουν επίσης και θα αναφέρουν τους φόρους που σχετίζονται με αυτές τις πληροφορίες στο γενικό καθολικό. Οι υπάλληλοι μισθοδοσίας και οι διευθυντές είναι υπεύθυνοι για την παροχή αυτών των πληροφοριών στη λογιστική, μαζί με τη διατήρηση της γραφειοκρατίας που είναι απαραίτητη για την εκπλήρωση των νομικών απαιτήσεων για την εμφάνιση ακριβών αρχείων απασχόλησης. Η λογιστική μισθοδοσίας είναι συχνά ξεχωριστή από το κανονικό λογιστικό γραφείο, καθώς οι πληροφορίες είναι εξαιρετικά ευαίσθητες και δεν μπορούν να προβληθούν από πολλούς υπαλλήλους.
Οι εταιρείες θα έχουν συχνά ένα γραφείο μισθοδοσίας που πληροί όλες τις νομικές απαιτήσεις για την πρόσληψη υπαλλήλων. Οι πληροφορίες που σχετίζονται με ελέγχους ιστορικού, εξετάσεις ναρκωτικών, συμβάσεις εργασίας, συμφωνίες παροχών, μισθολογικές εκπτώσεις και άλλες πληροφορίες εμπίπτουν συχνά σε συγκεκριμένους νόμους για τους ανθρώπινους πόρους. Η μη τήρηση ακριβών αρχείων απασχόλησης μπορεί να οδηγήσει σε βαριά πρόστιμα ή άλλες κυρώσεις για παράλειψη τήρησης νόμων και κανονισμών. Ορισμένες εταιρείες ενδέχεται να χρησιμοποιούν λογιστές για τον έλεγχο των λογιστικών διαδικασιών μισθοδοσίας στο γραφείο ανθρώπινου δυναμικού. Αυτός ο έλεγχος διασφαλίζει ότι δεν υπάρχουν παραβιάσεις της ισχύουσας νομοθεσίας για το ανθρώπινο δυναμικό στην εταιρεία.
Οι εγγραφές για την καταγραφή των στοιχείων μισθοδοσίας είναι αρκετά απλές. Στο σημερινό τεχνολογικό περιβάλλον, πολλές από τις εγγραφές γίνονται σε πραγματικό χρόνο χρησιμοποιώντας προ-προγραμματισμένες οδηγίες στο πακέτο λογισμικού λογιστικής της εταιρείας. Οι λογιστές στο λογιστήριο μισθοδοσίας θα ελέγξουν στη συνέχεια τις εγγραφές για να διασφαλίσουν ότι δεν σημειώθηκαν σφάλματα κατά την αυτόματη επεξεργασία. Η βασική καταχώριση θα χρεώσει τα έξοδα μισθοδοσίας για τους μισθούς και τους ημερομίσθους κάθε υπαλλήλου και την πιστωτική καταβολή μισθοδοσίας. Η εταιρεία μπορεί να έχει ξεχωριστούς λογαριασμούς που ορίζουν συγκεκριμένες ομάδες μισθοδοσίας. Μόλις πληρωθεί, το σύστημα θα χρεώσει το πληρωτέα μισθοδοσία και θα πιστώσει μετρητά. Αυτές οι εγγραφές — όσον αφορά τις χρεώσεις και τις πιστώσεις — είναι επίσης ίδιες για τους λογαριασμούς φόρου μισθοδοσίας.
Η λογιστική μισθοδοσίας απαιτεί συχνά από τις εταιρείες να αποδίδουν φόρους μισθοδοσίας σε προγραμματισμένη βάση στην κατάλληλη κρατική υπηρεσία. Οι λογιστές θα πρέπει να συμπληρώσουν τις κατάλληλες φόρμες και να κάνουν μια επιταγή στην υπηρεσία για αυτούς τους φόρους, συχνά σε τριμηνιαία βάση. Οι μεγαλύτερες κρατικές υπηρεσίες ενδέχεται να διαθέτουν ένα ηλεκτρονικό σύστημα αποθετηρίου για τη μεταφορά αυτών των χρημάτων στο Διαδίκτυο, όπως απαιτείται. Οι λογιστές θα πρέπει να εναρμονίσουν αυτούς τους λογαριασμούς για να διασφαλίσουν ότι όλα τα χρήματα που καταχωρούνται στον λογαριασμό θα πάνε στην κατάλληλη υπηρεσία. Τα κρεμαστά χρεωστικά ή πιστωτικά υπόλοιπα υποδεικνύουν πρόβλημα εσωτερικά με το λογιστικό σύστημα μισθοδοσίας. Οι λογιστές θα πρέπει στη συνέχεια να προσαρμόσουν τα στοιχεία ή τα ποσοστά για παρακράτηση για να διορθώσουν αυτό το πρόβλημα.