Η πέψη με θρυψίνη συμβαίνει όταν μεγάλες αλυσίδες πρωτεΐνης διασπώνται σε μικρότερες αλυσίδες αμινοξέων. Το σώμα στη συνέχεια χρησιμοποιεί αυτά τα αμινοξέα σε πολλές διαφορετικές κυτταρικές διαδικασίες. Μια κατηγορία ενζύμων που ονομάζεται πρωτεάση, η τρυψίνη είναι μια χημική ουσία που ξεκινά στο πάγκρεας ως τρυπτονάση. Όταν η τρυπτονάση φτάσει στο λεπτό έντερο, διασπάται στη δραστική της μορφή, την τρυψίνη και είναι σε θέση να αφομοιώσει τις πρωτεΐνες.
Η πρωτεΐνη είναι ένα σημαντικό συστατικό σε πολλές λειτουργίες του σώματος. Ενώ το σώμα είναι σε θέση να ανακυκλώσει ένα μεγάλο ποσοστό των ημερήσιων αναγκών του σε πρωτεΐνη από νεκρά κύτταρα και ένζυμα που έχουν ολοκληρώσει τα καθήκοντά του, απαιτεί πρόσθετη πρωτεΐνη με τη μορφή χωνεμένων τροφών. Οι πρωτεάσες, συμπεριλαμβανομένης της τρυψίνης, απελευθερώνονται στην πεπτική οδό, όπου προσβάλλουν τους δεσμούς συγκρατώντας μακρά πρωτεϊνικά μόρια μαζί.
Το πάγκρεας είναι υπεύθυνο για την παραγωγή τρυψίνης και την απελευθέρωσή της στον πεπτικό σωλήνα. Πριν φτάσει στο λεπτό έντερο, είναι αδρανές για να μην βλάψει το πάγκρεας. Μόλις φτάσει στην τελική του θέση, ενεργοποιείται η τρυψίνη. Όταν ολοκληρωθεί η πέψη της τρυψίνης, το ίδιο το ένζυμο τρυψίνη διασπάται ξανά σε αμινοξέα και ανακυκλώνεται.
Το περιβάλλον στο στομάχι είναι πολύ όξινο, πράγμα που σημαίνει ότι το pH είναι κάτω από την ουδέτερη τιμή του 7. Αυτή η οξύτητα βοηθά να σπάσει τα κομμάτια των τροφίμων σε πάστα. Μόλις η τροφική ύλη φύγει από το στομάχι και εισέλθει στο έντερο, ωστόσο, το pH γίνεται ελαφρώς αλκαλικό ή μεγαλύτερο από 7. Η πέψη με θρυψίνη είναι πιο αποτελεσματική σε περιβάλλοντα όπου το pH είναι περίπου 8.
Κάθε τύπος πρωτεάσης είναι υπεύθυνος για τη διάσπαση μόνο συγκεκριμένων τύπων πρωτεϊνών. Η πέψη με θρυψίνη διαλύει τους δεσμούς μόνο στα αμινοξέα αργινίνη και λυσίνη. Αν και η τρυψίνη μοριακά μοιάζει αρκετά με μια άλλη πρωτεάση που σχηματίζεται στο πάγκρεας, τη χυμοτρυψίνη, τα δύο ένζυμα δεν έλκονται από τις ίδιες πρωτεϊνικές αλυσίδες.
Η μελέτη της πέψης με θρυψίνη ήταν σχετικά εύκολη επειδή το ένζυμο είναι άφθονο και εύκολο να εξαχθεί και να καθαριστεί. Τοποθετώντας μια πρωτεΐνη σε ένα δείγμα καθαρής τρυψίνης, οι επιστήμονες μπορούν να δουν πόσο γρήγορα και αποτελεσματικά η πρωτεάση διασπά την πρωτεΐνη σε μικρότερες αλυσίδες αμινοξέων. Ο πειραματισμός με την τρυψίνη οδήγησε σε ανακαλύψεις που διευκόλυναν τη μελέτη των ενζύμων που είναι λιγότερο σταθερά.
Από όλες τις πρωτεάσες, η πέψη με θρυψίνη ξεχωρίζει τους λιγότερους τύπους πρωτεϊνών. Αυτή η ποιότητα αξιοποιείται από εργαστηριακούς επιστήμονες, οι οποίοι χρησιμοποιούν την πρωτεάση για να διασπάσουν λυσίνες και αργινίνες. Η τρυψίνη διασπά αυτά τα μόρια με έναν προβλέψιμο τρόπο, κάτι που βοηθά τους επιστήμονες να απομονώσουν ορισμένα αμινοξέα στο εργαστήριο.