Το βιοντίζελ είναι ένας τύπος ντίζελ που δημιουργείται από οργανικά συστατικά όπως ζωικά λίπη, παρθένα ή χρησιμοποιημένα μαγειρικά έλαια και πολλά φυτά. Το βιοντίζελ Microalgae χρησιμοποιεί ως πρώτη ύλη ένα είδος φυκών που αναφέρεται ως μικροφύκη. Αυτός ο τύπος βιοντίζελ παρουσιάζει πολλά πλεονεκτήματα, όπως η δημιουργία μιας βιώσιμης μορφής ντίζελ και η μείωση των εκπομπών άνθρακα. Υπάρχουν επίσης μειονεκτήματα, όπως η ανάγκη περισσότερης γης για τη δημιουργία των φυκιών και αμφισβητήσιμη αποτελεσματικότητα.
Τα φύκια διακρίνονται σε δύο διαφορετικούς τύπους: τα μακροφύκη και τα μικροφύκη. Η μεγαλύτερη διαφορά μεταξύ αυτών των δύο οφείλεται στο μέγεθος, επειδή τα μακροφύκη μετρώνται σε ίντσες ή εκατοστά ενώ τα μικροφύκη είναι μονοκύτταρα ή αποτελούνται από ένα μόνο κύτταρο. Παρά το γεγονός ότι τα μακροφύκη είναι μεγαλύτερα, δεν χρησιμοποιείται για βιοντίζελ. Αυτό συμβαίνει επειδή τα έλαια που συνθέτουν τα μακροφύκη δεν είναι κατάλληλα για τη δημιουργία βιοντίζελ. Μόνο τα μικροφύκη έχουν τα κατάλληλα έλαια για την παραγωγή βιοντίζελ.
Μερικές από τις πιο ισχυρές καλλιέργειες που χρησιμοποιούνται για τη δημιουργία βιοντίζελ είναι η jatropha, οι καρύδες και το φοινικέλαιο. Η Jatropha δημιουργεί 202 γαλόνια (764 λίτρα) λάδι ανά στρέμμα (376 μέτρα4), η καρύδα αποδίδει 287 γαλόνια (1.08 χιλιόλιτρα) ανά στρέμμα και το φοινικέλαιο κάνει 636 γαλόνια (2.4 χιλιόλιτρα) ανά στρέμμα. Τα μικροφύκη νάνουν όλα αυτά παράγοντας από 6,283 γαλόνια έως 14,641 γαλόνια (23.7 χιλιόλιτρα έως 55.4 χιλιόλιτρα) ανά στρέμμα.
Όχι μόνο αυτή η υψηλή απόδοση καθιστά βιώσιμο το βιοντίζελ μικροφυκών, αλλά σημαίνει ότι θα χρειαστεί να αναπτυχθούν λιγότερα φυτά για μια αρκετά μεγάλη απόδοση βιοντίζελ. Τα μικροφύκη μπορούν επίσης να αναπτυχθούν σχεδόν οπουδήποτε, επομένως δεν χρειάζονται ειδικά χωράφια ή περιοχές στις οποίες θα αναπτυχθούν τα φύκια. Τα μικροφύκη μπορούν επίσης να τροφοδοτήσουν τις εκπομπές άνθρακα, μειώνοντας έτσι το αποτύπωμα άνθρακα οπουδήποτε καλλιεργούνται τα φύκια.
Ενώ αυτό καθιστά ελκυστικό το βιοντίζελ μικροφυκών, υπάρχουν ορισμένα μειονεκτήματα στη μετατροπή σε αυτόν τον τύπο ντίζελ. Για να δημιουργηθεί αρκετό βιοντίζελ για παγκόσμια κατανάλωση, οι γεωργικές εκτάσεις θα πρέπει να μετατραπούν για να αναπτυχθούν μικροφύκη και θα χρειαστούν περισσότερες γεωργικές εκτάσεις για να ικανοποιηθεί η αυξανόμενη ανάγκη για ντίζελ. Τα μικροφύκη εκπέμπουν επίσης περισσότερο οξείδιο του αζώτου από το πετρέλαιο ντίζελ. Ως βιοντίζελ, το βιοντίζελ μικροφυκών δεν μπορεί να μεταφερθεί μέσω σωλήνων. μπορεί να μεταφερθεί μόνο με φορτηγό ή σιδηρόδρομο, γεγονός που αυξάνει το κόστος.
Μαζί με αυτό, το βιοντίζελ μικροφυκών δεν ρέει καλά σε χαμηλές θερμοκρασίες, ούτε έχει καλή απόδοση σε χαμηλές θερμοκρασίες επειδή πυκνώνει. Η συνολική απόδοση του βιοντίζελ μικροφυκών είναι επίσης χαμηλότερη. Αυτό σημαίνει ότι η οικονομία καυσίμου θα επηρεαστεί αρνητικά, επειδή υπάρχει λιγότερη ενεργειακή απόδοση και, επομένως, χρειάζεται περισσότερο βιοντίζελ μικροφυκών για την τροφοδοσία ενός κινητήρα.