Όσον αφορά τον έλεγχο, ο εγγενής κίνδυνος είναι ο κίνδυνος κάποιο μέρος της λογιστικής διαδικασίας μιας εταιρείας να είναι ελαττωματικό ή εσφαλμένο. Αυτός ο κίνδυνος είναι ξεχωριστός από τον κίνδυνο ελέγχου, ο οποίος επηρεάζεται από τους δευτερεύοντες ελέγχους που τίθενται στη λογιστική διαδικασία από την εταιρεία. Ο εγγενής κίνδυνος μπορεί να προκύψει εξαιτίας ανθρώπινων παραγόντων όπως η πιθανή ανάρμοστη συμπεριφορά των εργαζομένων ή ακούσια λάθη που γίνονται στις λογιστικές πρακτικές. Επίσης, σε αυτόν τον κίνδυνο συνυπολογίζεται η φύση της εν λόγω επιχείρησης και τα είδη των λογαριασμών που μετρώνται.
Οι ελεγκτές που είναι επιφορτισμένοι με τη διενέργεια αξιολογήσεων των χρηματοοικονομικών πρακτικών μιας εταιρείας ανησυχούν για την πιθανότητα λαθών στις λογιστικές προσπάθειες. Αυτά τα λάθη μπορούν προφανώς να είναι εξαιρετικά επιζήμια για τη συνολική θέση της εταιρείας. Η εταιρεία μπορεί να επηρεαστεί οικονομικά από οποιεσδήποτε φορολογικές κυρώσεις και μπορεί να επηρεαστεί από τη δυσπιστία που γεννά η ψευδής λογιστική σε πελάτες και επενδυτές. Για αυτούς τους λόγους, οι ελεγκτές κάνουν μια εκτίμηση του εγγενούς κινδύνου που ενέχει οι χρηματοοικονομικές πρακτικές μιας εταιρείας κατά την έναρξη της διαδικασίας ελέγχου.
Ο εγγενής κίνδυνος είναι το είδος του κινδύνου που είναι αδύνατο να αποφευχθεί για οποιαδήποτε μεγάλη επιχείρηση. Οι ελεγκτές κάνουν συνήθως συντηρητικές εκτιμήσεις τέτοιου κινδύνου, επειδή είναι αδύνατο να προβλεφθεί με ακρίβεια πόσο υπάρχει. Αντίθετα, ένας κίνδυνος ελέγχου μπορεί να αξιολογηθεί με ασφάλεια από έναν ελεγκτή. Στην ιδανική περίπτωση, μια εταιρεία μπορεί να μειώσει τον συνολικό κίνδυνο σχεδόν σε τίποτα, συμπεριλαμβάνοντας εσωτερικούς ελέγχους σε όλες τις λογιστικές πρακτικές. Ελλείψει αυτών των ελέγχων, ο κίνδυνος ελέγχου θα καθοριστεί στο 100 τοις εκατό, παρόλο που δεν είναι ρεαλιστικό να πιστεύουμε ότι όλες οι χρηματοοικονομικές πρακτικές θα ήταν λανθασμένες.
Ο προσδιορισμός του εγγενούς κινδύνου είναι συχνά μια υποκειμενική διαδικασία για τους ελεγκτές, καθώς συχνά εξαρτάται από την αξιοπιστία των υπαλλήλων που είναι υπεύθυνοι για τα οικονομικά της εταιρείας. Ένας ελεγκτής πρέπει να κάνει μια αξιολόγηση σχετικά με το εάν μπορεί να εμπιστευθεί αυτούς τους υπαλλήλους για την υποβολή των κατάλληλων οικονομικών εκθέσεων. Η αξιοπιστία τους μπορεί να διακυβευτεί από χρονικούς περιορισμούς, πίεση από την ανώτερη διοίκηση για την παροχή θετικών αποτελεσμάτων ή ακόμα και απλή ανικανότητα.
Το ύψος του εγγενούς κινδύνου που εμπλέκεται στη λογιστική μιας εταιρείας εξαρτάται επίσης από το είδος της επιχείρησης που είναι και πώς μετράται ο πλούτος της. Για παράδειγμα, εάν μια εταιρεία έχει το μεγαλύτερο μέρος του πλούτου της σε μετρητά, αυτό θα ήταν δύσκολο να παραποιηθεί και ο κίνδυνος θα ήταν σχετικά χαμηλός. Από την άλλη πλευρά, μια εταιρεία της οποίας ο πλούτος εξαρτάται από ανακριβείς διακρατήσεις, όπως εισπρακτέους λογαριασμούς ή αποτιμήσεις μετοχών, ενδέχεται να είναι πιο πιθανό να παραποιήσει αυτόν τον πλούτο.