Τα μαργαριτάρια έρχονται σε μια ποικιλία χρωμάτων και αποχρώσεων, από λευκό, κρεμ και ροζ έως μαύρο με μπλε, πράσινο ή μοβ τόνους. Πολλοί παράγοντες ευθύνονται για το χρώμα ενός μαργαριταριού, αλλά ως επί το πλείστον εξαρτάται από την τύχη. Ένα στρείδι με μαύρα χείλη δεν δημιουργεί συνήθως ένα λευκό μαργαριτάρι, και είναι πολύ σπάνιο άλλα στρείδια να παράγουν ένα μαύρο μαργαριτάρι. Εκτός από αυτό, ωστόσο, υπάρχει μικρή βεβαιότητα για το τι χρώμα μαργαριτάρια μπορείτε να περιμένετε να συγκομίσετε από ορισμένα στρείδια ή ορισμένες περιοχές.
Το υλικό που συνθέτει ένα μαργαριτάρι, γνωστό ως μαργαριτάρι, εκκρίνεται από το στρείδι ως απόκριση σε ένα ερεθιστικό μέσα στο κέλυφος. Τα φυσικά μαργαριτάρια είναι εξαιρετικά σπάνια και ακριβά και αποτελούνται από ομόκεντρα στρώματα μαργαριταριού γύρω από ένα πιθανό μικροσκοπικό αρχικό ερεθιστικό, όπως ένα κομμάτι άμμου. Τα καλλιεργημένα μαργαριτάρια παράγονται εισάγοντας έναν πυρήνα κελύφους, συνήθως τέλεια στρογγυλό, και αφήνοντας μερικά στρώματα μαργαριταριού να σχηματιστούν γύρω του.
Οι παράγοντες που συμβάλλουν στο χρώμα ενός μαργαριταριού περιλαμβάνουν τον τύπο του στρειδιού, το πάχος και τον αριθμό των στρωμάτων του μαργαριταριού και πιθανώς ιχνοστοιχεία στο υδάτινο περιβάλλον του στρειδιού. Ένας κατασκευαστής μαργαριταριών μπορεί επίσης να επηρεάσει το χρώμα του μαργαριταριού σε κάποιο βαθμό εισάγοντας ιστό από άλλο στρείδι στο στρείδι ξενιστή μαζί με τον πυρήνα του κελύφους. Το χρώμα ενός μαργαριταριού καθορίζεται από έναν συνδυασμό παραγόντων: το βασικό χρώμα, τον τόνο και τον ιριδισμό. Τα καλλιεργημένα μαργαριτάρια βάφονται επίσης μερικές φορές.
Όσο πιο παχύ είναι το μαργαριτάρι, τόσο πιο πλούσιο θα είναι το χρώμα του μαργαριταριού και τόσο περισσότερο ιριδισμό θα δείχνει. Το λεπτό μαργαριτάρι τείνει να δημιουργεί ένα μαργαριτάρι με γαλακτώδη εμφάνιση με λίγους τόνους. Ο ιριδισμός ενός μαργαριταριού οφείλεται στα επικαλυπτόμενα στρώματα του ημιδιαφανούς μαργαριταριού.
Το χρώμα ενός μαργαριταριού μπορεί ή δεν μπορεί να επηρεάσει το κόστος του, αν και η ομοιομορφία του χρώματος κάνει τα μαργαριτάρια πιο πολύτιμα. Τα μαύρα μαργαριτάρια ήταν αρκετά σπάνια και πολύ πολύτιμα, αλλά τώρα είναι καλλιεργημένα και κατά συνέπεια πολύ πιο ευρέως διαθέσιμα. Τα φυσικά λευκά μαργαριτάρια είναι πιο σπάνια και πιο πολύτιμα από τα καλλιεργημένα μαύρα μαργαριτάρια. Το καλύτερο χρώμα είναι σε μεγάλο βαθμό θέμα προσωπικής επιλογής ή ό,τι κολακεύει περισσότερο τον τόνο του δέρματος κάποιου, αν και υπάρχουν τοπικές προτιμήσεις και μπορεί να επηρεάσουν την τιμή.