Τα εναλλακτικά συστήματα συναλλαγών είναι συστήματα που χρησιμοποιούνται για τη διαπραγμάτευση τίτλων. Είναι εγκεκριμένα από την Επιτροπή Κεφαλαιαγοράς, αλλά λειτουργούν εκτός των παραδοσιακών χρηματιστηρίων. Σύμφωνα με τον κανονισμό ATS της Επιτροπής Κεφαλαιαγοράς, ένα εναλλακτικό σύστημα συναλλαγών είναι «οποιοσδήποτε οργανισμός, ένωση, πρόσωπο, ομάδα προσώπων ή σύστημα που αποτελεί, διατηρεί ή παρέχει μια αγορά ή διευκολύνσεις για τη συγκέντρωση αγοραστών και πωλητών τίτλων ή άλλως εκτελώντας, όσον αφορά τους τίτλους, τις λειτουργίες που συνήθως εκτελεί ένα χρηματιστήριο.»
Το ηλεκτρονικό δίκτυο επικοινωνίας (ECN) είναι ένα εναλλακτικό σύστημα συναλλαγών για μετοχές και νομίσματα. Ένα ECN χρησιμοποιείται για ενεργές συναλλαγές, με το σύστημα συναλλαγών να ταιριάζει με τις εντολές αγοράς και πώλησης. Οι παραγγελίες που δεν μπορούν να αντιστοιχιστούν εμφανίζονται έτσι ώστε να μπορούν να υποβάλλονται αντίστοιχες παραγγελίες από τους ενδιαφερόμενους. Ιδιώτες ή μεσίτες μπορούν να εγγραφούν σε ένα δίκτυο ηλεκτρονικών επικοινωνιών. Το Instinet είναι το πρώτο και μεγαλύτερο δίκτυο ηλεκτρονικών επικοινωνιών.
Τα εναλλακτικά συστήματα συναλλαγών είναι χρήσιμα για συναλλαγές μεταξύ των αγορών, καθώς οι μετοχές που είναι εισηγμένες σε άλλο χρηματιστήριο, όπως το Χρηματιστήριο της Νέας Υόρκης (NYSE) ή το Nasdaq, μπορούν να διαπραγματεύονται σε δίκτυα ηλεκτρονικών επικοινωνιών. Το κόστος που σχετίζεται με τις συναλλαγές σε ένα εναλλακτικό σύστημα συναλλαγών τείνουν να είναι χαμηλότερο, καθώς οι συναλλαγές εκτελούνται ηλεκτρονικά. Περισσότεροι άνθρωποι μπορούν να έχουν πρόσβαση στην αγορά μέσω εναλλακτικών συστημάτων συναλλαγών παρά μέσω μιας κεντρικής αγοράς όπως το NYSE. Αυτό σημαίνει ότι οι τιμές των τίτλων που διαπραγματεύονται σε εναλλακτικά συστήματα διαπραγμάτευσης θα είναι, θεωρητικά, πιο αντιπροσωπευτικές της πραγματικής τους αξίας, επειδή οι δυνάμεις της ελεύθερης αγοράς της προσφοράς και της ζήτησης δρουν απεριόριστα.
Εάν ένας θεσμικός επενδυτής θέλει να αγοράσει ή να πουλήσει μια μεγάλη ποσότητα ενός συγκεκριμένου χρεογράφου, χρησιμοποιώντας δίκτυο διέλευσης, ένα είδος εναλλακτικού συστήματος συναλλαγών, μπορεί να είναι προτιμότερο από την εκτέλεση της συναλλαγής σε ένα παραδοσιακό χρηματιστήριο. Η αγορά ή η πώληση ενός μεγάλου μπλοκ μετοχών σε ένα παραδοσιακό χρηματιστήριο μπορεί συχνά να επηρεάσει την τιμή αυτού του τίτλου. Οι συναλλαγές σε ένα δίκτυο διέλευσης, το οποίο αντιστοιχίζει παραγγελίες χωρίς να τις δρομολογεί μέσω ενός δικτύου ανταλλαγής ή ηλεκτρονικής επικοινωνίας, δεν θα το κάνει αυτό, επειδή οι εντολές αγοράς και πώλησης αντιστοιχίζονται και εκτελούνται ανώνυμα. Αυτά τα εναλλακτικά συστήματα συναλλαγών δεν έχουν το χαρακτηριστικό της προσφοράς προς τα πάνω ή προς τα κάτω, όπως οι κεντρικές αγορές.
Ένας άλλος τύπος εναλλακτικού συστήματος συναλλαγών είναι η αγορά κλήσεων. Σε μια αγορά κλήσεων, πολλές παραγγελίες ομαδοποιούνται. Μόλις οι παραγγελίες φτάσουν σε έναν ορισμένο όγκο, η ομάδα των εντολών εκτελείται ταυτόχρονα. Αυτό αυξάνει την αποτελεσματικότητα και μειώνει το κόστος.