Η οικολογία των υγροτόπων περιλαμβάνει τη μελέτη οποιασδήποτε περιοχής γης που είναι εν μέρει ή πλήρως βυθισμένη κάτω από το νερό είτε μόνιμα είτε για σημαντικό χρονικό διάστημα κάθε χρόνο. Υπάρχουν πολλοί τύποι υγροτόπων, που κυμαίνονται από βάλτους έως παράκτιους παλιρροϊκούς υγρότοπους. Κάθε περιβάλλον περιέχει ένα μοναδικό μείγμα φυτών και ζώων.
Η μελέτη των βάλτων είναι ένας μεγάλος κλάδος της οικολογίας των υγροτόπων. Οι βάλτοι καθορίζονται σε μεγάλο βαθμό από την παρουσία βυθισμένων αλλά ακόμα ζωντανών δέντρων. Αυτές οι περιοχές γενικά υπάρχουν σε πλημμυρικές πεδιάδες κοντά σε ποτάμια και μπορεί να γίνουν αρκετά μεγάλες. Το σύστημα βάλτων Al-Sudd στο νότιο Σουδάν, για παράδειγμα, καλύπτει πάνω από 30,000 τετραγωνικά χιλιόμετρα (18,641 τετραγωνικά μίλια). Στις Ηνωμένες Πολιτείες, το Big Cypress Swamp, το οποίο είναι προσκείμενο σε Florida Everglades, περιέχει 2,400 τετραγωνικά μίλια (3,862 τετραγωνικά χιλιόμετρα) οικολογίας υγροτόπων.
Τα έλη έχουν μεγάλη βιοποικιλότητα. Τα μεγάλα ερπετά, όπως οι αλιγάτορες και οι κροκόδειλοι, φαίνονται ιδιαίτερα στο σπίτι τους σε αυτές τις περιοχές. Η ζωή των εντόμων είναι άφθονη και παρέχει τροφή για πολλά είδη ψαριών και πτηνών. Οι στάσιμες πισίνες σε αυτά τα οικοσυστήματα φιλοξενούν μια ποικιλία υδρόβιων φυτών και μυκήτων.
Τα έλη συχνά συνορεύουν με βάλτους, αλλά μπορούν επίσης να σχηματιστούν ανεξάρτητα. Αυτές οι περιοχές μπορούν να αποτελούνται από γλυκό νερό ή συνδυασμό γλυκού και αλμυρού νερού. Γενικά, τα νερά στους βάλτους είναι πιο λιμνάζοντα από τους βάλτους και δεν υπάρχουν λίγα έως καθόλου δέντρα.
Οι περιοχές των βάλτων που συνορεύουν με τον ωκεανό περιέχουν συχνά ένα μείγμα γλυκού νερού και αλμυρού νερού. Τα υφάλμυρα έλη και τα αλμυρά έλη έχουν τη μεγαλύτερη περιεκτικότητα σε αλάτι και συχνά τη μικρότερη ποικιλία άγριων ζώων. Τα ανθεκτικά σε αλάτι χόρτα, όπως το στρείδι και το συρμάτινο γρασίδι, ευδοκιμούν σε αυτά τα οικοσυστήματα. Τα καβούρια, τα στρείδια και τα ψάρια που πλένονται από τις παλίρροιες προσελκύουν αμέτρητα πουλιά.
Οι βάλτοι του γλυκού νερού και οι ενδιάμεσοι βάλτοι έχουν ήπια έως καθόλου περιεκτικότητα σε αλμυρό νερό. Ως αποτέλεσμα, η ζωή των φυτών και των ζώων είναι άφθονη και ποικίλη. Τα θηλαστικά, ιδιαίτερα τα τρωκτικά, είναι άφθονα σε αυτές τις περιοχές. Τα υδρόβια πτηνά, όπως οι πάπιες και οι χήνες, είναι πανταχού παρόντα όπως και τα μικρά ερπετά όπως οι βάτραχοι και οι χελώνες. Η οικολογία των υγροτόπων στους βάλτους περιλαμβάνει επίσης πολλά από τα ίδια είδη ψαριών και πτηνών που υπάρχουν στις τοπικές πλωτές οδούς.
Η οικολογία των υγροτόπων επίσης, σε μικρότερο βαθμό, περιλαμβάνει τη μελέτη των οικοτόπων των ελών. Όπως και οι βάλτοι, αυτοί οι υγρότοποι είναι συχνά δασώδεις. Το νεροβόλο, ωστόσο, είναι εξαιρετικά όξινο και συνήθως αρκετά στάσιμο. Αυτός ο συνδυασμός παράγει συχνά τύρφη όταν υπάρχουν μεγάλες ποσότητες νεκρών βρύων ή λειχήνων.
Η ζωή των ζώων εντός των βάλτων περιορίζεται από την οξύτητα του νερού. Τα είδη που υπάρχουν, ωστόσο, είναι συχνά ιδιαίτερα προσαρμοσμένα στις συνθήκες του ελώδους περιβάλλοντος. Ως αποτέλεσμα, αυτά τα φυτά και τα ζώα σπάνια βρίσκονται σε άλλες περιοχές.