Ένας ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας του πολεμικού ναυτικού είναι υπεύθυνος για τη διεύθυνση και τον έλεγχο της εναέριας κυκλοφορίας κοντά σε αεροπλανοφόρο ή ναυτική βάση. Συνήθως, ένας ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας του πολεμικού ναυτικού πραγματοποιεί μόνο ραδιοεπικοινωνία με στρατιωτικούς πιλότους, αν και οι ελεγκτές ενδέχεται να επιχειρήσουν να έρθουν σε επαφή με πολίτες πιλότους που παραπαίουν στον ναυτικό εναέριο χώρο. Όπως οι πολιτικοί ελεγκτές, ένας στρατιωτικός ελεγκτής πρέπει να ολοκληρώσει ένα πτυχίο κολλεγίου και να υποβληθεί σε εκτεταμένη κατάρτιση στην εργασία.
Οι ναυτικές δυνάμεις σε πολλά έθνη χρησιμοποιούν αεροπλανοφόρα για να μεταφέρουν στρατιωτικά αεροσκάφη και άλλα αεροπλάνα σε διάφορες τοποθεσίες σε όλο τον κόσμο. Οι πιλότοι χειρίζονται αυτά τα σκάφη και αυτά τα άτομα είναι υπεύθυνα για την αναχαίτιση των εχθρικών μαχητών και τη διεξαγωγή αποστολών αναγνώρισης. Δεδομένου ότι οι πιλότοι του ναυτικού πραγματοποιούν συχνά αποστολές σε απομακρυσμένες περιοχές του ωκεανού, απαιτούνται ελεγκτές εναέριας κυκλοφορίας για να κατευθύνουν τη ροή της εναέριας κυκλοφορίας και να διασφαλίζουν ότι δεν θα σημειωθούν συγκρούσεις στον αέρα. Επιπλέον, πολλές ναυτικές επιχειρήσεις είναι άκρως απόρρητες, οπότε ο στρατός τείνει να χρησιμοποιεί ελεγκτές ναυτικής εναέριας κυκλοφορίας και όχι πολιτικούς ελεγκτές, ακόμη και αν ναυτικοί πιλότοι επιχειρούν εντός εμπορικού εναέριου χώρου.
Τα αεροπλανοφόρα βρίσκονται συνεχώς σε κίνηση, πράγμα που σημαίνει ότι οι πιλότοι βασίζονται σε ελεγκτές εναέριας κυκλοφορίας για να τους καθοδηγήσουν σε αυτά τα πλοία μετά την ολοκλήρωση των αποστολών. Σε σύγκριση με τα αεροδρόμια, οι ναυτικές φρεγάτες έχουν σχετικά μικρό περιθώριο ελιγμών, πράγμα που σημαίνει ότι οι ελεγκτές πρέπει να διασφαλίσουν ότι τα καταστρώματα είναι καθαρά προτού δοθεί άδεια στους πιλότους να προσγειωθούν. Όπως και με τους πολιτικούς ελεγκτές, ένας ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας του πολεμικού ναυτικού πρέπει επίσης να λάβει υπόψη τις καιρικές συνθήκες προτού δοθεί άδεια στους πιλότους να απογειωθούν ή να προσγειωθούν ναυτικά αεροσκάφη.
Κατά τη διάρκεια συγκρούσεων, ένας ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας του ναυτικού θα παρακολουθεί τον εναέριο χώρο γύρω από ένα πλοίο ή μια ναυτική βάση για να παρακολουθεί τους εχθρικούς μαχητές που μπορεί να αποτελέσουν απειλή για τις ναυτικές δυνάμεις. Ο ελεγκτής πρέπει να ειδοποιεί τους ναυτικούς πιλότους για τυχόν τέτοιες απειλές. Τυπικά, ένας ελεγκτής εκχωρείται σε κάθε αεροπλανοφόρο. οι ελεγκτές στα πλοία που εκτελούν δρομολόγια στα ίδια ύδατα πρέπει να έχουν επαφή μεταξύ τους για να διασφαλίσουν ότι τα αεροπλάνα από τα πλοία τους δεν συγκρούονται. Σε ορισμένες περιπτώσεις, οι ελεγκτές του πολεμικού ναυτικού μπορούν επίσης να έρθουν σε επαφή με πιλότους της Πολεμικής Αεροπορίας εάν άλλες στρατιωτικές μονάδες παρέχουν αεροπορική κάλυψη σε ναυτικές φρεγάτες.
Γενικά, ένας ελεγκτής εναέριας κυκλοφορίας του ναυτικού πρέπει να ολοκληρώσει ένα τετραετές πτυχίο στην αεροδιαστημική μηχανική ή σε παρόμοιο θέμα. Όπως και με άλλα μέλη των ενόπλων υπηρεσιών, οι ελεγκτές πρέπει να περάσουν επιτυχώς τη βασική εκπαίδευση και σε πολλές περιπτώσεις, αυτά τα άτομα πρέπει να περάσουν αρκετούς μήνες ή χρόνια σε ακαδημίες ναυτικής εκπαίδευσης πριν υποβάλουν αίτηση για θέσεις ελεγκτή. Κανονικά, μόνο αξιωματικοί μπορούν να υποβάλουν αίτηση για θέσεις ελεγκτή.