Το ζήτημα των δικαιωμάτων των κρατουμένων περιλαμβάνει την εξισορρόπηση των δικαιωμάτων που συνδέονται με το να είναι κανείς πολίτης της δικαιοδοσίας στην οποία βρίσκεται ο κρατούμενος με τα πρακτικά ζητήματα που συνεπάγεται η φυλάκιση. Ίσως το πιο αμφιλεγόμενο ζήτημα σε αυτό το θέμα είναι το δικαίωμα ψήφου ενός κρατουμένου. Πολλές δικαιοδοσίες έχουν ανακαλέσει το δικαίωμα ψήφου – που ονομάζεται «απαλλαγή του δικαιώματος» – οποιουδήποτε καταδικάζεται για ορισμένα εγκλήματα. Δεδομένων των περιορισμών μιας φυλακής, τα πολιτικά δικαιώματα όπως τα δικαιώματα των κρατουμένων στην ελευθερία έκφρασης και η ελευθερία της θρησκείας βρίσκονται στην πρώτη γραμμή αυτής της συζήτησης. Επιπλέον, η απανθρωποποίηση των κρατουμένων λόγω κακών συνθηκών στις φυλακές είναι ένα θέμα που συχνά στοχεύουν οι ομάδες υπεράσπισης των κρατουμένων.
Η αφαίρεση του δικαιώματος ψήφου ενός κρατουμένου είναι ένα θέμα που αμφισβητείται έντονα σε τομείς όπου το δικαίωμα ψήφου θεωρείται θεμελιώδες για κάθε πολίτη. Για παράδειγμα, σε ορισμένες πολιτείες των Ηνωμένων Πολιτειών, κάθε άτομο που καταδικάζεται για κακούργημα — δηλαδή, έγκλημα που επισύρει ποινή φυλάκισης ενός έτους ή περισσότερο — χάνει το δικαίωμα ψήφου του. Ωστόσο, πολλές πολιτείες έχουν ανακαλέσει οποιουσδήποτε νόμους απαλλαγής δικαιωμάτων ψήφου που ήταν κάποτε ενεργοί.
Ένα άλλο ζήτημα των δικαιωμάτων των κρατουμένων είναι πώς η φυλάκιση παρεμβαίνει σε διάφορες πολιτικές ελευθερίες. Ένα κοινό παράπονο είναι ότι η ελευθερία της έκφρασης συχνά περιορίζεται από τους δεσμοφύλακες που δίνουν εντολή στους κρατούμενους να μην μιλούν σε γλώσσες που δεν καταλαβαίνει ο φύλακας. Επιπλέον, οι τρόφιμοι που ανήκουν σε θρησκείες που απαιτούν ειδικές συνθήκες για την προσευχή συχνά δυσκολεύονται να το κάνουν λόγω των περιορισμών του εγκλεισμού. Το επιχείρημα είναι ότι οι κρατούμενοι πρέπει να έχουν τις θρησκευτικές τους πεποιθήσεις στη φυλακή για αυτούς τους ειδικούς σκοπούς. Από την άλλη πλευρά, οι φυλακές υποστηρίζουν ότι το να υπόκεινται σε φυλάκιση συνεπάγεται περικοπή τέτοιων θεμελιωδών δικαιωμάτων.
Ίσως το πιο πολυσυζητημένο θέμα των δικαιωμάτων των κρατουμένων είναι οι συνθήκες στις φυλακές που στεγάζουν τους κρατούμενους. Ο υπερπληθυσμός των φυλακών είναι ένα θέμα που συζητείται συχνά από τους υπερασπιστές των δικαιωμάτων των κρατουμένων. Το επιχείρημα που προβάλλουν αυτές οι οργανώσεις είναι ότι με τον υπερπληθυσμό αυτών των φυλακών με κρατούμενους, είναι αδύνατο να διατηρηθούν οι συνθήκες υγιεινής και οι τρόφιμοι γίνονται ευάλωτοι σε βλάβες από άλλους κρατούμενους καθώς και από τους φρουρούς. Επιπλέον, η στέγαση περισσότερων κρατουμένων από ό,τι το προσωπικό είναι εξοπλισμένο για να χειριστεί, καθιστά ανέφικτη την παροχή επαρκούς ιατρικής περίθαλψης σε όσους τη χρειάζονται.