Η βαπτιστική θεολογία περιλαμβάνει πολλές βασικές πεποιθήσεις που μοιράζονται οι περισσότερες χριστιανικές ομάδες παγκοσμίως, όπως η κυριότητα του Ιησού από τη Ναζαρέτ. Η γέννηση, ο θάνατος και η ανάστασή του. και ότι θα επιστρέψει κάποια μέρα για να κρίνει τον κόσμο. Άλλες πεποιθήσεις, πιο συγκεκριμένες για τη Βαπτιστική εκκλησία περιλαμβάνουν το βάπτισμα του πιστού, τη σωτηρία μέσω της πίστης, την ιεροσύνη όλων των πιστών και την αυτονομία των εκκλησιών. Δεδομένου ότι η εκκλησία των Βαπτιστών δεν έχει κυβερνητικό όργανο ή ιεραρχία της εκκλησίας, αυτές οι πεποιθήσεις μπορεί να διαφέρουν πολύ από εκκλησία σε εκκλησία.
Ενώ πολλά μέλη ισχυρίζονται ότι η εκκλησία των Βαπτιστών υπάρχει από τους βιβλικούς χρόνους, άλλα ισχυρίζονται ότι είναι μια προτεσταντική ομάδα, χωρισμένη από τους Αναβαπτιστές ή τους Αυτονομιστές κάποια στιγμή στον 15ο αιώνα. Είτε έτσι είτε αλλιώς, οι βαπτιστικές εκκλησίες εξαπλώθηκαν τόσο στην Ευρώπη όσο και στην αποικιακή Αμερική μέχρι το 1700. Από τότε, η βαπτιστική θεολογία έχει χωριστεί σε πολλές κατευθύνσεις με αποτέλεσμα ομάδες όπως Ενωμένοι Βαπτιστές, Βαπτιστές Ελεύθερης Βούλησης, Νότιοι Βαπτιστές και πολλές άλλες.
Οι Βαπτιστές παίρνουν το όνομά τους από μια από τις πιο βασικές πεποιθήσεις τους, γνωστή ως βάπτισμα του πιστού. Αντί να βαφτίζουν βρέφη που γεννιούνται από μέλη της εκκλησίας, οι εκκλησίες προσφέρουν βάπτισμα σε όποιον πιστεύει και ομολογεί ότι ο Ιησούς είναι Κύριος. Επιπλέον, η βάπτιση γίνεται με κατάδυση και όχι με ράντισμα με νερό πάνω από το κεφάλι.
Μια άλλη πτυχή της βαπτιστικής θεολογίας είναι γνωστή ως σωτηρία με χάρη μέσω της πίστης. Αυτό σημαίνει ότι όλοι οι άνθρωποι έχουν αμαρτήσει και έχουν ανάγκη από σωτηρία, αλλά δεν μπορούν να κάνουν τίποτα για να σωθούν. Αντίθετα, ο Θεός σώζει τους ανθρώπους μέσω της χάρης του, αρκεί να έχουν πίστη σε αυτόν.
Η βαπτιστική θεολογία περιλαμβάνει επίσης μια έννοια που ονομάζεται ιεροσύνη των πιστών. Η Αγία Γραφή θεωρείται η μόνη πνευματική εξουσία, και οποιοσδήποτε μπορεί να διαβάσει τη Βίβλο ή να προσευχηθεί χωρίς ιερέα, ιεροκήρυκα ή πάστορα για βοήθεια. Ενώ οι πάστορες και οι διάκονοι χαίρουν μεγάλου σεβασμού, τα μέλη ενθαρρύνονται να μελετήσουν τη Βίβλο για να δουν αν το μάθημα του πάστορα συμφωνεί με τις Γραφές.
Ως αποτέλεσμα της ιεροσύνης των πιστών, οι βαπτιστικές εκκλησίες είναι αυτόνομες. Δεν υπάρχει ιεραρχία της εκκλησίας που να καθορίζει πώς πρέπει να γίνουν τα πράγματα. Αντίθετα, οι περισσότερες βαπτιστικές εκκλησίες διοικούνται κυρίως από ένα σώμα εκλεγμένων διακόνων ή από ψήφους σε όλη την εκκλησία. Αυτή η τοπική λήψη αποφάσεων οδηγεί σε διαφορετικές πεποιθήσεις και πρακτικές σε διάφορες βαπτιστικές εκκλησίες.
Παρ’ όλα αυτά, πολλές εκκλησίες ενώνονται για συναδέλφους και ιεραποστολικές προσπάθειες σε ομάδες όπως το Southern Baptist Convention και η World Baptist Alliance. Αν και αυτές οι ομάδες δεν έχουν εξουσία σε καμία εκκλησία, οι εκκλησίες μέσα σε μια ομάδα τείνουν να είναι παρόμοιες. Ως εκ τούτου, οι εκκλησίες συχνά προσδιορίζονται από τη σύμβαση ή τη συνένωση τους.