Ένα μικροπέος είναι ένα πέος που κατά τα άλλα σχηματίζεται κανονικά αλλά πολύ μικρότερο από το μέσο όρο. Στα αρσενικά βρέφη, αυτό υποδεικνύεται από μήκος μικρότερο από 0.75 ίντσες (1.9 εκατοστά) όταν τεντώνονται. Στους ενήλικες άρρενες, η κατάλληλη μέτρηση είναι 3 ίντσες (7.62 εκατοστά) όταν βρίσκονται σε πλήρη όρθια. Υπάρχουν πολλές καταστάσεις που μπορούν να προκαλέσουν ένα ασυνήθιστα μικρό πέος, αλλά γενικά εμπλέκεται η παραγωγή ή η αφομοίωση της τεστοστερόνης.
Ο ανδρικός υπογοναδισμός είναι ένας ευρύς ιατρικός όρος που περιγράφει τη μειωμένη παραγωγή τεστοστερόνης. Υπάρχουν πολλές διαγνώσεις με υπογοναδισμό ως σύμπτωμα και η πλειονότητα αυτών των καταστάσεων που ξεκινούν στη βρεφική ή εφηβική ηλικία μπορεί να καταλήξουν σε μικροπέος. Ο υπογοναδισμός χωρίζεται περαιτέρω σε πρωτοβάθμια και δευτεροβάθμια τάξη.
Στον πρωτοπαθή υπογοναδισμό, τα μειωμένα επίπεδα τεστοστερόνης προκύπτουν από μια δυσλειτουργία εντός των ανδρικών όρχεων. Όταν ένα μικροπέος εμφανίζεται σε αρσενικά βρέφη, μερικές φορές είναι αποτέλεσμα υπογοναδισμού που προκαλείται από το σύνδρομο Klinefelter. Τα άτομα με σύνδρομο Klinefelter έχουν ένα επιπλέον χρωμόσωμα Χ, το οποίο συχνά οδηγεί σε δυσμορφία των όρχεων και μειωμένη παραγωγή τεστοστερόνης.
Οποιοσδήποτε τραυματισμός στους όρχεις πριν ή κατά την πρώιμη εφηβεία μπορεί να προκαλέσει πρωτοπαθή υπογοναδισμό και τελικά να οδηγήσει σε μικροπέος. Ο τραυματισμός από σωματικό τραύμα είναι προφανώς επικίνδυνος, αλλά είναι επίσης πιθανή η βλάβη στους όρχεις από μόλυνση από παρωτίτιδα. Τα υπερβολικά επίπεδα σιδήρου στο αίμα μπορούν επίσης, σε σπάνιες περιπτώσεις, να οδηγήσουν σε υπανάπτυξη.
Στον δευτεροπαθή υπογοναδισμό, οι όρχεις δεν λαμβάνουν το σήμα για την παραγωγή τεστοστερόνης. Σε αυτές τις περιπτώσεις, συνήθως υπάρχει δυσλειτουργία στην υπόφυση ή στον υποθάλαμο. Αυτό μπορεί να προκληθεί από μια γενετική διαταραχή όπως το σύνδρομο Kallmann ή να είναι αποτέλεσμα μιας σειράς διαταραχών της υπόφυσης. Η παχυσαρκία έχει επίσης ευθυγραμμιστεί με τον δευτερογενή υπογοναδισμό.
Στη βρεφική ηλικία, ένα μικροπέος αντιμετωπίζεται συχνά με βραχυπρόθεσμες ενέσεις τεστοστερόνης. Εάν το πέος παρουσιάζει βελτιωμένη ανάπτυξη μετά από τρεις μήνες, θεωρείται ότι οι αυξημένες ορμόνες στην εφηβεία θα έχουν επίσης ως αποτέλεσμα αύξηση του μήκους. Για τους ενήλικες άντρες, έχει αποδειχθεί κάποια δυνατότητα αύξησης του μεγέθους με τη χρήση χειρουργικών εμφυτευμάτων. Ορισμένα φυτικά φάρμακα έχουν κυκλοφορήσει στο εμπόριο με εγγυήσεις για την επέκταση του μήκους του πέους. Δεν υπάρχουν ανεξάρτητες επιστημονικές μελέτες που να αποδεικνύουν επαρκώς αυτούς τους ισχυρισμούς.
Στο παρελθόν, οι γονείς ενός αγοριού που γεννήθηκε με μικροπέος συμβουλεύονταν μερικές φορές να υποβληθούν στο παιδί τους σε χειρουργική επέμβαση αλλαγής φύλου. Σε σπάνιες περιπτώσεις, όταν το παιδί είχε και πέος και κόλπο, αυτή η συμβουλή ήταν σχεδόν καθολική. Καθώς άρχισαν να εμφανίζονται σοβαρές συναισθηματικές επιπτώσεις σε αυτά τα παιδιά στην εφηβεία, η πρακτική επανεξετάστηκε. Έκτοτε έχει εγκαταλειφθεί σε μεγάλο βαθμό.