Οι θεραπείες ορμονικής υποκατάστασης χρησιμοποιούνται μερικές φορές για τη θεραπεία μιας σειράς ιατρικών ζητημάτων σε μετεμμηνοπαυσιακές γυναίκες. Το Πρωτόκολλο Wiley αναφέρεται σε μια συγκεκριμένη μορφή θεραπείας ορμονικής υποκατάστασης που δημιουργήθηκε και υποστηρίζεται από τον συγγραφέα TS Wiley. Αυτός ο τύπος θεραπείας ορμονικής υποκατάστασης χρησιμοποιεί συνήθως ορμόνες φυσικής προέλευσης που εφαρμόζονται τοπικά σε υψηλές δόσεις. Λέγεται ότι μιμείται τον φυσικό κύκλο ορμονών μιας νεανικής γυναίκας και προορίζεται να μειώσει τον κίνδυνο καρδιαγγειακών παθήσεων και άλλους κινδύνους για την υγεία που σχετίζονται με την εμμηνόπαυση. Παρά τον ισχυρισμό του Wiley ότι η θεραπεία είναι πιο αποτελεσματική από τις συμβατικές θεραπείες, το Πρωτόκολλο Wiley έχει επικριθεί έντονα από την ιατρική κοινότητα.
Το Πρωτόκολλο Wiley διαφέρει από τη συμβατική θεραπεία ορμονικής υποκατάστασης με διάφορους τρόπους. Πρώτον, η δοσολογία των ορμονών είναι πολύ μεγαλύτερη και βασίζεται σε έναν εμμηνορροϊκό κύκλο 28 ημερών. Δεύτερον, οι ορμόνες που χρησιμοποιούνται προέρχονται από φυσικές πηγές και όχι από συνθετικά παρασκευάσματα. Οι ορμόνες συνήθως εφαρμόζονται επίσης ως μέρος μιας τοπικής κρέμας σε διάφορα επίπεδα κατά τη διάρκεια του κύκλου των 28 ημερών και όχι μέσω της από του στόματος χορήγησης. Το Πρωτόκολλο Wiley βασίζεται στο γεγονός ότι μια 20χρονη γυναίκα με κανονικό εμμηνορροϊκό κύκλο είναι πολύ πιο πιθανό να έχει χαμηλότερο κίνδυνο για καρδιαγγειακά προβλήματα, διαβήτη τύπου 2, καρκίνο και νόσο του Αλτσχάιμερ από μια μεγαλύτερη σε ηλικία γυναίκα στην εμμηνόπαυση.
Οι συμβατικές θεραπείες ορμονικής υποκατάστασης, αντίθετα, συχνά χρησιμοποιούν συγκεκριμένες ορμόνες για τη θεραπεία συγκεκριμένων συμπτωμάτων. Ένα παράδειγμα αυτού μπορεί να είναι η διακοπή ενός φυσικού κύκλου λόγω καρκίνου των ωοθηκών ή χειρουργικής επέμβασης που σχετίζεται με το γυναικείο αναπαραγωγικό σύστημα. Οι συμβατικές θεραπείες συνήθως χρησιμοποιούν μικρότερες δόσεις οιστρογόνων, συνθετικών ή άλλων, σε μικρότερες χρονικές περιόδους. Οι θεραπείες ορμονικής υποκατάστασης μπορεί να προκαλέσουν επιπλοκές σε ορισμένες γυναίκες και οι ελάχιστες δόσεις και οι σύντομες περίοδοι θεραπείας μπορεί να μειώσουν τους κινδύνους των θεραπειών ορμονικής υποκατάστασης. Αυτή η μέθοδος θεραπείας μπορεί να θεωρηθεί ότι έρχεται σε αντίθεση με το Πρωτόκολλο Wiley, το οποίο συνήθως υποστηρίζει υψηλότερες δόσεις συγκεκριμένων ορμονών που χρησιμοποιούνται για μεγάλο χρονικό διάστημα.
Η κριτική του σχεδίου θεραπείας Wiley επικεντρώθηκε στη μέθοδο της επιτυχίας των δοκιμών, στις σημαντικές παρενέργειες σε ορισμένους ασθενείς και στα επίπεδα δοσολογίας. Η επιτυχία του πρωτοκόλλου Wiley βασίζεται σε εξετάσεις αίματος ορού που μπορεί να μην είναι ακριβείς δείκτες των ορμονικών επιπέδων. Ορισμένοι ασθενείς που χρησιμοποιούν το Πρωτόκολλο Wiley μπορεί να ισχυρίστηκαν ότι είχαν παρενέργειες, όπως αίσθημα παλμών, άγχος και πονοκεφάλους μετά τη χρήση του πρωτοκόλλου Wiley ή τη διακοπή της θεραπείας. Επιπλέον, έχει πέσει κριτική στον συγγραφέα, ο οποίος σύμφωνα με τους κριτικούς δεν έχει ιατρικά προσόντα, εκπαίδευση ή επαλήθευση ως ιατρικός εμπειρογνώμονας.