Ένας ασθενής θα λάβει βήματα προετοιμασίας για την ενδοσκόπηση που περιλαμβάνουν εκπαίδευση και προετοιμασία του σώματός του για τη διαδικασία. Αυτά τα βήματα περιλαμβάνουν τα πάντα, από ένα ραντεβού με τον γιατρό του έως τη διακοπή της χρήσης φαγητού, φαρμάκων και καπνού πριν από τη δοκιμή. Οι ασθενείς θα πρέπει ακόμη και να λάβουν υπόψη τους τα ρούχα που φορούν κατά τη διάρκεια της επέμβασης. Μόλις βρεθεί στο νοσοκομείο, αυτός και το ιατρικό του προσωπικό θα συνεχίσουν την ενδοσκοπική προετοιμασία που έχει σχεδιαστεί για να βοηθήσει τη δοκιμή να γίνει όσο το δυνατόν πιο ομαλά και αποτελεσματικά. Λόγω της φύσης ορισμένων από αυτά τα σκευάσματα, οι ενδοσκοπήσεις απαιτούν γενικά τη συνοδεία ασθενών στο δρόμο για το σπίτι.
Ένα από τα πρώτα βήματα για την προετοιμασία της ενδοσκόπησης είναι ένα ραντεβού μεταξύ του γιατρού και του ασθενούς. Κατά τη διάρκεια αυτού του ραντεβού, ο γιατρός θα εξηγήσει στον ασθενή τη διαδικασία και την ενδοσκοπική προετοιμασία και τα βήματα μετέπειτα φροντίδας. Στη συνέχεια θα απαντήσει σε οποιεσδήποτε ερωτήσεις μπορεί να έχει ο ασθενής.
Ο ασθενής θα ενημερώσει τον γιατρό για όλες τις αλλεργίες του, καθώς και θα αποκαλύψει όλα τα συνταγογραφούμενα και μη συνταγογραφούμενα φάρμακά του. Ο γιατρός θα του πει εάν χρειάζεται ή όχι να διακόψει τα φάρμακα πριν από την ενδοσκόπηση και, εάν ναι, ποια φάρμακα πρέπει να σταματήσει και για πόσο χρονικό διάστημα. Γενικά, οι γιατροί συμβουλεύουν τους ασθενείς να σταματήσουν τα φάρμακα που περιλαμβάνουν ασπιρίνη ή σουκραλφάτη. Αυτά τα φάρμακα μπορεί να παρέχουν ψευδείς μετρήσεις των εξετάσεων. Πριν ολοκληρωθεί το ραντεβού, ο γιατρός θα ζητήσει από τον ασθενή να υπογράψει ένα έντυπο συγκατάθεσης δηλώνοντας ότι κατανοεί τα βήματα προετοιμασίας της ενδοσκόπησης, τους κινδύνους της διαδικασίας και τις απαιτήσεις μετέπειτα φροντίδας.
Συνήθως, οι ενδοσκοπήσεις προγραμματίζονται κατά τις πρωινές ώρες, επειδή οι ασθενείς πρέπει να σταματήσουν να τρώνε και να πίνουν τουλάχιστον οκτώ ώρες πριν την επέμβαση. Μερικοί γιατροί θα συμβουλεύσουν τους ασθενείς να σταματήσουν να τρώνε 10 ώρες πριν από την εξέταση. Μπορεί να επιτρέπονται διαυγή υγρά τέσσερις ώρες πριν από την ενδοσκοπική διαδικασία και οι ασθενείς συνήθως επιτρέπεται να βουρτσίζουν τα δόντια τους πριν φύγουν για το νοσοκομείο. Εάν ο γιατρός κρίνει ότι ο ασθενής μπορεί να συνεχίσει να παίρνει ορισμένα βασικά φάρμακα, γενικά ο ασθενής μπορεί να τα πάρει δύο ώρες πριν από τη διαδικασία με μια γουλιά νερό. Συνήθως, οι χρήστες καπνού θα συμβουλεύονται να σταματήσουν τη χρήση προϊόντων καπνού τουλάχιστον έξι ώρες πριν από την ενδοσκόπηση.
Η ενδοσκοπική προετοιμασία του ασθενούς θα συνεχιστεί στο νοσοκομείο. Πιθανότατα, ο γιατρός ή η νοσοκόμα του θα τον ρωτήσουν εάν τήρησε όλα τα άλλα βήματα προετοιμασίας της ενδοσκόπησης. Οι ασθενείς θα πρέπει να φορούν φαρδιά ρούχα το πρωί της επέμβασης, χωρίς φερμουάρ, κάτω σύρμα σουτιέν και άλλα μέταλλα. Εάν ο ασθενής φορά οδοντοστοιχίες ή γυαλιά, θα πρέπει να τα αφαιρέσει πριν την ενδοσκόπηση. Ορισμένοι γιατροί μπορεί να προτιμούν οι ασθενείς να αφαιρούν επίσης οποιαδήποτε κοσμήματα, όπως μεγάλα σκουλαρίκια και περιδέραια, καθώς και τρυπήματα στη γλώσσα ή στα χείλη.
Γενικά, οι ασθενείς θα λάβουν ένα τοπικό αναισθητικό ακριβώς πριν από την ενδοσκόπηση. Αυτό μουδιάζει το στόμα και την περιοχή του λαιμού για να αποφευχθεί η φίμωση. Ανάλογα με τον γιατρό και τον ασθενή, ένας ασθενής μπορεί επίσης να λάβει αντιαγχωτικά φάρμακα, αναισθησία ή και τα δύο. Οποιοδήποτε από αυτά τα φάρμακα ή και τα δύο μπορεί να χρησιμοποιηθούν για να βοηθήσουν στη χαλάρωση του ασθενούς και να αποτρέψουν τη φίμωση, τους δύσκαμπτους και συσπασμένους μύες και να καταπραΰνουν τα αντανακλαστικά. Συνήθως, ένας ασθενής που μόλις υποβλήθηκε σε ενδοσκοπική επέμβαση δεν επιτρέπεται να οδηγήσει μόνος του στο σπίτι και πρέπει να φύγει από το νοσοκομείο με ένα μέλος της οικογένειας, φίλο ή άλλο έμπιστο γνωστό.