Το μυκήλιο είναι το φυτικό τμήμα ενός μύκητα, που σημαίνει ότι είναι το τμήμα που διαδίδεται μέσω της ασεξουαλικής αναπαραγωγής. Αποτελείται από έναν ιστό υφών, δομών που μοιάζουν με νήματα διακλαδίζονται ή διχαλώνουν. Ανάλογα με τον τύπο του μύκητα και το πόσο καλά ανεπτυγμένος είναι, τα μυκήλια μπορεί να είναι ορατά ή μικροσκοπικά. Η μούχλα που αναπτύσσεται σε φαγητά σε αποσύνθεση, για παράδειγμα, είναι μια ορατή μορφή.
Εκτός από την ασεξουαλική αναπαραγωγή, το μυκήλιο είναι υπεύθυνο για την απορρόφηση θρεπτικών ουσιών από το περιβάλλον. Απελευθερώνει ένζυμα στο περιβάλλον περιβάλλον για να διασπάσει την πηγή τροφής σε μια εύπεπτη μορφή και μετά την απορροφά. Αυτή η διαδικασία βοηθά επίσης να αποσυντεθεί το νεκρό φυτικό υλικό και άλλο οργανικό υλικό. Το υλικό μπορεί επίσης να βοηθήσει στην ανανέωση του εδάφους μέσω αυτής της διαδικασίας, για παράδειγμα με την αποσύνθεση ρύπων όπως τα φυτοφάρμακα. Ορισμένα μυκήλια βοηθούν τα φυτά να απορροφούν το νερό και τα θρεπτικά συστατικά πιο αποτελεσματικά, και άλλα είναι επίσης σημαντικές πηγές τροφής για τα ασπόνδυλα που ζουν στο έδαφος.
Τα μυκήλια μπορεί επίσης να είναι εξαιρετικά εκτεταμένα. Μια διαβόητη αποικία μυκήτων στο δάσος του ανατολικού Όρεγκον κάποτε κάλυπτε 2,400 στρέμματα (9.7 τετραγωνικά χιλιόμετρα). Μεγάλωσε σε τέτοιο μέγεθος για περίπου 2,200 χρόνια και σκότωσε την ανάπτυξη των φυτών στο δάσος πολλές φορές, οδηγώντας κάθε φορά σε βαθύτερα στρώματα εδάφους που μπορούσαν να αντέξουν την ανάπτυξη όλο και μεγαλύτερων δέντρων.
Μερικές φορές, το μυκήλιο χρησιμοποιείται στη γεωργία ή στον εξωραϊσμό. Εκτός από την ικανότητά του να αναπληρώνει θρεπτικά συστατικά, ορισμένοι τύποι μύκητα σχηματίζουν μια συμβιωτική σχέση, που ονομάζεται μυκόρριζα, με τις ρίζες ενός φυτού. Το φυτό και ο μύκητας βοηθούν ο ένας τον άλλον να λάβει θρεπτικά συστατικά που δεν μπορούσαν να αποκτήσουν μόνοι τους. Τα μυκήλια μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν ως οργανικό φίλτρο για το έδαφος ή το νερό σε μια διαδικασία που ονομάζεται μυκηλιακή διήθηση, κατά την οποία ένα μυκηλιακό στρώμα κρατά μακριά επιβλαβείς χημικές ουσίες και μικροοργανισμούς. Μερικές φορές χρησιμοποιούνται επίσης για να συγκρατούν νέο έδαφος σε μη ασφαλτοστρωμένους δρόμους.
Ορισμένα είδη μυκήτων χρησιμοποιούν τη σεξουαλική αναπαραγωγή καθώς και την ασεξουαλική αναπαραγωγή. Το σεξουαλικά αναπαραγόμενο τμήμα ενός μύκητα προέρχεται από το μυκήλιο και ονομάζεται σποροκάρπιο ή καρποφόρο σώμα. Τα καρποφόρα σώματα πολλών διαφορετικών τύπων μύκητα είναι γνωστά ως μανιτάρια ή τρούφες, αν και υπάρχουν μερικοί άλλοι τύποι.