Ταξινόμηση βακτηρίων είναι η διαδικασία διάκρισης τύπων βακτηρίων μεταξύ τους και ομαδοποίησης τους σύμφωνα με κοινά χαρακτηριστικά. Μια τέτοια ταξινόμηση γίνεται στο πλαίσιο του διεθνώς αποδεκτού συστήματος βιολογικής ταξινόμησης ή της επιστήμης της ταξινόμησης των οργανισμών. Διάφορα πράγματα λαμβάνονται υπόψη κατά την ταξινόμηση των βακτηρίων, ιδιαίτερα οι αλληλουχίες RNA, αλλά περιλαμβάνουν το σχήμα, τη βιοχημεία και τα χαρακτηριστικά της εξωτερικής μεμβράνης, μεταξύ άλλων.
Ενώ υπάρχουν διαφορετικές απόψεις σχετικά με τον τρόπο ταξινόμησης των οργανισμών, το σημερινό σύστημα που επικρατεί χωρίζει όλη τη ζωή σε τρεις τομείς. Τα βακτήρια αποτελούν έναν από αυτούς τους τομείς. Παρουσιάζουν ακραίο βαθμό ποικιλομορφίας και, ως προς τον αριθμό, αποτελούν τη μεγάλη πλειοψηφία των γνωστών ειδών και, κατά μάζα, υπερτερούν αριθμητικά όλων των πολυκύτταρων οργανισμών στη γη. Η ταξινόμηση των βακτηρίων μπορεί να είναι δύσκολη λόγω πολλών παραγόντων, ιδιαίτερα της απουσίας πολύπλοκων δομών που βρίσκονται σε πιο προηγμένους οργανισμούς, καθώς και της τάσης των βακτηρίων να μεταφέρουν τμήματα του DNA.
Οι βακτηριολόγοι χρησιμοποιούν διάφορες τεχνικές στην ταξινόμηση των βακτηρίων. Το σχήμα είναι ο απλούστερος τρόπος για να ξεχωρίσετε τα βακτήρια και αυτοί οι οργανισμοί μπορούν να εμφανίσουν μια ποικιλία σχημάτων, όπως ράβδοι, σπειρές και σφαίρες, μεταξύ άλλων. Ωστόσο, το σχήμα δεν είναι απαραίτητα αποκλειστικό χαρακτηριστικό και τα βακτήρια που ομαδοποιούνται σε ευρέως διαφορετικές ταξινομήσεις μπορεί να έχουν παρόμοια σχήματα.
Άλλα μορφολογικά χαρακτηριστικά, όπως το μέγεθος, μπορεί να διαφέρουν σημαντικά από είδος σε είδος και οι τυπικές ομάδες μπορούν επίσης να βοηθήσουν στην ταξινόμηση. Πολλά είδη τείνουν να σχηματίζουν ομάδες μεμονωμένων κυττάρων, τα οποία μπορεί να ποικίλλουν πολύ σε αριθμό. Η παρουσία εξωτερικών δομών, όπως μικροσκοπικές κατασκευές που μοιάζουν με πλοκάμια που ονομάζονται μαστίγια, μπορεί επίσης να βοηθήσει στη διάκριση των ειδών βακτηρίων.
Ένα άλλο βασικό εργαλείο στην ταξινόμηση των βακτηρίων είναι ένα τεστ γνωστό ως τεστ χρώσης gram, που πήρε το όνομά του από έναν μικροβιολόγο του 19ου αιώνα. Αυτή η δοκιμή ποσοτικοποιεί τα βακτήρια ανάλογα με το πάχος της εξωτερικής τους μεμβράνης. Τα αρνητικά κατά Gram βακτήρια έχουν πολύ λεπτή μεμβράνη και τα θετικά κατά Gram παχύτερη μεμβράνη.
Παράγοντες όπως ο μεταβολισμός και άλλες βιοχημικές διακρίσεις είναι ένα άλλο εργαλείο για την ταξινόμηση των βακτηρίων. Τα βακτήρια μεταβολίζουν μια μεγάλη ποικιλία διαφορετικών ενώσεων και η συγκεκριμένη ένωση ή ενώσεις που χρησιμοποιούνται ή μετατρέπονται από ένα συγκεκριμένο βακτήριο μπορούν να βοηθήσουν στην ταυτοποίηση και την ταξινόμησή τους. Η ανάλυση άλλων βιοχημικών δεδομένων μπορεί επίσης να βοηθήσει αυτή τη διαδικασία.
Οι εξελίξεις στις τεχνικές μοριακής ανάλυσης επέτρεψαν στους βακτηριολόγους να διαφοροποιήσουν τα βακτήρια σύμφωνα με τις διαφορές στο RNA, καθώς και με συγκεκριμένες γονιδιακές αλληλουχίες. Περαιτέρω ανάλυση της συνολικής ποσότητας μεμονωμένων πρωτεϊνών RNA και DNA και των αναλογιών στις οποίες υπάρχουν παρέχουν ένα άλλο μέσο ταξινόμησης. Χρησιμοποιώντας μερικές ή όλες αυτές τις τεχνικές και τα παρατηρήσιμα χαρακτηριστικά, οι βακτηριολόγοι είναι σε θέση να ταξινομήσουν τα βακτήρια ανάλογα με το είδος και να ομαδοποιήσουν παρόμοια είδη μαζί.