Το μοριακό βάρος πεπτιδίου είναι ένας αριθμός χωρίς μονάδες που προέρχεται από την αναλογία μιας μέσης μάζας ενός μορίου πεπτιδίου διαιρεμένη με το ένα δωδέκατο της μάζας ενός ατόμου άνθρακα 12. Το μοριακό βάρος του πεπτιδίου μπορεί επίσης να περιγραφεί ως ένα γραμμομόριο του πεπτιδίου σε γραμμάρια, ως mole είναι μια ποσότητα του πεπτιδίου που είναι ίση με το μοριακό του βάρος. Επομένως, δεδομένου ότι το βάρος αμινοξέων της προλίνης, για παράδειγμα, είναι 97.12, ένα mole προλίνης ισούται με 97.12 γραμμάρια της ουσίας.
Είναι σημαντικό να γνωρίζουμε τους αριθμούς μοριακού βάρους πεπτιδίων σε διαδικασίες όπως η σύνθεση πεπτιδίων, καθώς το βάρος μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον προσδιορισμό της συγκέντρωσης των μοριακών συστατικών. Για παράδειγμα, εάν ένα συστατικό είχε μοριακό βάρος 50 και ένα άλλο είχε μοριακό βάρος 100, τότε τα μόρια στη δεύτερη ένωση θα ζύγιζαν διπλάσιο από αυτά της πρώτης ένωσης. Εάν συνδυάζονταν και τα δύο σε ίσα γραμμάρια, η ένωση χαμηλότερου βάρους θα είχε διπλάσια μόρια παρόντα στο μείγμα, αφού ζύγιζαν μόνο το μισό και, αντί για συγκέντρωση 50/50, θα υπήρχε συγκέντρωση περίπου 66 /33.
Το λογισμικό αναλυτής μοριακού βάρους χρησιμοποιείται συχνά για τον υπολογισμό των αριθμών μοριακού βάρους πεπτιδίων, καθώς οι υπολογισμοί μπορεί να είναι περίπλοκοι διαφορετικά. Όχι μόνο υπάρχει μια ποικιλία από μοριακά βάρη χημικών στοιχείων που πρέπει να ληφθούν υπόψη στις αλληλουχίες αμινοξέων που αποτελούν τα πεπτίδια, αλλά υπάρχουν και άλλοι παράγοντες που πρέπει να ληφθούν υπόψη. Τόσο οι υδρόφοβες όσο και οι υδρόφιλες ιδιότητες σε σχέση με το νερό παίζουν ρόλο, καθώς και οι μοριακές συντελεστές απορρόφησης για τις ίδιες τις πρωτεΐνες. Ο αριθμός του Avogadro, ο οποίος αντιπροσωπεύει πόσα μόρια υπάρχουν σε ένα mole, πρέπει επίσης να χρησιμοποιείται κατά τον προσδιορισμό του όγκου ενός πεπτιδίου από το μοριακό βάρος του πεπτιδίου.
Τα αμινοξέα είναι τα δομικά στοιχεία για τα πεπτίδια. Κυμαίνονται από ένα μοριακό βάρος υπολειμμάτων, που είναι το πραγματικό βάρος μείον νερό, 57.05 για το μικρότερο μόριο, τη γλυκίνη, έως 156.19 για το μεγαλύτερο μόριο, την αργινίνη. Όταν συνδυάζονται δύο ή περισσότερα αμινοξέα, χρησιμοποιείται συχνά ένας υπολογιστής μοριακού βάρους πεπτιδίου για τον προσδιορισμό του νέου μοριακού βάρους.
Ο προσδιορισμός ενός ακριβούς μοριακού βάρους πεπτιδίου έχει σημαντικές εφαρμογές σε μια ποικιλία ερευνών. Τα στοιχεία δείχνουν, για παράδειγμα, ότι τα πεπτίδια χαμηλού μοριακού βάρους είναι σημαντικοί ρυθμιστές στη βιολογία. Οι ορμόνες που περιέχουν αυτά τα πεπτίδια είναι ενεργές σε περιοχές του σώματος, όπως ο εγκέφαλος, το νευρικό σύστημα και η γαστρεντερική οδός.